EPI2ME - Running and Managing workflows
- 워크플로의 GitHub 페이지에서 어떤 파일이 사용된 도구, 해당 버전, 그리고 명령 실행 파라미터 목록을 제공합니까?
EPI2ME 워크플로에서 생성된 리포트에는 사용된 소프트웨어 버전과 사용자가 지정하거나 설정 가능한 파라미터가 나열됩니다. 그러나 하드코딩된 파라미터를 확인하려면, 개별 워크플로의 GitHub 페이지에 공개된 워크플로 소스 코드를 직접 살펴봐야 합니다.
- 워크플로에서 실제 코드와 명령어는 어디에서 찾을 수 있습니까?
- 내 컴퓨터에서 워크플로를 테스트할 예시 데이터 파일은 어디에서 찾을 수 있습니까?
- 각 워크플로의 예상 출력 목록은 어디에서 찾을 수 있습니까?
각 워크플로의 GitHub 리포지토리에 있으며, README 파일의 outputs 섹션으로 스크롤해 내려가면 확인할 수 있습니다.
- 워크플로가 EPI2ME Desktop에서 완료된 것으로 표시되지만 출력이 없는 경우, 다음 단계는 무엇입니까?
Open instance 또는 Open folder를 클릭하여 출력 파일이 있는지 확인하십시오. 출력이 없다면, 플랫폼 오류일 가능성이 높으므로 추가 조사를 위해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 제가 실행한 워크플로가 오류로 끝났습니다. 다음 단계는 무엇이며, 지원 티켓에 어떤 파일을 첨부해야 합니까?
워크플로를 다시 실행해 보십시오. 실패한 지점부터 다시 완료를 시도할 것입니다. 워크플로가 다시 실패한다면, 추가 조사를 위해 지원팀에 문의하시기 바랍니다. 로그는 Settings - Logs - Export logs를 클릭하여 수집할 수 있습니다.
- 워크플로 실행 후 더 많은 디스크 공간을 확보하고 싶습니다. 어떤 파일을 안전하게 삭제할 수 있습니까?
워크플로 개요 페이지에서 open instance를 클릭한 다음, 실행의 work 폴더를 수동으로 삭제할 수 있습니다. 만약 워크플로를 완전히 마쳤고 더 이상 어떤 데이터도 필요하지 않다면, 전체 디렉토리를 삭제해도 됩니다.
- Ubuntu에서 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션을 어떻게 열 수 있습니까?
Linux 시스템에서는 데스크톱 검색 기능을 사용해 EPI2ME를 검색하면 됩니다. 표시되는 아이콘을 클릭하면 애플리케이션이 실행됩니다.
- 워크플로 실행 결과의 출력 위치는 어떻게 찾습니까?
워크플로 개요 탭에서 open instance 버튼을 클릭하십시오.
또는 Results - Options - Open folder 버튼을 클릭하십시오.
- EPI2ME 워크플로는 바코드 데이터도 지원합니까?
대부분의 워크플로는 디멀티플렉싱된 데이터를 병렬 분석하는 것을 지원합니다. 워크플로에 sample sheet 파라미터가 있다면 바코드 데이터도 지원한다는 의미입니다.
여러 바코드를 사용해 실행하려면, 각 바코드마다 서브디렉토리가 있는 디렉토리를 입력해야 합니다. 선택적으로 sample sheet를 포함시켜 출력 파일에서 바코드를 샘플 이름으로 대체할 수도 있습니다.
예: 입력 디렉토리 구조
Sample sheet 파일은 MinKNOW sample sheet 사양에 맞춰 작성해야 합니다. EPI2ME Labs 워크플로의 경우 최소한 barcode와 sample_id 필드가 필요합니다:
- 다른 기술에서 생성된 데이터를 사용할 수 있습니까?
EPI2ME Labs 워크플로는 Oxford Nanopore Technologies의 장독(read) 시퀀싱 데이터에 맞게 설계되고 최적화되어 있습니다. 다른 기술 제공자의 데이터셋을 실행할 때 발생할 수 있는 문제에 대해서는 지원할 수 없습니다.
- GridION이나 PromethION에서 워크플로를 실행할 수 있습니까?
네, 장치에 EPI2ME Desktop을 설치해 실행할 수 있습니다. 이를 위해 Linux(Debian) 설치 지침을 따라야 합니다.
EPI2ME Desktop은 향후 장치 소프트웨어 버전에 포함될 예정입니다.
단, 장치에서 명령 프롬프트를 통해 Nextflow를 직접 실행해서는 안 됩니다. 장치에 사전 설치된 Nextflow는 MinKNOW 전용으로 사용되도록 되어 있습니다.
- 한 번에 둘 이상의 워크플로를 실행할 수 있습니까?
원칙적으로 여러 워크플로를 동시에 실행할 수 있습니다. 그러나 EPI2ME Desktop은 워크플로 실행 시 전체 리소스 사용량을 모니터링하지 않으므로, 여러 워크플로를 동시에 실행하면 시스템 성능과 안정성에 영향을 줄 수 있다는 점을 유념해야 합니다. 실행 중인 워크플로의 상태는 instances 시계 아이콘을 클릭해 확인할 수 있습니다.
GridION 및 PromethION 시퀀싱 장치에서는 EPI2ME Labs 워크플로가 MinKNOW보다 낮은 우선순위로 실행되므로 데이터 수집에는 영향을 주지 않습니다. 만약 여러 분석을 동시에 실행하고자 한다면, 클러스터 컴퓨팅 환경을 사용하는 것이 권장됩니다.
- HTML 리포트를 오프라인에서 볼 수 있습니까?
네, 리포트를 보는 데 필요한 스크립트와 스타일이 파일 안에 함께 포함되어 있습니다.
- 시퀀싱의 어느 시점에 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션을 사용해야 합니까?
대부분의 EPI2ME 워크플로는 시퀀싱과 베이스콜링이 완료된 후 실행되도록 설계되었습니다.
단, wf-metagenomics와 wf-basecalling 워크플로는 실시간 워크플로로도 실행할 수 있으며, 각각 시퀀싱 런이 진행 중일 때 시퀀스 데이터 또는 신호 데이터를 처리합니다.
Software (EPI2ME - Installation and Updating)
- EPI2ME에서 사용할 수 있는 워크플로는 무엇입니까?
EPI2ME에는 베이스콜링 및 정렬과 같은 일반적인 기본 작업부터, 메타게놈 분류나 전사체 어셈블리와 같은 특정 응용 작업까지 수행할 수 있는 다양한 워크플로가 제공됩니다.
사용 가능한 워크플로의 전체 목록과 각 워크플로에 대한 간단한 설명은 여기에서 확인할 수 있습니다. 각 워크플로 설명에는 해당 워크플로가 호스팅된 GitHub 리포지토리 링크와 샘플 워크플로 리포트도 포함되어 있습니다.
- EPI2ME Desktop이 접근해야 하는 인터넷 리소스는 무엇입니까?
애플리케이션은 다음 도메인에 연결을 시도합니다:
- labs.epi2me.io
- api.epi2mecloud.com
- amazonaws.com
- api.github.com
- docker.io
- docker.com
- oxfordnanoportal.com
- heapanalytics.com
- amazonaws.com
- okta.com
- oktacdn.com
- 애플리케이션을 어떻게 업데이트합니까?
애플리케이션을 시작할 때 업데이트가 가능하면 알림이 표시됩니다. 애플리케이션 업데이트는 웹사이트에서도 다운로드할 수 있습니다.
워크플로 역시 업데이트할 수 있으며, 각 워크플로 페이지에는 워크플로 코드를 최신 버전으로 갱신할 수 있는 업데이트 옵션이 있습니다. 최신 버전에 대한 소개는 Nanopore Community의 생정보학 릴리스 노트를 참고하십시오.
- 설치된 EPI2ME Desktop의 버전을 어떻게 확인합니까?
왼쪽 패널 하단의 설정 톱니바퀴 아이콘을 클릭하여 Settings 페이지를 선택하십시오. 설치된 EPI2ME 버전은 이 페이지의 오른쪽 상단에 표시됩니다.
- EPI2ME Desktop에 인터넷 연결이 필요합니까?
네, EPI2ME 데스크탑 애플리케이션은 인터넷 연결을 필요로 합니다. 애플리케이션은 사용자가 요청할 때 워크플로를 설치 및 업데이트하며, 워크플로는 사전 설치되어 있지 않습니다. 워크플로의 Nextflow 코드는 GitHub에서, Docker 컨테이너는 DockerHub에서, 예시 데이터셋은 EPI2ME AWS 버킷에서 다운로드됩니다.
- EPI2ME Desktop을 사용하기 위해 Java와 Nextflow를 설치해야 합니까?
- 내 컴퓨팅 클러스터에서 EPI2ME Desktop을 사용할 수 있습니까?
권장되지 않습니다. EPI2ME 데스크탑 애플리케이션은 한 대의 컴퓨터에서 단일 인스턴스만 실행해야 합니다.
다만, Nextflow 워크플로는 고성능 및 분산 방식으로 클러스터에서 실행하기에 적합합니다. 이를 위해서는 명령줄 인터페이스(CLI)를 통해 명령을 입력해야 합니다.
- GridION이나 PromethION에 EPI2ME Desktop을 설치할 수 있습니까?
네, 장치에 EPI2ME Desktop을 설치하고 실행할 수 있습니다. Linux(Debian) 설치 지침을 따르면 됩니다. EPI2ME Desktop은 향후 장치 소프트웨어 버전에 포함될 예정입니다.
Software (EPI2ME - General EPI2ME FAQS)
- EPI2ME에서 분석이 완료된 후 데이터는 어떻게 됩니까?
EPI2ME 클라우드에 업로드된 데이터는 사용자 전용으로 생성된 토큰을 사용해 암호화됩니다. 분석이 수행된 후 데이터는 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션으로 반환되며, 클라우드에 있는 파일은 삭제됩니다.
- EPI2ME의 데이터는 안전합니까?
EPI2ME는 현재 선도적인 클라우드 플랫폼 제공업체인 Amazon Web Services(AWS) 에서 호스팅됩니다.
AWS 컴플라이언스에 대한 자세한 정보는 AWS Compliance 리소스 페이지에서 확인할 수 있습니다.
EPI2ME는 AWS에서 제공하는 보안 기능과 직접적으로 연동하여, 사용자에게 동일한 수준의 보안을 제공합니다.
추가 정보는 Information Governance statement에서 확인할 수 있습니다.
Q-LINE (Support)
- Q-Line이란 무엇입니까?
Q-Line은 GMP-ready Oxford Nanopore 시퀀싱 솔루션입니다. Q-Line 제품은 나노포어 시퀀싱 기반 분석 방법을 연구 단계에서 상용화 단계까지 원활하고 확장 가능하게 이전할 수 있도록 필요한 핵심 인프라를 제공합니다. Q-Line에 대해 더 알아보려면 당사 웹사이트의 전용 제품 페이지를 참조하십시오. 관심이 있다면 이 양식을 작성해 등록할 수 있습니다.
- Q-Line 지원 패키지에는 무엇이 포함됩니까?
Q-Line 지원 패키지에는 보증(assurance), 서비스 방문(service visits), 예방 유지보수(preventative maintenance)가 포함됩니다.
- Q-Line assurance: 사전 원격 전화(Pre-delivery call), 장치 설치를 위한 현장 방문(On-site visit), 그리고 방문 후 5–6주 뒤의 후속 전화(Follow-up call)를 포함합니다.
- 예방 유지보수: 연 1회 현장에서 FSE(Field Service Engineer)가 수행합니다.
참고: IQ/OQ/IPV 서비스는 추가 옵션으로 제공되며 별도로 구매해야 합니다.
- 현재 사용 중인 Research Use Only(RUO) GridION을 Q-Line으로 업그레이드할 수 있습니까?
네, 현재 RUO GridION을 Q-Line GridION으로 교환(trade-in) 할 수 있습니다. 이 업그레이드 경로에는 비용이 발생합니다. 관심이 있다면 등록하거나, 이 옵션에 대해 논의하려면 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
Q-LINE (Consumables)
- Q-Line 시약의 유효 기간은 언제입니까?
Q-Line 키트에는 포장에 인쇄된 유효 기간이 있으며, 수령일로부터 최소 3개월 이후로 설정됩니다.
- Q-Line GridION에서 V14 케미스트리 라이브러리와 R10 플로우셀을 사용할 수 있습니까?
v1.1 Q-Line에서 R10.4.1 플로우셀과 V14 케미스트리를 사용하는 것은 권장되지 않습니다. 이 소모품들은 Q-Line 전용이 아니기 때문입니다. 또한 Q-Line GridION 시퀀싱 소프트웨어는 전용 Q-Line 플로우셀과 케미스트리에 최적화되어 있습니다. 현재 V14 케미스트리를 Q-Line에서도 사용할 수 있도록 준비 중입니다.
R10.4.1 플로우셀과 V14 케미스트리를 최적의 성능으로 사용하려면, RUO 장치용 최신 MinKNOW 소프트웨어를 사용하는 것을 권장합니다.
- Q-Line 플로우셀 R9 버전을 RUO 장치에서 사용할 수 있습니까?
네, Q-Line 플로우셀 R9 버전은 RUO 장치에서 사용할 수 있습니다.
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