Virus6 Nanopore SMART-9N으로 RNA 바이러스 분석하기: Metagenomics vs Amplicon 비교 Rapid viral metagenomics using SMART-9N amplification and nanopore sequencingNanopore SMART-9N으로 RNA 바이러스를 빠르게 분석할 수 있을까? 이런 분들께 추천합니다RNA virus sequencing 방법을 비교하고 싶은 분amplicon vs metagenomics 차이를 이해하고 싶은 분Nanopore 기반 viral sequencing workflow를 고민하는 분1. 왜 이 연구가 중요한가RNA 바이러스는 다음과 같은 특징을 가집니다.변이 속도가 매우 빠름outbreak 및 pandemic의 주요 원인임상적으로 구분이 어려움대표적인 예:Zika virusYellow fever virusSARS-CoV-2문제는 기존 진단.. 2026. 4. 27. [Virus] Nanopore sequencing으로 분석한 FMDV carrier와 coinfection: metagenomic 접근 Analysis of Coinfection Pathogens From Foot-and-mouth Disease Virus Persistently Infected Cattle Using Oxford Nanopore SequencingNanopore sequencing으로 FMDV 지속 감염의 원인을 추적하다 - 다중 병원체 coinfection 분석 1. 연구 배경구제역 바이러스(Foot-and-mouth disease virus, FMDV)는 가축 산업에서 가장 큰 경제적 피해를 유발하는 바이러스 중 하나입니다. 특히 중요한 문제는 다음입니다.일부 동물은 감염 후에도 증상이 없이 지속 감염(carrier state) 상태로 남음이 상태에서 바이러스가 계속 존재문제는 왜 일부 개체에서 지속 감염이 발생하.. 2026. 4. 3. [Virus] Nanopore 기반 병원체 검출: SISPA 2.0과 DASH를 이용한 메타게놈 분석 Sensitive, flexible, and affordable serum RNA sequencing for pathogen detection on the Oxford Nanopore platformNanopore 기반 저비용 병원체 검출: SISPA 2.0 프로토콜 PCR 없이도 병원체를 검출할 수 있을까?이 연구는 Nanopore 기반 메타게놈 분석으로 이를 가능하게 만든 방법을 제시합니다. 연구 개요본 연구에서는 혈청(serum) 샘플에서 병원체를 검출하기 위한 Nanopore 기반 메타게놈 시퀀싱 프로토콜을 개선하여, 기존 방법 대비 더 높은 민감도와 낮은 비용을 동시에 달성한 SISPA 2.0 방법을 제시하였습니다.연구 배경기존 병원체 검출 방법은 다음과 같은 한계가 있습니다.PCR 기반 → 특.. 2026. 3. 18. 신종 호흡기 바이러스, 현장에서 잡아낼 수 있을까?– Multiplex PCR과 Nanopore 시퀀싱으로 구현한 조기 감시 전략 Novel multiplex family-wide PCR and Nanopore sequencing of amplicons (FP-SA) approach for surveillance of influenza- and coronaviruses in humans and animals신종 호흡기 바이러스, 현장에서 빠르게 잡아낼 수 있을까?Multiplex PCR과 Nanopore 시퀀싱(FP-NSA)이 제시하는 새로운 감시 전략1. 왜 새로운 바이러스 감시 도구가 필요한가에볼라, Mpox, 뎅기열, COVID-19와 같은 최근의 인수공통감염병 유행은 질병 발생 초기 단계에서의 감시(surveillance)와 조기 탐지의 한계를 분명히 보여주었습니다. 특히 문제는 다음과 같습니다.대부분의 진단 PCR은 이미 .. 2026. 1. 27. [고려대-송진원 교수님] 멀티플렉스 PCR 기반 나노포어 시퀀싱을 이용한 한국 SFTS 바이러스 전장 유전체 및 유전적 다양성 분석 Whole-genome sequencing and genetic diversity of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus using multiplex PCR-based nanopore sequencing, Republic of Korea 이번 연구에서는 대한민국에서 채집한 진드기 풀(pool) 시료로부터 SFTSV의 L/M/S 세 분절을 대상으로, 전장에 가까운 유전체를 해독하기 위한 멀티플렉스 PCR 기반 Oxford Nanopore 시퀀싱 워크플로우를 구축하였습니다. 저자들은 나노포어 시퀀싱을 약 1시간 정도 수행하는 것만으로도, 계통 분석과 reassortment 분석에 충분한 깊이를 갖는 거의 전체 유전체를 복원할 수 있으며, 이러한 어셈블리.. 2025. 11. 28. [Metagenomics] 호흡기 병원체의 빠른 식별을 위한 메타지놈 시퀀싱 워크플로우 Rapid identification of respiratory pathogens with Oxford Nanopore metagenomics 배양 없이 호흡기 병원체를 빠르게 규명하다Oxford Nanopore 기반 메타게놈 워크플로 완전 정리 호흡기 감염병 진단에서 가장 큰 문제 중 하나는 병원체를 사전에 특정하지 못한 상태에서, RNA 바이러스와 DNA 기반 세균·진균을 동시에 고려해야 한다는 점입니다. 이러한 상황에서는 여러 검사법을 병행해야 하므로 진단 시간이 지연될 수 있습니다.기존 short-read 기반 메타게놈 기술은 다음과 같은 한계를 가집니다:짧은 read로 인해 근연 균주(strain) 구분이 어려움샘플 batching이 필요해 결과 도출이 지연됨항생제 내성 유전자의 정확한 유전체 .. 2025. 3. 25. 이전 1 다음
