DRS6 Nanopore Direct RNA vs PCR-cDNA: Transcriptome 해석을 바꾸는 5′/3′ Coverage Bias 보호되어 있는 글 입니다. 2026. 5. 11. Nanopore로 RNA를 바로 읽는 시대 - FMDV direct RNA sequencing 프로토콜 정리 Direct RNA Sequencing of Foot-and-mouth Disease Virus Genome Using a Flongle on MinIONNanopore로 RNA를 바로 읽는 시대 - FMDV direct RNA sequencing 프로토콜 정리 왜 바이러스 분석은 아직도 복잡할까?구제역 바이러스(Foot-and-mouth disease virus, FMDV)는 가축 산업에 막대한 피해를 주는 대표적인 RNA 바이러스입니다. 이 바이러스는 전파 속도가 빠르고 변이가 다양하기 때문에, 단순히 존재 여부를 확인하는 것을 넘어 빠르게 유전체를 분석하는 것이 매우 중요합니다.하지만 기존 sequencing 방법은 생각보다 복잡합니다.대부분의 workflow는 다음과 같습니다.RNA 추출reve.. 2026. 4. 6. [DRS] RNA004 기반 Direct RNA Sequencing의 임상 적용 사례 – METTL5 환자 분석 Direct RNA Sequencing(DRS), RNA004로 “임상 적용”에 한 걸음 더 가까워지다. Direct RNA sequencing(DRS)은 RNA를 cDNA로 바꾸지 않고(native RNA 그대로) 나노포어로 읽어, 전사체(isoform/스플라이싱), poly(A) tail 길이, 그리고 RNA modification(예: m6A, pseudouridine)까지 한 번의 실험에서 동시에 얻을 수 있는 접근입니다. 기존 NGS RNA-seq은 cDNA 변환과 절편화 과정 때문에 RNA의 modification 정보를 직접 보존/관찰하기 어렵다는 한계가 있다는 점을 논문에서 분명히 짚고 있습니다. 이번 논문은 특히, 구형 화학(RNA002)에서 문제였던 낮은 throughput/정확도/수.. 2026. 2. 24. [RNA] Direct RNA Sequencing으로 본 희귀질환의 분자적 원인– METTL5 변이와 RNA modification Direct RNA sequencing enables improved transcriptome assessment and tracking of RNA modifications for medical applications 한 줄 요약Oxford Nanopore의 RNA004 Direct RNA Sequencing(DRS)는 기존 RNA002 대비 처리량·정확도·RNA modification(m6A, Ψ) 검출 능력을 크게 개선했으며, 실제 희귀질환 환자(METTL5 변이)에서 RNA methylation 결손을 직접 확인한 첫 임상 적용 사례를 제시한다.METTL5 변이는 18S rRNA의 특정 m6A 수정이 사라지면서 리보솜 기능이 무너지는 희귀 지적발달장애(OMIM #618665)를 유발하며, 본 논.. 2026. 1. 19. [서울대-장혜식 교수님] 230kb 바이러스가 ‘긴 RNA’를 50% 이상 쓰는 이유: HCMV lncRNA와 m6A의 역할 Functional and molecular dissection of HCMV long non-coding RNAs HCMV는 Human Cytomegalovirus(사람 거대세포바이러스)의 약자입니다. 논문에서도 HCMV를 β-헤르페스바이러스(beta-herpesvirus) 계열의 바이러스로 소개합니다.핵심 특징을 정리하면:사람에게 매우 흔한 바이러스로, 전 세계 인구의 상당수가 감염 경험이 있는 “ubiquitous pathogen(흔한 병원체)”로 설명됩니다.한 번 감염되면 평생 잠복(latency)할 수 있고, 건강한 사람에서는 대부분 무증상이지만, 면역저하자에서는 재활성화되어 심각한 문제(이환/사망 위험)를 일으킬 수 있습니다.잠복의 주요 저장고로 미분화 조혈전구세포(HPCs)가 언급되며, 재활.. 2026. 1. 19. [분석/DRS] SingleMod — Nanopore Direct RNA 시퀀싱 기반 단일 분자 m6A 변형 검출 도구 SingleMod 소개 — 나노포어 DRS로 단일 RNA 분자의 m6A 수정(Methylation) 검출 SingleMod이 뭔가요?SingleMod은 딥러닝 기반의 분석 도구로, Oxford Nanopore Technologies (ONT)의 직접 RNA 시퀀싱 (Direct RNA Sequencing, DRS) 데이터를 이용하여, 단일 RNA 분자(single-molecule) 수준에서 m6A 메틸화 (adenosine 6-methyladenosine) 위치를 정밀히 예측할 수 있게 설계된 툴입니다.논문은 2025년 6월 2일자 Nature Communications 에 게재되어 있으며, 이는 SingleMod의 과학적 타당성 및 성능을 뒷받침합니다.또한 SingleMod은 m6A 뿐 아니라 “다른 .. 2025. 12. 5. 이전 1 다음
