nanopore7 Oxford Nanopore 기반 고정밀 메타지노믹스 분석: 복잡 미생물군집에서 MAG 회수 및 균주 수준 분해능 향상 메타지노믹스 조립된 유전체 회수 및 균주 수준 해상도 제공 Oxford Nanopore Technologies(ONT)는 복잡한 미생물군집 내 유전체 조립과 균주 수준의 분해능 확보에 뛰어난 성능을 보여주며, 메타지노믹스 연구에 새로운 가능성을 제시하고 있습니다. 이번 애플리케이션 노트에서는 ZymoBIOMICS Fecal Reference 샘플을 대상으로 ONT 기반의 메타지노믹스 분석이 어떻게 진행되었는지를 소개합니다.연구 개요샘플: 건강한 기증자의 대변에서 추출한 ZymoBIOMICS Fecal Reference목표: MAGs (Metagenome-Assembled Genomes)의 회수율, AMR (항생제 내성 유전자) 탐지, 균주 수준 식별 평가사용 기술:ONT PromethION 플랫폼MAG .. 2025. 4. 25. 나노포어 시퀀싱으로 단일 검사에 성공: 40여 개 STR 유전질환 진단 기술 소개 Comprehensive genetic diagnosis of tandem repeat expansion disorders with programmable targeted nanopore sequencing저널: Science Advances (2022)나노포어 기반 맞춤형 STR 시퀀싱의 새로운 가능성연구 배경 유전자 내 특정 반복 서열(STR: Short Tandem Repeat)의 비정상적인 확장은 다양한 신경·근육계 유전 질환을 유발합니다.하지만 기존 검사법(예: PCR, Southern blot, Sanger, Illumina MPS)은:분석 가능한 유전자 수가 제한적이고,확장 크기, 반복 모양, 내부 구조,그리고 메틸화 상태까지 한 번에 알기 어렵습니다.이에 연구팀은 Oxford Nanopor.. 2025. 4. 24. Strain-level Identification of Foodborne Pathogens Without Culture: Powered by Nanopore Adaptive Sampling Strain-level characterization of foodborne pathogens without culture enrichment for outbreak investigation using shotgun metagenomics facilitated with nanopore adaptive sampling식품 속 병원균을 분석하는 데 있어 가장 큰 걸림돌 중 하나는 바로 배양 과정입니다. 전통적인 방법은 시간이 오래 걸리고, 배양이 되지 않는 균주는 분석조차 어렵습니다. 그런데 최근, 배양 없이도 균주 수준(strain-level)까지 병원균을 식별할 수 있는 방법이 발표되었습니다. 핵심은 Oxford Nanopore의 어댑티브 샘플링(adaptive sampling)과 샷건 메타게놈 시퀀싱의.. 2025. 4. 24. 3-hour genome sequencing and targeted analysis to rapidly assess genetic risk 3시간 만에 유전체 분석과 타겟 분석을 통해 유전 질환 위험 빠르게 평가목적중환자 치료 환경에서는 신속한 유전체 검사가 진단, 치료 결정, 보호자와 의료진의 판단에 큰 도움이 됩니다. 본 연구는 단순화된 DNA 추출 및 라이브러리 준비 과정을 통해, 환아의 형제자매 정보 기반으로 멘델 유전질환 위험을 장독립 시퀀싱(long-read genome sequencing)과 타겟 분석으로 3시간 이내에 평가할 수 있는지를 확인했습니다.방법제대혈에서 DNA를 추출한 뒤 빠르게 라이브러리를 준비하고, PromethION 장비에서 유전체 시퀀싱을 수행했습니다. 실시간에 가까운 방식으로 FASTQ 데이터를 생성하고, 기준 유전체에 정렬한 뒤 정해진 시간마다 변이 분석을 진행했습니다.단순히 전체 유전체를 해독하는 것뿐 .. 2025. 4. 1. Oxford Nanopore 시퀀싱 기반 유전체 구조 변이 해석 Oxford Nanopore 시퀀싱 기반 유전체 구조 변이 해석유전체 내에서 구조 변이(Structural Variants, SVs)나 반복서열 확장(Repeat Expansion)은 여러 유전 질환의 핵심 원인이 됩니다. 하지만 SMN1/SMN2, CYP21A2 같은 유전자는 유사 paralog(상동 유전자)가 많아 기존 기술로는 구별이 어렵습니다. Oxford Nanopore의 장편 시퀀싱(long-read) 기술은 이러한 복잡한 유전자 구간도 정확히 분리 및 해석할 수 있어 임상적 가치가 매우 높습니다.1. 유사 유전자의 복사수(CNV), 어떻게 구별하나?SMN1과 SMN2는 구조적으로 매우 유사하지만 복사수 차이가 척수성 근위축증(SMA) 진단의 핵심입니다.Whatsapp 분석툴과 나노포어 리드의.. 2025. 3. 31. Nanopore Sequencing for Microbiology & Infectious Diseases 공공 보건, 식품 안전, 임상 연구에서 병원성 미생물의 확산을 방지하기 위해서는 미생물의 빠르고 정확한 식별 및 특성 분석이 매우 중요합니다. 나노포어 시퀀싱은 완전한 미생물 유전체를 생성함으로써, 감염병 발생 조사, 항생제 내성(AMR) 감시, 식품 품질 모니터링, 신제품 개발 등 다양한 분야에서 풍부한 미생물 정보를 제공합니다. 이 브로셔에서는 기존 short-read 기술의 한계를 극복하고 미생물 유전체를 포괄적으로 분석할 수 있는 나노포어 시퀀싱 기술에 대해 확인하실 수 있습니다. 2025. 3. 24. Direct RNA Sequencing (modifications with PCR-free) Detecting isoforms and RNA modifications with PCR-free, direct RNA nanopore sequencing나노포어 Direct RNA Sequencing, 전사체를 '있는 그대로' 읽는 기술가공 없는, 진짜 RNA를 직접 시퀀싱하다Oxford Nanopore의 Direct RNA 시퀀싱 기술 소개기존 RNA 시퀀싱은 RNA를 직접 읽는 것이 아니라, 먼저 cDNA로 변환한 후 시퀀싱을 진행합니다. 이 과정에는 역전사(reverse transcription)와 PCR 증폭 같은 전처리 과정이 필요하지만, 이로 인해 중요한 정보가 왜곡되거나 소실될 위험이 존재합니다.예를 들어:역전사 과정 중 메틸화(methylation) 정보가 사라질 수 있음특정 서열이 잘 .. 2025. 3. 21. 이전 1 다음
