나노포어를 활용한 빠르고 정확한 플라스미드 전체 서열 분석

Rapid plasmid characterisation with nanopore sequencing and EPI2ME™ analysis

 

연구자가 새로운 단백질을 합성하기 위해 가장 핵심적으로 사용하는 것은 바로 플라스미드 구성체입니다. 이 플라스미드에는 관심 있는 단백질을 암호화하는 유전자는 물론, 발현 조절 요소나 선택적 압력을 위한 유전적 요소 등이 포함되어 있습니다.

 

나노포어 시퀀싱은 이러한 플라스미드를 실험실 내에서 직접, 빠르고 정확하게 분석할 수 있도록 해줍니다. 몇 시간 내에 전체 길이 플라스미드 분석 결과를 확보할 수 있어, 외부 기관에 검체를 보내는 번거로움 없이 자체 검증이 가능합니다.

 

이 end-to-end 워크플로우는 플라스미드 시퀀싱 및 조립을 위한 유연하고 신속한 방법입니다.

 

Sanger 시퀀싱 vs. Oxford Nanopore 시퀀싱 (ONT)

항목	Sanger 시퀀싱	ONT 시퀀싱
읽기 길이	짧은 read (≤ 1kb)	긴 read (≥ 10kb)
정확도	매우 높음	반복 영역에서 낮을 수 있음
처리량/비용	낮은 처리량, 비용 높음	높은 처리량, 비용 효율적
시료 준비	복잡하고 시간 소요 많음	간단하고 빠름
프라이머	설계 필요	불필요
분석 범위	일부 구간만 분석	전체 플라스미드 분석 가능
샘플 오염 확인	어려움	가능 (혼합 서열 구분 가능)
돌연변이 확인	제한적	전체 서열 기반 확인 가능
반복/결실 분석	어려움	가능
다양한 플라스미드 분석	제한적	크기/복잡도 상관없이 가능
속도/워크플로우	느림, 수작업 많음	빠르고 자동화 가능 (Epi2melabs 분석 가능)
보안/내부 분석	외부 의존	자체 분석 가능, 보안 유지

 

End-to-End Workflow for Plasmid Sequencing (ONT)

https://nanoporetech.com/document/rapid-sequencing-v14-plasmid-sequencing-sqk-rbk114-96