식물 유래 초장기(ultra-long) DNA 추출 프로토콜 소개

Ultra-long DNA molecule isolation from plant nuclei for ultra-long read genome sequencing

울트라 롱리드 시퀀싱(Ultra-long read sequencing)은 고품질 유전체 조립을 가능하게 하는 핵심 기술이지만, 이를 위해서는 높은 분자량(HMW)의 DNA가 반드시 필요합니다. 특히 식물 조직에서는 세포벽, 다당류, 폴리페놀 등으로 인해 고품질 DNA 추출이 어려운 경우가 많습니다. 이 논문에서는 12종의 식물로부터 ultra-long DNA를 효율적으로 추출할 수 있는 프로토콜을 제안합니다.

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핵심 내용 요약

• 대상: recalcitrant(추출 어려운) 식물 조직 포함 12종
• 목표: ultra-long read genome sequencing용 DNA 추출
• 중요 요소: 핵(nuclei) 파쇄를 위한 적절한 lysis buffer 조성
  → DNA 품질과 수율 향상에 결정적

이 프로토콜은 비교적 저비용으로 짧은 시간 내 고분자량 DNA를 안정적으로 추출할 수 있어, 일반 실험실에서도 사용하기 쉬운 방식입니다.

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상용키트 vs Zhang et al. 프로토콜

항목	상용 키트 (예: Qiagen)	Zhang et al. 프로토콜
리드 길이	일반적으로 20–50 kb	100–500 kb 이상 가능
가격	중간~높음	저비용 (일반 시약 사용)
기술 난이도	낮음	중간 (핵 추출 경험 필요)
적용 종 다양성	제한적	다수 식물종에 사용 검증됨

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적용 대상

• Oxford Nanopore의 ultra-long 시퀀싱을 수행하려는 연구자
• 다양한 식물 종의 레퍼런스 유전체 구축을 시도하는 그룹
• T2T 유전체 조립, 염색체 구조 분석, 반복 영역 연구 등

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