• Oxford Nanopore cDNA V14 업데이트: N50 2배 증가로 달라진 RNA sequencing 성능 출시 키트cDNA-PCR Sequencing V14 (SQK-PCS114)cDNA-PCR Sequencing V14 – Barcoding (SQK-PCB114.24)해당 키트는10 ng 수준의 low input RNA (Poly(A)+ RNA 또는 ribodepleted RNA) 또는500 ng total RNA를 이용하여 cDNA를 준비할 수 있습니다.또한, strand-switching 방법을 통해full-length transcript를 선택적으로 확보하여splice variant 분석이 가능하도록 설계되었습니다.무엇이 변경되었나요?시퀀싱 키트의 구성 자체는 변경되지 않았지만, 라이브러리 preparation 방법이 최적화되었습니다.이를 통해 sequencing N50 및 전체 output이 향상되.. 2026.03.31
• Filtlong vs Chopper vs Rasusa: ONT bacterial assembly를 위한 read QC 전략 ONT Read QC는 정말 Assembly 결과를 좋게 만들까? Nanopore 데이터를 이용해 bacterial genome assembly를 할 때 자주 등장하는 질문이 있습니다.“Assembly 전에 read QC를 꼭 해야 할까?”“Filtlong, Chopper, Rasusa 중 어떤 방법이 더 좋을까?”“긴 read를 남기는 것이 좋을까, 아니면 quality가 높은 read를 남기는 것이 좋을까?”이번 글은 Ryan Wick이 작성한 “ONT read QC strategies for assembly”라는 글을 바탕으로, ONT read QC가 assembly 결과에 어떤 영향을 주는지 정리한 내용입니다. Ryan Wick은 bacterial genome assembly 분야에서 Unicyc.. 2026.07.11
• Bacterial Genome Assembly의 진화: SPAdes, Unicycler, Flye 그리고 Autocycler까지 Bacterial Genome Assembly의 진화: SPAdes → Unicycler → Flye → Trycycler → Autocycler 세균 유전체(Bacterial Genome)를 분석할 때 가장 중요한 과정 중 하나는 Genome Assembly입니다. 시퀀싱을 수행하면 완성된 유전체가 바로 만들어지는 것이 아니라 수많은 DNA 조각(Read)이 생성되며, 이들을 원래의 염색체와 plasmid 형태로 이어 붙이는 과정이 필요합니다. 지난 10여 년 동안 Oxford Nanopore를 비롯한 Long-read sequencing 기술이 빠르게 발전하면서 bacterial genome assembly 방법도 크게 변화했습니다. 이번 글에서는 대표적인 assembler인 SPAdes, Unicy.. 2026.07.10
• Oxford Nanopore와 AI가 바꾼 뇌종양 수술: 90분 안에 분자진단하는 Sturgeon Ultra-fast deep-learned CNS tumour classification during surgery수술 중 90분 안에 뇌종양을 분자진단하다Oxford Nanopore와 AI(Sturgeon)가 바꾸는 신경외과 수술 뇌종양 수술에서 가장 어려운 결정은 얼마나 많이 종양을 제거해야 하는가입니다.종양 종류에 따라최대한 많이 제거해야 하는 경우도 있고조직만 확보하고 신경 손상을 최소화해야 하는 경우도 있습니다.하지만 기존에는 종양의 정확한 분자형을 수술 중 알 수 없었습니다. Nature 2023에서는 Oxford Nanopore sequencing과 딥러닝을 이용해 수술 중 90분 이내에 CNS 종양을 분자 수준으로 분류하는 방법(Sturgeon) 을 발표했습니다.연구의 배경현재 수술 중 사.. 2026.07.09
• Oxford Nanopore로 진화하는 AMR Surveillance: DNA Methylation과 Strain Haplotyping의 활용 Overcoming challenges in metagenomic AMR surveillance with nanopore sequencing: a case study on fluoroquinolone resistance 연구 배경항생제 내성(Antimicrobial Resistance, AMR)은 WHO가 가장 심각한 공중보건 문제 중 하나로 지정한 분야입니다.현재 대부분의 AMR 분석은균을 배양Whole Genome SequencingARG 검색방식으로 수행됩니다. 하지만 이 방법에는 여러 한계가 있습니다.예를 들어배양되지 않는 균은 분석 불가실제 microbiome의 일부만 조사plasmid가 어느 균에 있는지 알기 어려움strain 수준의 SNP 분석이 어려움등이 존재합니다.논문에서는 이러한 문제를.. 2026.07.08
• HS-nano-seq으로 Heparan Sulfate를 single-molecule 수준에서 분석한 최신 연구 Intact and single-molecule analysis of heparan sulfateOxford Nanopore로 당(糖)도 읽는다! HS-nano-seq으로 Heparan sulfate를 Single-molecule 수준에서 분석한 최초의 연구 지금까지 Nanopore sequencing이라고 하면 대부분 DNA나 RNA를 떠올렸을 것입니다.그런데 이번 연구에서는 DNA도 RNA도 아닌 Heparan sulfate(HS) 를 Nanopore로 읽는 데 성공했습니다. 이번 연구에서는 HS-nano-seq이라는 새로운 분석 기술을 제안하여, 손상되지 않은 Heparan sulfate를 Oxford Nanopore에서 단일 분자(single-molecule) 수준으로 분석하는 방법을 제시했습니다.. 2026.07.06
• Primer 수는 줄이고 Coverage는 높인다! MultiPrime으로 만드는 Targeted NGS Primer Panel MultiPrime: A reliable and efficient tool for targetednext‐generation sequencingMultiplex PCR Primer 설계가 어려웠다면? MultiPrime이 해결합니다! NGS를 이용한 병원체 분석에서는 Metagenomic sequencing(mNGS) 이 많이 사용됩니다.하지만 mNGS에는 몇 가지 단점이 있습니다.Host DNA가 너무 많다.원하는 병원체 read가 적다.비용이 높다.분석 시간이 오래 걸린다.이러한 이유 때문에 최근에는 Targeted NGS(tNGS) 가 주목받고 있습니다.오늘 소개하는 논문은 바로 이러한 Targeted NGS의 핵심인 Primer panel 설계를 자동화하는 MultiPrime이라는 프로그램을 소개.. 2026.07.06
• Oxford Nanopore NO-MISS 공개 – 미생물 균주 WGS Oxford Nanopore NO-MISS 공개 – Nanopore-only 미생물 균주 전장유전체 시퀀싱 미생물 균주의 전장유전체 시퀀싱(Whole Genome Sequencing, WGS)은 감염병 감시, 병원 내 감염 관리, 식품 안전, 항생제 내성(AMR) 분석, 바이오의약품 생산 균주 관리 등 다양한 분야에서 핵심적인 분석 방법으로 활용되고 있습니다. 하지만 기존의 Short-read 기반 시퀀싱은 반복서열(Repeat Region), 플라스미드, 구조 변이(Structural Variant)와 같은 복잡한 유전체 구조를 완전히 해석하는 데 한계가 있으며, 정확한 de novo assembly를 위해 Long-read 데이터를 함께 사용하는 경우가 많았습니다. Oxford Nanopore Tec.. 2026.07.05
• Oxford Nanopore Salmonella 신속 혈청형 분석 Oxford Nanopore, Direct-from-Colony Salmonella 시퀀싱 워크플로우 공개 Oxford Nanopore Technologies(ONT)는 Direct-from-Colony Microbial Sequencing 포트폴리오의 첫 번째 워크플로우로 Rapid Salmonella Identification & Serotyping 프로토콜을 새롭게 공개했습니다. 이번 워크플로우는 Rapid PCR Barcoding Kit 24 V14(SQK-RPB114.24)를 이용하여 Salmonella 단일 콜로니(Single Colony)에서 직접 라이브러리를 제작하고, Whole Genome Sequencing(WGS)을 통해 빠르게 균종 확인(Identification), 혈청형(Sero.. 2026.07.05
• stylo: a lightweight nanopore assembly pipeline optimized for enteric bacteria stylo: a lightweight nanopore assembly pipeline optimized for enteric bacteriastylo: 장내세균 분석을 위한 가벼운 Nanopore assembly pipelineOxford Nanopore long-read 데이터를 빠르게 조립하고 QC하는 워크플로우 최근 미생물 유전체 분석에서는 Oxford Nanopore Technologies, 즉 ONT 기반 long-read sequencing의 활용이 빠르게 증가하고 있습니다. Nanopore sequencing은 긴 read를 생성할 수 있기 때문에 세균 유전체 조립, 반복서열 해결, 플라스미드 구조 확인, outbreak surveillance 등에서 장점이 있습니다. 이번 논문에서 소개된 .. 2026.06.19
• Oxford Nanopore SQK-MAB114.24 출시 – 16S·ITS 시퀀싱 Oxford Nanopore, 새로운 Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V14(SQK-MAB114.24) Early Access 출시 Oxford Nanopore Technologies(ONT)가 Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V14(SQK-MAB114.24)의 Early Access를 시작했습니다. 이번 키트는 최대 24개의 샘플을 동시에 바코딩하여 16S rRNA와 ITS 시퀀싱을 수행할 수 있는 새로운 Amplicon Sequencing 솔루션입니다. 특히 새로운 16S 프라이머와 ITS 프라이머 세트가 함께 제공되어 세균뿐 아니라 진균(Fungi)까지 하나의 플랫폼에서 효율적으로 분석할 수 있습니다. 또한 키트 출시와 함께 새로운 1.. 2026.07.05
• Oxford Nanopore Simplex Read만으로 T2T Genome Assembly 가능할까? 수마트라 호랑이 게놈으로 입증한 최신 연구 The tiger who came to T2T: Telomere-to-Telomere genome assembly of the Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae) using nanopore simplex readsOxford Nanopore Simplex Read만으로 T2T Genome Assembly가 가능할까?HERRO와 Hifiasm ONT가 만든 새로운 가능성멸종위기 수마트라 호랑이, 유전체를 끝까지 읽어야 하는 이유현재 야생에는 500마리 이하의 수마트라 호랑이(Panthera tigris sumatrae)만 남아 있는 것으로 알려져 있습니다. 개체 수가 급격히 감소하면서 근친교배와 유전적 다양성 감소가 중요한 보전 과제로 떠오르고 있습니다. 이러한 문제.. 2026.07.06
• 혈액배양 검사보다 10시간 빠른 병원균 진단, Oxford Nanopore 메타지노믹스의 가능성 Rapid diagnosis of common, undetected, and uncultivable bloodstream infections from positive blood cultures using Oxford Nanopore sequencing: a metagenomic pipeline analysisOxford Nanopore로 혈액배양 양성 검체를 3시간 만에 분석하다배양으로 놓친 병원균까지 찾아낸 메타지노믹스 파이프라인 패혈증 진단이 왜 어려울까?패혈증(Sepsis)은 전 세계적으로 매년 수천만 명이 발생하며 적절한 항생제를 얼마나 빨리 사용하는지가 생존율을 결정합니다.하지만 현재 병원에서 사용하는 표준 진단법은 다음과 같은 문제가 있습니다.혈액배양 결과까지 36~72시간 필요이미 항생제를.. 2026.07.06
• Oxford Nanopore Plasmid Sequencing Workflow 공개 Oxford Nanopore 플라스미드 시퀀싱 워크플로우 공개 – End-to-End Plasmid Sequencing 플라스미드는 유전자 치료(Gene Therapy), DNA 백신(DNA Vaccine), 유전자 클로닝, 합성생물학(Synthetic Biology), 산업 바이오 등 다양한 분자생물학 연구에서 핵심적으로 사용되는 DNA 벡터입니다. 플라스미드를 제작한 후에는 원하는 서열이 정확하게 삽입되었는지, 돌연변이나 구조적 이상이 없는지 확인하는 Construct Verification 과정이 필수적입니다. Oxford Nanopore Technologies(ONT)는 이러한 플라스미드 검증을 보다 빠르고 간편하게 수행할 수 있도록 Plasmid End-to-End Sequencing Workf.. 2026.07.05
• Oxford Nanopore Rapid Metagenomic Sequencing 공개 Oxford Nanopore Rapid Metagenomic Sequencing 공개 – 세균·진균·바이러스 병원체를 빠르게 검출하는 End-to-End 워크플로우 Oxford Nanopore Technologies(ONT)는 Rapid Metagenomic Sequencing for Surveillance of Bacterial, Fungal and Viral Pathogens 워크플로우를 새롭게 공개했습니다. 이번 워크플로우는 Rapid Barcoding Kit(SQK-RPB114.24)를 기반으로 하며, 박테리아, 진균(곰팡이), 바이러스 등 다양한 병원체를 하나의 실험에서 빠르게 검출할 수 있도록 설계된 End-to-End 메타게놈 시퀀싱 솔루션입니다. 특히 샘플 전처리부터 라이브러리 준비, 시퀀.. 2026.07.05
• RNA를 있는 그대로 분석하는 기술, Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing RNA를 있는 그대로 분석하는 기술, Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing 전사체(transcriptome) 분석은 생명과학 연구에서 유전자 발현을 이해하기 위한 핵심 기술로 자리 잡았습니다. RNA sequencing(RNA-seq)은 세포에서 어떤 유전자가 발현되고 있는지뿐만 아니라, 대체 스플라이싱(alternative splicing), 전사체 구조(transcript structure), 유전자 발현량 등을 분석하는 데 널리 활용되고 있습니다. 그러나 대부분의 기존 RNA sequencing 방법은 RNA를 직접 분석하는 것이 아니라, 먼저 RNA를 cDNA로 역전사(reverse transcription)한 뒤 PCR 증폭을 거쳐 시퀀싱을 수행합니다. 이러한 과정.. 2026.07.03
• Oxford Nanopore Long-read Metagenomics로 항생제 내성까지 한 번에! BRD 진단 성능 평가 논문 리뷰 Evaluating the Diagnostic Performance of Long- Read Metagenomic Sequencing Compared to Culture and Antimicrobial Susceptibility Testing for Detection of Bovine Respiratory Bacteria and Indicators of Antimicrobial ResistanceOxford Nanopore Long-read Metagenomics는 배양검사를 대체할 수 있을까?소 호흡기 질환(BRD) 진단에서 Long-read Metagenomics의 진단 성능 평가 최근 Oxford Nanopore의 Long-read metagenomic sequencing은 감염병 진단 분야에서 빠.. 2026.06.30
• 하나의 바닷물 샘플에서 488개 게놈 복원: Nanopore와 myloasm이 바꾼 메타게놈 분석 Contrasting population structures coexist in a strain-resolved estuarine microbiome720 Gbp 나노포어 메타게놈으로 밝혀낸 미생물 생태계의 숨겨진 진실하나의 물 샘플 안에서 공존하는 완전히 다른 진화 전략 최근 bioRxiv에 공개된 연구에서는 Oxford Nanopore PromethION을 이용해 샌프란시스코 만(South San Francisco Bay)의 미생물 군집을 초고해상도로 분석했습니다. 연구진은 무려 720 Gbp의 Nanopore 데이터를 생성하고, 최신 assembler인 myloasm을 사용하여 기존에는 불가능했던 수준의 strain-level metagenomics를 구현했습니다. 이 연구의 가장 큰 의미는 단순히.. 2026.06.23
• 소아 백혈병 진단의 게임체인저? ONT Adaptive Sampling WGS 다기관 임상 검증 결과 Addressing the Global Diagnostics Gap for Childhood Leukemias: A Global, Multisite Type 2 Hybrid Validation Study of Nanopore-based Adaptive Sampling Whole Genome SequencingONT Adaptive Sampling WGS, 소아 백혈병 진단의 새로운 표준이 될 수 있을까? Oxford Nanopore Technologies(ONT)의 Adaptive Sampling Whole Genome Sequencing(asWGS)을 이용해 소아 백혈병을 진단할 수 있는지를 실제 임상 환경에서 검증한 연구입니다. 특히 이번 연구는 단순한 기술 검증을 넘어 미국, 네덜란드, 인도, 파키.. 2026.06.15
• 고해상도 메타게놈 Assembly를 위한 새로운 접근법, myloasm High-resolution metagenome assembly for modern long reads with myloasmONT 메타게놈 Assembly의 새로운 전환점? Harvard가 공개한 myloasm 분석 메타게놈 분석(Metagenomics)은 배양 없이 미생물 군집 전체의 유전체를 분석할 수 있는 강력한 방법입니다. 최근에는 Oxford Nanopore Technologies(ONT)와 PacBio HiFi 같은 장독해(Long-read) 시퀀싱 기술이 발전하면서, 단순히 어떤 미생물이 존재하는지 확인하는 수준을 넘어 개별 게놈을 완전하게 복원하는 단계까지 발전하고 있습니다. 하지만 메타게놈 assembly는 여전히 쉽지 않은 문제입니다. 특히 동일 종 내 여러 strain이 공존하거나,.. 2026.06.11
• Dorado 사용 방법 정리: 모델 다운로드부터 Basecalling, Methylation Calling, Demultiplexing까지 Dorado 사용 방법 총정리: 설치, 모델 다운로드, Basecalling, Methylation Calling, DemultiplexingOxford Nanopore 데이터를 분석할 때 가장 먼저 사용하는 핵심 소프트웨어 중 하나가 Dorado입니다. Dorado는 nanopore sequencing 장비에서 생성된 raw signal 데이터를 실제 염기서열로 변환해주는 Oxford Nanopore의 basecaller입니다. Raw signal 데이터는 주로 POD5 파일에 저장되며, Dorado는 이를 A, C, G, T 염기서열로 변환합니다. 참고로 .fast5 파일도 읽을 수 있지만, 공식 문서에서는 .fast5 지원이 deprecated 되었다고 안내하고 있습니다. 즉, Dorado의 기본 .. 2026.05.22