Customer Support (Warranty and Storage)
- 플로우셀 보증 및 보관
내 플로우셀의 보증은 무엇인가요?
플로우셀 수율(포어 수)을 반환하는 플로우셀 체크(성능 검증)는 플로우셀을 수령했을 때가 아니라 시퀀싱 직전에 수행해야 합니다. 보증 기간은 배송일로부터 시작되며, 보증 관련 문제는 영업일 기준 2일 이내에 보고해야 합니다. 아래 표는 플로우셀 유형별 보증 기간을 보여줍니다.
참고: 보증은 플로우셀에서 첫 번째 시퀀싱 실행 전 수행된 플로우셀 체크에만 적용됩니다. 시퀀싱 및 Flow Cell Wash Kit로 세척 후 수행된 플로우셀 체크에는 적용되지 않습니다.
| 플로우셀 종류 | 최소 포어 수 | 보증 기간 |
| PromethION | 5000 | 12주 |
| MinION/GridION | 800 | 12주 |
| Flongle | 50 | 4주 |
내 플로우셀을 어떻게 보관해야 하나요?
모든 플로우셀은 최적의 성능을 보장하기 위해 수령 즉시 2–8°C에서 보관해야 합니다.
주의: 플로우셀은 짧은 시간이라도 동결 온도를 견디지 못하므로, 냉장고 뒷면이나 얼린 쿨팩과 같은 냉동 온도 요소와 직접 접촉하지 않도록 주의해야 합니다.
- 장비 보증 및 보관
상품을 수령한 후 반드시 장비를 점검하시기 바랍니다. 문제가 있을 경우 지원팀에 연락하십시오.
장비 보증은 Nanopore Store에서 해당 소프트웨어 및 장비 보증을 선택함으로써 적용받을 수 있습니다.
장비 보증이 적용되면, 갱신 시점이 가까워질 때 알림을 받게 됩니다.
모든 구매 장비에는 12개월간의 소프트웨어 및 장비 보증이 포함됩니다.
장비를 어떻게 보관해야 하나요?
장비가 파손되거나 오염되지 않도록 평평하고 깨끗한 표면에 보관하는 것을 권장합니다.
질문이 있는 경우, 당사 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 주문 발송 방식
플로우셀과 시퀀싱 키트는 온도에 민감하므로 최상의 상태로 도착할 수 있도록 관리됩니다.
- 소모품 배송
소모품은 운송 중 온도 급변을 방지하기 위해 쿨팩과 함께 배송됩니다.
도착 시 쿨팩이 녹아 있는 것은 흔한 일이며, 이에 대해 우려가 있다면 담당 팀에 문의하시기 바랍니다.
소모품 수령 후에는 반드시 권장 보관 온도에 맞게 보관하는 것을 권장합니다.
각 플로우셀 및 시퀀싱 키트의 안정성 및 보관 정보는 Nanopore Store에서 확인할 수 있습니다.
장비 배송
장비는 운송 중 손상을 방지하기 위해 별도로 배송됩니다.
보관
Customer Support (My Account)
- 내 계정(My Account) 역할과 권한
총 5가지 역할이 있으며, 팀 구성원에게 부여할 수 있습니다.
- Leader
- Admin
- Participant
- Purchase Agent
- Associate
※ 각 계정에는 반드시 1명의 Leader가 있어야 하며, 유사한 권한이 여러 명에게 필요할 경우 Admin으로 추가해야 합니다.
역할별 주요 기능
- Order Placement: 구매 가능 여부
- Order Tracking: 주문 및 인보이스 조회/관리 가능 여부
- Community Access: 게시글, 소프트웨어 다운로드, 제품 업데이트 접근 권한
- Team Management: 팀원 역할 변경, 팀원 추가 및 삭제 가능 여부
*주문 기능을 활성화하려면, 사용자를 Participant로 초대할 때 Store access 항목을 Yes로 선택해야 합니다.
Library Prep (Rapid Kits)
- 왜 Rapid Adapter(RA)를 희석해야 하나요?
V14 화학에서 DNA 캡처 효율이 향상되었습니다. 이는 자유 어댑터(free adapter)가 이전보다 더 쉽게 시퀀싱된다는 것을 의미합니다. 이를 보완하기 위해 DNA 라이브러리에 첨가되는 Rapid Adapter(RA) 양이 줄어들었으며, 보다 용이한 피펫팅을 위해 어댑터를 희석할 것을 권장합니다. 항상 당사 프로토콜의 지침을 따라 제품을 올바르게 사용하는 것을 권장합니다.
- 현장에서 어떤 키트를 사용할 수 있나요?
SQK-RAD114 또는 SQK-RBK114.24/96을 사용할 수 있습니다!
저희는 다양한 온도 조건에서 안정성과 성능을 테스트했습니다:
- 장기 보관을 위해서는 가능하다면 여전히 -20ºC 보관을 권장합니다.
- 실온(25ºC)에서는 안전하게 1–2주 보관할 수 있습니다.
- 4ºC에서는 최대 4주 보관이 가능합니다.
- SQK-RBK114.96으로 몇 개의 플로우셀을 운용할 수 있나요?
SQK-RBK114.96에는 실험의 유연성을 위해 충분한 버퍼가 추가로 포함되어 있습니다. 따라서 다음과 같이 선택적으로 준비할 수 있습니다:
- 96개 바코드를 포함한 3개의 라이브러리 또는 플로우셀
- 48개 바코드를 포함한 6개의 라이브러리 또는 플로우셀
- 24개 바코드를 포함한 12개의 라이브러리 또는 플로우셀
또한, 자동화를 지원하기 위해 총 24 µl의 Rapid Barcodes가 3개의 플레이트에 제공됩니다.
- Rapid Chemistry Kit에서 트랜스포자아제는 어떻게 작동하나요?
- 희석한 Rapid Adapter(RA)는 어떻게 보관해야 하나요?
각 라이브러리 준비 및 시퀀싱 실험마다 신선하게 희석한 Rapid Adapter(RA)를 준비할 것을 권장합니다. 시퀀싱 키트에는 각 준비 과정마다 새로운 RA 희석을 만들 수 있도록 충분한 여유 시약이 포함되어 있습니다. 하루 동안 여러 개의 플로우셀을 로딩하는 경우, 희석한 RA는 얼음 위 또는 4ºC에서 같은 날 여러 번 사용할 수 있습니다. 단, 12시간 이상 얼음 위나 4ºC에서 보관하는 것은 권장하지 않습니다.
- Rapid Kit에서 작은 DNA 조각을 사용할 수 있나요?
최적의 결과를 위해 gDNA 실험에서는 고품질의 고분자량 DNA(N50 > 30kb) 사용을 권장합니다. 그러나 더 짧은 DNA 조각을 시퀀싱하더라도 좋은 결과를 얻을 수 있습니다. 다만 Rapid Sequencing Kit은 트랜스포자아제 기반 화학을 사용하기 때문에, 500 nt 이하의 조각 길이로 시작하는 것은 권장하지 않습니다. Amplicon 시퀀싱을 원할 경우, Rapid Barcoding Amplicon Sequencing 프로토콜을 참고하시기 바랍니다.
Library Prep (Ligation Based Kits)
- 왜 NBD114.24에서는 DNA 수선 및 end-prep 후 정제(clean-up) 단계가 필요하지만, NBD114.96에서는 필요하지 않나요?
이는 두 프로토콜 간에 end-prep DNA를 다음 단계로 가져가는 부피 차이 때문입니다.
- NBD114.24: 7.5 µL
- NBD114.96: 0.75 µL
NBD114.24의 경우, UltraII 및 FFPE 수선 키트에서 효소의 잔여물이 함께 넘어가는 것을 최소화하기 위해 정제 단계가 필요합니다.
- 왜 라이브러리 준비 과정에서 DNA 수선(DNA repair)을 해야 하나요?
DNA 수선(NEBNext® FFPE 사용)은 염기 손상과 절단부(nick)를 복구해 줍니다. 만약 DNA 수선을 하지 않으면 시퀀싱 결과에 부정적인 영향을 줄 수 있습니다. 또한 시퀀싱 어댑터를 연결하기 전에 DNA에 dA-tailing 과정을 거쳐야 합니다. 당사 프로토콜에 따라, FFPE 수선과 dA-tailing 단계는 하나의 과정으로 결합되어 진행됩니다.
- Short Fragment Buffer(SFB)와 Long Fragment Buffer(LFB) 중 무엇을 사용해야 하나요?
- DNA 조각이 3 kb 미만이라면, 모든 크기의 DNA 조각을 보존하기 위해 Short Fragment Buffer(SFB)를 사용하세요.
- EDTA 바이알이 다 떨어졌는데 어떻게 해야 하나요?
EDTA 바이알이 부족하다면, 0.25M EDTA를 사용하고 프로토콜에 있는 파란색 뚜껑 EDTA 지침을 따라 사용하면 됩니다.
- 라이브러리 준비 과정에서 정제 단계에 반드시 SPRI beads를 사용해야 하나요?
네. 저희는 프로토콜에 명시된 모든 시약을 검증했으며, SPRI beads를 포함한 해당 시약들만 사용하는 것을 권장합니다.
- 네이티브 바코드 연결에서 Blunt T/A 대신 DNA T4 Ligase를 사용할 수 있나요?
아니요. 프로토콜은 최적화되어 있으며, 바코드 연결에는 Blunt T/A가 더 효과적인 것으로 확인되었습니다. 저희는 프로토콜에 명시된 제3자 시약만 검증 및 권장하고 있습니다.
- 다른 브랜드의 T4 ligase를 사용할 수 있나요?
나노포어 시퀀싱을 처음 사용하는 고객이라면 NEBNext® Companion Module for Oxford Nanopore Technologies® Ligation Sequencing (카탈로그 번호 E7180) 구입을 권장합니다. 저희는 프로토콜에 명시된 제3자 시약만 검증 및 권장하며, 다른 T4 ligase는 테스트하지 않았습니다.
- end-prep 단계를 생략할 수 있나요?
아니요. end-prep 단계는 어댑터 연결을 위해 DNA를 준비하는 데 반드시 필요합니다. 심지어 A-tail을 추가하는 중합효소로 PCR을 수행한 경우에도, 최적의 연결을 위해서는 end-prep 단계를 거쳐야 합니다.
Library Prep (Kit Descriptions and Use)
- 왜 시퀀싱 키트가 Early Access 상태인가요?
저희는 최신이자 최상의 제품을 가능한 한 빨리 고객이 사용할 수 있도록 제공하는 것을 목표로 합니다. 이를 통해 고객은 제품을 최대한 활용할 수 있으며, 저희는 피드백과 정보를 받아 경험을 개선할 수 있습니다. 이러한 제품은 최종 검증 및 안정성 테스트가 진행 중이므로, 짧은 공지 기간 내 변경될 수 있으며 보증 기간은 최소 1개월입니다. 자세한 내용은 각 제품의 스토어 페이지를 확인하시기 바랍니다.
- Ultra-Long DNA Sequencing Kit(SQK-ULK114)이란 무엇인가요?
Ultra-Long DNA Sequencing Kit은 초고분자량 DNA(uHMW)를 시퀀싱에 적합하게 준비할 수 있는 방법을 제공합니다. 이를 통해 N50 > 50 kb를 달성할 수 있으며, 최대 4 Mb 이상의 리드를 얻을 수 있음이 확인되었습니다.
- Rapid Sequencing Kit(SQK-RAD114)이란 무엇인가요?
Rapid Sequencing Kit V14 (SQK-RAD114)는 속도와 단순성에 최적화된 단독 키트로, PCR-free 방식으로 라이브러리를 시퀀싱할 수 있습니다. 또한 이 키트는 현장(field) 시퀀싱을 원하는 사용자에게도 적합합니다.
- Rapid PCR Sequencing Kit(SQK-RPB114.24)이란 무엇인가요?
Rapid PCR Barcoding Kit은 적은 양의 gDNA 샘플(1–5 ng)을 사용할 때, 바코드가 적용된 라이브러리를 가장 빠르고 간단하게 준비할 수 있는 방법을 제공합니다.
- Direct RNA Sequencing Kit(SQK-RNA004)이란 무엇인가요?
Direct RNA Sequencing Kit은 네이티브 RNA를 준비하고 시퀀싱하는 데 사용됩니다. 사용 가능한 입력물은 poly(A) tail이 있는 RNA 또는 total RNA, 예를 들어 진핵 mRNA 및 바이러스 RNA가 포함됩니다.
- 16S Sequencing Kit(SQK-16S114.24)이란 무엇인가요?
16S Barcoding Kit은 최대 24개 샘플에 대해 바코딩을 적용하여 세균을 속(genus) 수준에서 식별할 수 있도록 해줍니다.
- Q20+ Chemistry (Kit V14)이란 무엇인가요?
Q20+ Kit V14 화학 키트는 최신 버전의 시퀀싱 키트로, 단일 패스(single-pass)에서 Q20+ 모달 정확도를 달성하도록 설계되었습니다.
- Legacy Chemistry란 무엇인가요?
저희는 기존의 많은 시퀀싱 화학 키트들을 스토어의 새로운 Legacy 페이지로 이동시켰습니다. 이는 고객이 최신이자 최상의 제품 라인으로 전환할 수 있도록 돕는 동시에, 제품 구성을 간소화하기 위함입니다. 추가 정보는 웹사이트의 해당 페이지에서 확인하시기 바랍니다:https://nanoporetech.com/discontinued-kits
- Early Access란 무엇인가요?
공개 Early Access 제품은 모든 사용자가 사용할 수 있으며, 스토어에서 직접 구매 가능합니다. 이러한 제품은 최종 검증 및 안정성 테스트 진행 중이므로, 짧은 공지 기간 내 변경될 수 있으며 보증 기간은 최소 1개월입니다. 자세한 내용은 각 제품의 스토어 페이지를 참고하시기 바랍니다.
- Closed Access란 무엇인가요?
저희는 제품 개발 주기 중에 선정된 사용자를 대상으로 Closed Access 프로그램을 운영하여, 제품을 최적화하고 기능을 테스트하기도 합니다. Closed Access 제품은 아직 개발 중이며 변경이 진행되는 단계에 있습니다. 참여를 원하신다면, Register Your Interest(RYI) 기회와 관련된 공지 사항 및 Nanopore Community 게시물을 확인하시기 바랍니다.
- Released란 무엇을 의미하나요?
완전히 출시된 제품(Released products)은 모든 사용자가 사용할 수 있으며, 스토어에서 바로 구매 가능합니다. 완전히 출시된 제품은 3개월 이상 보증이 제공되며, 제품에 변경 사항이 있을 경우 3–12개월 전에 사전 공지됩니다. 자세한 정보는 각 제품의 스토어 페이지를 참고하시기 바랍니다.
- Rapid Barcoding Kit(SQK-RBK114.24 및 SQK-RBK114.96)이란 무엇인가요?
Rapid Barcoding Kit은 단순성과 속도에 최적화된 단독 키트로, PCR-free 방식을 사용하여 최대 96개 샘플을 시퀀싱할 수 있습니다.
- Native Barcoding Kit(SQK-NBD114.24, SQK-NBD114.96)과 Multiplex Ligation Kit(SQK-MLK114.96XL)이란 무엇인가요?
저희 Native Barcoding Kit과 Multiplex Ligation Kit은 최대 96개의 고유 바코드를 제공하여, gDNA 및 amplicon과 같은 dsDNA 샘플을 PCR-free 방식으로 멀티플렉싱할 수 있도록 합니다.
- Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK114 및 SQK-LSK114-XL)이란 무엇인가요?
Ligation Sequencing Kit은 dsDNA(gDNA, cDNA, amplicon 등)에서 시퀀싱 라이브러리를 준비할 수 있는 유연한 방법을 제공합니다.
- cDNA-PCR Sequencing Kit(SQK-PCS114 및 SQK-PCB114.24)이란 무엇인가요?
cDNA-PCR Sequencing Kit은 poly(A)+ RNA 또는 total RNA로부터 cDNA를 준비하여 나노포어 시퀀싱을 수행하는 데 사용됩니다.
- Singleplex 옵션: 단일 샘플에서 최대 출력 확보 가능
- Multiplexing 옵션: 최대 24개 샘플을 동시에 시퀀싱하여 비용 절감 가능
- Legacy 키트와 V14 키트를 R9.4.1 및 R10.4.1 플로우셀에서 섞어 사용할 수 있나요?
아니요!
- V14 화학 키트는 오직 R10.4.1 플로우셀에서만 사용할 수 있습니다:
- Flongle: FLO-FLG114
- MinION / GridION: FLO-MIN114
- PromethION: FLO-PRO114M
- Legacy 화학 키트(Kit V14 이전 버전, 예: SQK-LSK109)는 오직 R9.4.1 플로우셀에서만 사용할 수 있습니다.
또한, 판매량이 낮거나 이전 세대의 시퀀싱 화학 키트들은 스토어의 Legacy 페이지로 이동되었으며, 이를 통해 사용자가 최신이자 최상의 제품 라인으로 전환할 수 있도록 하고, 제품 구성을 단순화하였습니다.
Library Prep (Kit Contents and Composition)
- BSA의 기능은 무엇인가요?
BSA(Bovine Serum Albumin)는 플로우셀 내의 비특이적 결합을 차단하여, 더 많은 DNA 가닥이 나노포어에 이용될 수 있도록 합니다. 이를 통해 시퀀싱 출력량을 증가시킬 수 있습니다.
- Control Lambda 바이알(LMD)이란 무엇인가요?
LMD(Lambda DNA control)은 Lambda control 실험에 사용되는 기준 DNA를 포함하고 있으며, 이는 Enterobacteria phage lambda의 전체 게놈입니다. (서열 정보: here)
- 농도: 50 ng/μL
- Control Expansion Kit (EXP-CTL001)에 포함되어 있습니다.
- 버퍼, 어댑터, 프라이머의 구성 및 농도는 무엇인가요?
해당 정보는 저희의 화학 기술 문서(Chemistry technical document)에서 확인할 수 있습니다.
여기서 공개되지 않은 상세 내용은 자사 고유 정보이므로 제공되지 않습니다.
- DNA CS(DCS)란 무엇인가요?
DNA CS(DCS)는 DNA control strand로, Lambda 게놈의 3' 말단에 매핑되는 3.6 kb 표준 amplicon입니다. 이는 품질 확인을 위한 양성 대조 샘플로 사용되며, 라이브러리 준비 과정에서 샘플 실패와 라이브러리 준비 실패를 구분하는 데 도움을 줍니다.
- 농도: 10 ng/µL
- 서열 정보: 별도 링크에서 확인 가능 (링크)
- 포함 키트: Ligation Sequencing Kit에 포함되어 있습니다.
- 키트에 필요한 시약이 다 떨어졌습니다. 어떻게 해야 하나요?
나노포어 스토어에서는 다양한 Expansion Pack 및 보조(Auxiliary) Pack을 제공합니다. 추가 시약의 구입 가능 여부와 호환성을 확인하려면 Nanopore Store의 Expansion Packs 페이지를 확인하시기 바랍니다.
- 내 EDTA 바이알의 농도를 어떻게 알 수 있나요?
파란색 뚜껑(신규 버전): 0.25M EDTA
또한, 농도는 배치 번호에서도 구분할 수 있습니다:
- 신규 농도(0.25M): 예) NBD1424.20.0001, NBD1424.20.0002 이상 형식
- 구형 농도(0.5M): 예) NBD1424.10.0001 형식
- 플로우셀 프라이밍 믹스에 BSA를 사용해야 하나요?
비권장: Flongle 및 PromethION에서는 BSA 추가에 따른 성능 변화(긍정/부정)가 관찰되지 않아 넣지 않는 것을 권장합니다.
이전 화학(레거시): 과거 화학에서도 BSA의 성능 영향이 관찰되지 않았습니다.
실험에서 BSA 사용 시점과 방법은 공식 프로토콜의 지침을 따라 주세요. 또한 재조합 알부민(recombinant albumin)의 사용은 권장하지 않습니다.
- 이전에 사용하던 화학 키트의 남은 시약을 새로운 V14 화학 키트와 함께 사용할 수 있나요?
아니요. 기존 키트와 Kit V14 화학은 역호환(backwards compatibility)이 되지 않습니다. V14 키트에서는 성능과 안정성을 높이기 위해 여러 버퍼가 재구성되었으므로, 서로 다른 키트의 시약을 섞어서 사용해서는 안 됩니다.
Library Prep (General Library Prep FAQS)
- 왜 Native/Rapid Barcoding Kit이 바이알이 아니라 바코딩 플레이트로 왔나요?
이제 SQK-NBD114.24와 SQK-RBK114.24의 24개 바코드 바이알은 96웰 포맷으로 제공됩니다. 각 웰에는 한 번의 반응에 충분한 바코드와 약간의 여유 부피가 들어 있습니다. 바코드는 2개의 스커트형 PCR 플레이트로 제공되며, 동봉된 시약은 총 6회 반응에 충분합니다. 중요한 점은, 키트에 포함된 실제 시약은 변경되지 않았으며, 단지 포장 방식만 변경되었다는 것입니다. 첨부된 이미지는 이러한 변화를 보여주며, 앞으로 해당 변경이 적용되는 키트의 배치 번호도 함께 표시합니다.
- 라이브러리 준비 프로토콜은 어디에서 찾을 수 있나요?
라이브러리 준비 프로토콜은 Nanopore Community의 Documentation 탭에서 확인할 수 있습니다.
- 시퀀싱 어댑터에 대한 정보는 어디에서 찾을 수 있나요?
이 정보는 저희의 화학 기술 문서(Chemistry Technical Document)에서 확인할 수 있습니다.
- 시퀀싱 어댑터에 대한 정보는 어디에서 찾을 수 있나요?
이 정보는 저희의 화학 기술 문서(Chemistry Technical Document)에서 확인할 수 있습니다.
- 플로우셀에 얼마나 많은 라이브러리를 로딩해야 하나요?
최적의 시퀀싱 결과를 위해서는 공식 프로토콜에 명시된 플로우셀 로딩 권장량을 따르는 것을 권장합니다.
자세한 정보와 프로토콜은 Nanopore Community의 Documentation 공간에서 확인하실 수 있습니다.
- 서로 다른 키트의 시약을 함께 사용할 수 있나요?
아니요. 시퀀싱 키트 간의 구성품은 상호 교환하여 사용할 수 없습니다.
- 프로토콜에서 권장하는 것보다 적은 초기 입력량을 사용할 수 있나요?
저희 제품을 올바르게 사용하려면 항상 공식 프로토콜의 지침을 따르는 것을 권장합니다. 초기 입력량이 적으면 라이브러리 수율, 포어 점유율, 데이터 생성량이 모두 감소하게 됩니다. 또한, 응용별 프로토콜에서는 일반 키트 프로토콜과 입력 요구량이 다를 수 있으니 반드시 해당 프로토콜을 확인하시기 바랍니다.
- 프로토콜에 권장된 장비나 소모품 대신 다른 것을 사용할 수 있나요?
저희는 프로토콜을 따르는 것을 권장합니다. 프로토콜에 명시된 장비와 소모품은 해당 방법과 함께 검증된 것들이기 때문입니다.
- DNA 라이브러리를 보관할 수 있나요?
네, 가능합니다!
- 단기 보관 또는 반복 사용: Eppendorf LoBind 튜브에 담아 4 °C에서 보관
- 단일 사용 또는 3개월 이상 장기 보관: -80 °C에서 보관
실험을 언제, 어떻게 중단하거나 DNA 라이브러리를 보관해야 하는지에 대한 권장 사항은 공식 프로토콜을 따라주시기 바랍니다. 추가 정보는 DNA Library Stability know-how 자료에서 확인하실 수 있습니다.
Library Prep (General Lab Practice)
- 어떤 종류의 피펫을 사용해야 하나요?
플로우셀 관련 작업: 사용자 제어를 극대화하기 위해 단일 채널 수동 피펫(single-channel mechanical pipette) 사용을 권장합니다. 다만, 장비를 저희 방법에 맞게 검증했다면 전자 피펫(electronic pipette)도 적합할 수 있습니다.
항상 응용에 맞는 올바른 피펫 용량을 사용하고, 정확한 측정을 위해 장비가 적절히 보정(calibration)되어 있는지 확인해야 합니다.
- Eppendorf DNA LoBind® 튜브는 얼마나 중요한가요?
저희는 샘플 라이브러리의 최대 회수율을 보장하기 위해 LoBind 튜브 사용을 권장합니다. 다른 튜브도 사용할 수는 있지만, 테스트되지 않았기 때문에 권장하지 않습니다.
- 라이브러리 준비 과정에서 DNA 절단(shearing)을 어떻게 방지할 수 있나요?
와이드 보어 팁 사용: wide-bore 피펫 팁을 사용하면 샘플 및 라이브러리 준비 중 DNA 절단을 줄이는 데 도움이 됩니다.
샘플 보관 지침 준수: 최적의 결과를 얻기 위해 항상 문서에 명시된 샘플 보관 권장 사항을 따라야 합니다.
- nuclease-free water를 반드시 사용해야 하나요?
네. 모든 실험에서 nuclease-free water를 사용해야 DNA/RNA의 분해 및 오염 위험을 줄일 수 있습니다. 그 외의 물은 분자생물학 실험이나 나노포어 시퀀싱에는 적합하지 않습니다.
- 다른 DNA 정제 시약이나 방법을 사용할 수 있나요?
저희는 프로토콜에 명시된 제3자 시약과 방법만 검증 및 권장합니다. 자세한 내용은 Nanopore Community의 Extraction Methods 페이지를 참고하시기 바랍니다. 또한, 모든 제3자 시약은 제조사의 사용 지침에 따라 준비해 사용하는 것을 권장합니다.
- 프로토콜에 제시된 것과 다른 시약을 사용할 수 있나요?
저희는 프로토콜에 명시된 제3자 시약만 검증 및 권장합니다. 또한, 모든 제3자 시약은 반드시 제조사의 사용 지침에 따라 준비해 사용하는 것을 권장합니다.
Library Prep (Extraction and Input)
- 플라스미드 추출에 가장 적합한 추출 키트는 무엇인가요?
플라스미드 추출에는 Qiagen Plasmid Plus Midi Kit를 권장합니다. 시퀀싱을 위해서는 Rapid Barcoding 키트와 Rapid sequencing V14 - Plasmid sequencing 프로토콜(SQK-RBK114.24 또는 SQK-RBK114.96) 사용을 권장합니다.
- DNA 샘플의 품질이 좋지 않다면 어떻게 해야 하나요?
저희는 고품질 DNA 샘플 사용을 권장하며, 샘플 내에 존재할 수 있는 오염물은 반드시 제거해야 합니다.
추가 정보는 다음 자료에서 확인할 수 있습니다:
- 화학 기술 문서(Chemistry technical document)의 Sample input and recommendations 섹션
- Contaminants 정보 페이지
- gDNA 절편화를 위한 절단(shearing) 방법에는 어떤 것이 있나요?
효소적 절단: Rapid 접근법에서는 필수 단계이며, 자세한 내용은 화학 기술 문서(technical document)를 참고하시기 바랍니다.
기타 방법: 당사 팀에서 검증한 추가 gDNA 절편화 방법에 대한 가이드와 정보는 Optional fragmentation of gDNA 페이지에서 제공됩니다.
항상 제품 사용 시에는 공식 프로토콜의 지침을 따르는 것을 권장합니다.
- 샘플은 어떻게 정량해야 하나요?
권장 방법: DNA 및 RNA 샘플은 Qubit을 사용해 정량하는 것을 권장합니다.
프로토콜 준수: 제품 사용 시에는 항상 공식 프로토콜 지침을 따라야 합니다.
비권장 방법: 다른 방법들은 오염물의 영향을 받아 샘플 농도를 과대평가할 수 있으므로 권장하지 않습니다.
- DNA나 RNA의 품질은 얼마나 중요한가요?
DNA/RNA의 품질은 나노포어 시퀀싱 실험의 성공에 필수적입니다.
라이브러리 준비를 시작하기 전에 반드시 입력 DNA/RNA의 품질을 확인하는 것이 중요합니다.
저분자량 샘플, 잘못 정량된 샘플, 오염된 샘플은 시퀀싱 성능에 큰 영향을 줄 수 있습니다.
추가 정보는 다음 자료를 참고하시기 바랍니다:
- Input DNA/RNA QC 프로토콜
- Contaminants 정보 페이지
- Nanopore Community의 Extraction protocols 섹션
- 샘플에서 긴 DNA 조각을 보존하려면 어떻게 해야 하나요?
긴 길이의 DNA 입력물/라이브러리를 보존하고 절단(shearing)을 최소화하기 위해 다음을 권장합니다:
- 샘플과 시약을 매우 부드럽게 혼합하세요
- 긴 DNA 샘플은 보텍싱을 피하세요
- wide-bore 피펫 팁을 사용하면 샘플 및 라이브러리 준비 과정에서 DNA 절단을 줄이는 데 도움이 됩니다.
- 최적의 결과를 위해 프로토콜에 명시된 샘플 보관 지침을 따르세요.
- DNA 샘플은 어떻게 추출하나요?
Oxford Nanopore 팀에서 검증한 추출 방법은 Nanopore Community의 Extraction Protocols 섹션에서 확인할 수 있습니다. 또한 추출 후에는 반드시 DNA/RNA 추출물의 품질과 양을 평가하여, 최적의 시퀀싱 성능 요구 사항을 충족하는지 확인하는 것이 중요합니다.
- 추출 후 일부 DNA가 절단되었는데, 정상인가요?
네, 정상입니다. DNA는 추출 과정뿐만 아니라 취급 및 피펫팅 과정에서도 절단(shearing)될 수 있습니다. 또한 추출된 DNA의 길이는 샘플 보존 상태에 따라 달라집니다. 샘플이 잘 보존된 경우 더 긴 DNA를 유지할 수 있습니다.
- 동결과 해동을 반복하면 DNA 안정성에 영향을 주나요?
네. 샘플의 동결-해동 사이클은 최소화하는 것이 좋습니다. 반복되면 시료가 분해되거나 리드 길이가 줄어들 수 있습니다. 자세한 내용은 DNA stability-freeze/thaw 자료를 참고하시기 바랍니다.
Library Prep (RNA and cDNA)
- SQK-RNA004와 함께 어떤 플로우셀을 사용할 수 있나요?
SQK-RNA004는 다음 플로우셀에서만 호환됩니다:
- MinION/GridION: FLO-MIN004RA
- PromethION: FLO-PRO004RA
- Direct RNA 시퀀싱을 위한 추출 방법은 무엇을 권장하나요?
검증된 추출 방법은 Nanopore Community의 Extraction Protocols 섹션에서 확인할 수 있습니다. 만약 RNA 응용에 적합한 프로토콜을 찾을 수 없다면, 일반적으로 Trizol 기반 또는 TRI-reagent 추출 방법을 권장합니다.
- Direct RNA 시퀀싱 프로토콜은 어디에서 찾을 수 있나요?
프로토콜은 Nanopore Community에서 확인할 수 있습니다:
- RNA Integrity Number(RIN)이란 무엇인가요?
RNA Integrity Number(RIN)은 추출된 RNA의 분해 정도를 1에서 10까지의 척도로 측정하는 품질 관리 지표입니다. 숫자가 클수록(10에 가까울수록) 분해가 적습니다. 라이브러리 준비를 진행하기 전, RIN 값이 7 이상인 샘플을 사용하는 것을 권장합니다. 자세한 내용은 Nanopore know-how 섹션의 RNA stability 글에서 확인할 수 있습니다.
- Direct RNA 시퀀싱의 최소 조각 길이는 얼마인가요?
현재 Direct RNA 시퀀싱의 최소 조각 길이는 200 nt입니다.
- RNA/cDNA 라이브러리 준비에 rRNA가 존재하면 어떤 영향이 있나요?
rRNA가 존재하면 라이브러리 준비에 필요한 poly(A)+ RNA 입력물의 정량에 영향을 줄 수 있습니다. 따라서 라이브러리 준비 전에 rRNA 제거(ribodepletion)를 통해 poly(A)+ RNA를 선택하거나, poly(A)+ RNA를 농축할 것을 권장합니다. 자세한 poly(A)+ RNA 선택 방법은 Nanopore know-how 섹션에서 확인할 수 있습니다.
- RNA Control Strand(RCS) 바이알의 농도는 얼마인가요?
새로운 배치의 SQK-RNA004 및 EXP-RCS001에서는 RNA CS(RCS) 바이알의 농도가 증가되었습니다.
SQK-RNA004
- 배치 RNA004.20.001 이하: 15 ng/µl
- 배치 RNA004.30.0001 이상: 50 ng/µl
SQK-RCS001
- 배치 RCS001.10.0004 이하: 15 ng/µl
- 배치 RCS001.20.0001 이상: 50 ng/µl
- RNA CS(RCS)란 무엇인가요?
RNA CS(RCS)는 RNA Calibration Strand로, YHR174W 유래 Enolase II입니다.
해당 전사체(transcript)는 1,314 nt 길이이며, 여기에 30 nt poly(A) tail이 추가되어 있습니다. 참조 fasta 파일은 YHR174W ENO2 mRNA로 제공되며 다운로드할 수 있습니다.
- 포함 키트: Direct RNA Sequencing Kit(SQK-RNA004)에 포함
- RNA Control Expansion(EXP-RCS001): RCS가 담긴 3개의 튜브 포함
- 농도 변화:
15 ng/µl → (배치 RNA004.20.0001 이하, RCS001.10.0004 이하)
50 ng/µl → (배치 RNA004.30.001 이상, RCS001.20.0001 이상)
- SQK-RNA004에서 권장하는 초기 RNA 투입량은 얼마인가요?
저희 제품을 올바르게 사용하려면 항상 공식 프로토콜의 지침을 따르시기 바랍니다. 초기 입력량이 적으면 라이브러리 수율, 포어 점유율, 데이터 생성량이 감소합니다.
- RNA 또는 cDNA 키트에서 total RNA를 입력물로 사용할 수 있나요?
네. Direct RNA Sequencing Kit(SQK-RNA004)와 cDNA 키트(SQK-PCS114, SQK-PCB114.24) 모두에서 total RNA를 입력물로 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 각 키트의 관련 프로토콜을 참고하시기 바랍니다.
- RNA 플로우셀을 세척해서 재사용할 수 있나요?
네, 가능합니다.
RNase 기반 세척 키트는 없지만, Flow Cell Wash Kit(EXP-WSH004 또는 EXP-WSH004-XL)을 사용해 RNA 플로우셀을 재사용할 수 있습니다. 다만 다음 사항을 유의해야 합니다:
- 이 세척 키트는 Direct RNA 시퀀싱에서 막힌 포어를 복구하는 뉴클레아제 플러시 역할은 하지 못합니다.
- 대신 새로운 샘플을 로딩하기 위한 플러시 기능을 합니다. 즉, 대부분의 라이브러리를 플로우셀에서 제거하고, 남아 있는 샘플에서 모든 어댑터를 제거하여 더 이상 캡처·시퀀싱되지 않도록 합니다. 이를 통해 추가 라이브러리 로딩이 가능해집니다.
- 세척 후에는 두 번째 라이브러리를 로딩하기 전에 반드시 플로우셀을 프라이밍해야 합니다.
- SQK-RNA004에 다른 RT 효소를 사용할 수 있나요?
저희는 프로토콜에 명시된 제3자 시약만 검증 및 권장합니다.
또한 모든 제3자 시약은 제조사 사용 지침에 따라 준비해 사용할 것을 권장합니다.
- SQK-RNA004로 만든 RNA 라이브러리를 나중에 사용하기 위해 보관할 수 있나요?
저희는 역전사 및 정제 단계 이후(어댑터 연결 전)의 RNA:cDNA hybrid만 -80ºC에서 보관할 것을 권장합니다. 한편, RNA Ligation Adapter(RLA)가 연결된 후에는 가능한 한 빨리 플로우셀에서 런을 진행하는 것이 좋습니다.
- SQK-RNA004 프로토콜에서 RT 단계를 생략할 수 있나요?
생략하는 것은 권장하지 않습니다. RT 단계를 건너뛰면 포어 블로킹이 증가하여 시퀀싱 출력이 크게 저하됩니다. 제품을 올바르게 사용하려면 항상 공식 프로토콜의 지침을 따르는 것을 권장합니다.
- SQK-RNA004로 준비한 RNA 라이브러리를 R10.4.1 플로우셀에서 시퀀싱할 수 있나요?
아니요. SQK-RNA004 시퀀싱 키트는 RNA 전용 플로우셀(FLO-MIN004RA, FLO-PRO004RA)에서만 호환됩니다.
- RNA 플로우셀에서 DNA를 시퀀싱할 수 있나요?
아니요. RNA 플로우셀(FLO-MIN004RA, FLO-PRO004RA)은 SQK-RNA004 키트와 함께 RNA 시퀀싱 전용으로만 사용됩니다.
- SQK-RNA004에서 멀티플렉싱이나 바코딩을 할 수 있나요?
현재 Direct RNA 시퀀싱에서는 멀티플렉싱이 지원되지 않습니다.
Flow Cells (Light Shields)
- Q-line 플로우셀에 라이트 실드(light shield)가 포함되나요?
아니요. Q-line은 고정된(lock된) 제품이므로 디자인 변경 없이 제공되며, 라이트 실드가 포함되지 않습니다.
다만, 차기 버전이 출시될 때는 라이트 실드 포함이 고려될 예정입니다.
- 왜 빛에 노출되면 출력이 감소하나요?
라이브러리가 플로우셀에 로딩된 상태에서 플로우셀 어레이를 빛으로부터 차단하면 포어 수명이 늘어나고 시퀀싱 런 동안 플로우셀 출력이 증가하는 것으로 확인되었습니다. 빛 차단은 라이브러리가 플로우셀에 올라가 있는 동안에만 필요합니다. 현재 저희 R&D 팀은 빛과 플로우셀 간의 생화학적 상호작용을 연구 중입니다.
- 왜 플로우셀에 라이트 실드(light shield)를 사용해야 하나요?
시퀀싱 중 플로우셀을 빛으로부터 보호하면 런 동안 포어 수명이 연장되고 플로우셀 출력이 향상되는 것으로 확인되었습니다. 특히 짧은 리드(short reads)로 런을 수행하는 MinION R10.4.1 플로우셀에서 가장 큰 효과가 있습니다.
주요 결과
출력 증가율
- MinION R10.4.1 (Short reads): 최대 469% 증가
- R9.4.1 (Short reads): 162% 증가
- R10.4.1 (Long reads): 51% 증가
- PromethION 및 Flongle: 짧은 리드일 때 소폭 향상(약 11–19%)
실험 조건
- Short reads = 200 bp amplicon
- Long reads = 30 kb N50 인간 네이티브 DNA
- 시약: SQK-LSK114
- 조건: 빛 차단 여부 비교 (Not shielded vs Shielded)
포어 스캔 결과
R10.4.1 MinION 플로우셀을 GridION에서 런한 결과:
- 차단하지 않은 경우: 런 도중 포어 수명과 출력이 더 빠르게 감소
- 차단한 경우: 포어 수명이 더 오래 유지되고 출력량 증가
- 플로우셀에 라이트 실드를 얼마나 빨리 씌워야 하나요?
내부 실험 결과, 단 10분의 빛 노출만으로도 짧은 리드 라이브러리를 사용하는 MinION R10.4.1 플로우셀의 출력에 영향을 줄 수 있음이 확인되었습니다.
따라서 라이브러리를 로딩한 직후 즉시 라이트 실드를 적용하는 것을 권장하며, 이렇게 해야 최대 효과를 얻을 수 있습니다.
- 라이트 실드는 어떻게 받을 수 있나요?
- MinION 플로우셀: 라이트 실드가 플로우셀 패킷에 부착된 상태로 제공됩니다.
- PromethION 플로우셀: 라이트 실드가 플로우셀에 사전 장착되어 있으며, 플로우셀 밸브와 함께 회전합니다.
- Flongle 플로우셀: 라이트 실드가 사전 장착된 상태로 제공됩니다.
기존 고객 지원최근 3개월 내 플로우셀을 받은 고객에게는 추가 라이트 실드 팩이 발송되고 있습니다.
- PromethION 라이트 실드: 8개들이 팩
- MinION 라이트 실드: 5개들이 팩
- 배송 시작일: 9월 20일 예정
추가 필요 시더 많은 라이트 실드가 필요한 경우, 웹사이트의 Live Chat 지원팀에 문의하면 추가 팩을 무료로 배송받을 수 있습니다. 반환 안내라이트 실드는 플로우셀 반납 시 함께 Oxford Nanopore로 반환할 수 있습니다.
- MinION에서 라이트 실드를 반드시 사용해야 하나요?
- MinION Mk1B, Mk1D, Mk1C 기기에는 불투명 뚜껑이 있어 시퀀싱 중 닫아두면 빛을 차단할 수 있습니다.
- 그러나 저희는 여전히 라이트 실드 사용을 권장합니다. 라이트 실드를 사용하면 사용자가 뚜껑을 열고도 플로우셀을 세척하거나 재로딩할 수 있기 때문입니다.
- R9.4.1에도 라이트 실드를 사용해야 하나요, 아니면 R10.4.1에서만 필요한가요?
R9.4.1 플로우셀도 시퀀싱 중 빛으로부터 보호하면 성능 향상 효과가 있습니다.
다만, 그 효과는 R10.4.1 플로우셀만큼 크지 않습니다.
- 플로우셀 체크나 프라이밍할 때도 라이트 실드를 씌워야 하나요?
아니요. 플로우셀 체크나 프라이밍 단계에서는 라이트 실드를 씌울 필요가 없습니다.
라이트 실드는 라이브러리를 플로우셀에 로딩한 직후부터 적용하면 됩니다.
- 라이브러리 준비 과정에서 라이브러리를 빛으로부터 보호해야 하나요?
아니요. 밝은 곳에서 준비하든 어두운 곳에서 준비하든 출력 차이는 없습니다.
- Flongle과 PromethION 플로우셀도 라이트 실드가 필요한가요?
네, 필요합니다. 다만 GridION에서 사용하는 MinION 플로우셀보다 그 필요성이 낮습니다.
이는 플로우셀 디자인 차이 때문으로, Flongle과 PromethION은 플로우셀 어레이가 빛에 노출되는 정도가 MinION보다 적기 때문입니다.
- 라이트 실드를 재사용할 수 있나요?
네, 필요하다면 라이트 실드는 재사용할 수 있습니다.
재사용할 경우, 사용 사이에 에탄올 와이프나 70% 에탄올로 깨끗이 닦아내는 것을 권장합니다.
- 라이트 실드는 짧은 리드 라이브러리에서만 필요한가요?
아니요. 짧은 조각 라이브러리에서 빛 차단 효과가 가장 크게 나타나지만, 긴 조각 라이브러리에서도 의미 있는 성능 향상이 있습니다. 라이브러리는 리드 길이가 다양할 수 있기 때문에, 모든 라이브러리 유형에서 라이트 실드 사용을 권장합니다.
- PromethION 라이트 실드 포장 업데이트
2024년 11월부로, PromethION 플로우셀에는 더 이상 라이트 실드가 직접 부착된 상태로 배송되지 않습니다. 앞으로 PromethION 플로우셀은 PromethION 라이트 실드 4개가 함께 제공되며, 이는 플로우셀 블리스터 하단(scan me 라벨 아래쪽)에 위치합니다. 부착된 라벨을 스캔하면 PromethION 플로우셀에 라이트 실드를 올바르게 장착하는 방법에 대한 안내를 확인할 수 있습니다.
Flow Cells (General Flow Cell FAQS)
- 포어의 대부분이 "unavailable" 상태라면 어떻게 해야 하나요?
시퀀싱 런 동안 나노포어가 차단(blocking)될 수 있습니다.
- Pore activity plot: 시간이 지남에 따라 비활성 채널 증가가 나타납니다.
- Pore scan plot: "unavailable" 포어(청록색)가 증가하는 양상으로 확인됩니다.
이는 시간이 지남에 따라 나노포어가 막히고 있다는 의미이며, 보통 샘플(추출, 라이브러리 준비)의 문제를 시사합니다.
문제 해결 방법
- 나노포어 손실 상태를 회복하고 싶다면, 플로우셀 세척(wash)을 권장합니다.
- 세척을 통해 플로우셀 내 DNA(포어를 막고 있는 DNA 포함)를 분해할 수 있습니다.
- Flow Cell Wash Kit(MinION 및 PromethION 플로우셀용)는 뉴클레아제를 포함하며, 초기 라이브러리의 99.9%를 제거할 수 있습니다.
- 세척 프로토콜은 공식 문서를 참고하시기 바랍니다.
추가 참고
포어 차단(blocking), 해제(unblocking), 출력량 최적화와 관련된 더 많은 정보는 Nanopore Community 게시글에서 확인할 수 있습니다.
- 플로우셀의 보증 기간은 얼마인가요?
Flow Cell Check와 보증
저희는 품질 관리의 일환으로 모든 플로우셀을 출하 전 품질 검증하며, 보증 기간 동안 최소 포어 수(min. pore count)를 보장합니다.
- 시퀀싱 직전에 Flow Cell Check(포어 수 확인)를 수행하면, 플로우셀이 보증 기준을 충족하는지와 보관 후에도 충분한 포어가 남아 있어 높은 출력이 가능한지를 확인할 수 있습니다.
- 보증에 미달하는 플로우셀은 최적 출력을 내지 못하므로, 무상 교체됩니다.
보증 조건
- 체크 시점: 플로우셀 체크는 수령 직후가 아니라 시퀀싱 직전에 수행해야 합니다.
- 보증 시작일: 플로우셀 수령일 기준으로 시작합니다.
- 보고 기한: 보증 관련 문제는 영업일 기준 2일 이내에 보고해야 합니다.
- 보관 조건: 수령 즉시 2–8°C에서 보관해야 최적 성능을 유지할 수 있습니다.
- 제외 조건:
- 플로우셀 최초 시퀀싱 전 체크만 보증에 해당합니다.
- 시퀀싱 및 Flow Cell Wash Kit 사용 이후 체크는 보증에 해당되지 않습니다.
플로우셀별 보증 요약
| Flow Cell | 최소 포어 수 | 보증 기간 |
| PromethION | 5000 | 12주 |
| MinION/GridION | 800 | 12주 |
| Flongle | 50 | 4주 |
- Flow Cell Priming Kit XL(EXP-FLP004-XL)의 목적은 무엇인가요?
Flow Cell Priming Kit XL은 Ligation Sequencing Kit XL과 함께 사용하는 보조 키트입니다. 기존의 6회 반응용 Flow Cell Priming Kit을 확장한 버전으로, 최대 48개의 MinION 또는 PromethION 플로우셀을 프라이밍할 수 있는 충분한 시약을 제공합니다.
주요 특징
- 비용 효율성: 반응당 비용 절감 가능
- 확장성: 대규모 운영 및 고처리량 실험에 적합
- 자동화 지원: 주요 구성품의 데드 볼륨(dead volume)이 반영되어 있으며,
- 멀티채널 피펫 또는
- 액체 취급 로봇(liquid-handling robot)을 활용해 라이브러리 준비 효율을 극대화할 수 있습니다.
구매 안내
Ligation Sequencing Kit XL을 구매하면 자동으로 포함됩니다.
또는 Nanopore Store 페이지에서 단독 키트로 별도 주문할 수도 있습니다.
- 포어 점유율(Pore Occupancy)을 어떻게 개선할 수 있나요?
포어 점유율은 시퀀싱 채널의 퍼센트로 정의됩니다 = channels in sequencing / (channels in sequencing + channels in pore) * 100.
시퀀싱 런 동안, MinKNOW GUI에서 플로우셀을 확인하여 포어 점유율을 관찰할 수 있습니다. 좋은 포어 점유율은 플로우셀에 충분한 “threadable” DNA 또는 RNA(DNA 또는 RNA + 어댑터)가 있음을 나타냅니다.
런의 첫 한 시간 안에 포어 점유율이 70% 임계치보다 상당히 낮게 관찰된다면, 시간이 지나도 개선될 가능성은 낮습니다. 최상의 결과를 위해 런을 중단하고 더 많은 라이브러리를 준비하는 것이 좋습니다. Qubit 같은 형광 측정 방법을 사용하여 정량이 정확한지 확인하고, 권장된 fmol 양이 플로우셀에 로딩되었는지 확인하십시오.
최적 이하의 포어 점유율은 open 상태에 있는 포어 수가 예상보다 더 많아지는 결과를 낳고, 이는 전해질 사용 속도의 증가와 “좋은” 포어 수의 빠른 고갈로 이어집니다. 이는 런의 총 출력과 플로우셀의 수명에 부정적인 영향을 미칩니다. 추가 정보와 팁은 MinKNOW 프로토콜에서 찾을 수 있습니다.
낮은 포어 점유율은 다음과 같은 원인으로 발생할 수 있습니다(이에 국한되지 않음):
- 내 플로우셀의 시퀀싱 어레이 색상이 다른 이유는 무엇인가요?
아래 이미지와 같이 일부 플로우셀에서 색상이 다를 수 있습니다. 이것은 정상입니다.
제조 확대 과정의 일환으로, 공급의 연속성을 보장하기 위해 플로우셀의 핵심 부품을 둘 이상의 공급업체와 협력하여 조달하고 있습니다. 이 부품 중 하나는 PromethION 플로우셀의 창을 통해 보이며, 이로 인해 일부 플로우셀은 연한 노란색, 일부는 주황색으로 보일 수 있습니다. 저희는 광범위한 검증을 수행했으며, 색상이 다른 플로우셀도 동등한 시퀀싱 출력, 포어 수, 정확도를 제공함을 입증했습니다.
- 플로우셀 체크에서 사용 가능한 포어가 0으로 표시됩니다.
MinION 또는 PromethION 플로우셀에서 플로우셀 체크 시 포어가 0으로 표시되는 경우, 이는 보통 실제 포어 수를 반영하지 않습니다. 이는 종종 플로우셀 내부의 작은 기포가 공통 전극(common electrode) 위에 자리잡아 전류가 어레이 위로 흐르는 것을 차단하기 때문에 발생합니다.
해결 방법은 다음과 같습니다.
- 로딩 전과 동일한 방식으로 인렛 포트에서 작은 기포를 제거합니다.
- 동일한 인렛 포트를 통해 저장 버퍼(storage buffer) 20–100 µL를 플로우셀에 주입합니다.
- 다시 플로우셀 체크를 실행합니다.
정상적으로 해결되면 포어 수가 올라갑니다. 포어 수가 올라가지 않거나, 올라가더라도 여전히 보증 기준 미만이라면 고객 지원팀에 연락하시기 바랍니다. 참고로 보증은 플로우셀의 첫 번째 시퀀싱 실행 전 수행된 플로우셀 체크에만 적용됩니다. 시퀀싱 후 Flow Cell Wash Kit로 세척한 뒤 수행된 체크에는 보증이 적용되지 않습니다.
- 시퀀싱 런 후반에 작은 기포가 생기는 것이 정상인가요?
네, 정상입니다. 이는 열과 화학 반응 때문에 시퀀싱 런 후반에 작은 기포가 나타날 수 있습니다.
이러한 기포는 포어까지 도달하거나 손상을 일으키지 않습니다.
- 내 플로우셀에 기포가 있으면 어떻게 해야 하나요?
최적의 플로우셀 성능을 위해 공기가 시스템에 들어가지 않도록 하는 것이 가장 좋습니다. 플로우셀 프라이밍과 로딩 시연, 추가 팁과 요령은 교육용 비디오를 참고하시기 바랍니다.
기포 유형에 따라 아래 권장 사항을 따르십시오.
인렛 채널에 있는 기포: 이러한 기포는 온전한 플로우셀에서는 보이지 않지만, 프라이밍 포트를 통해 플로우셀에서 약 15–20 µL의 버퍼를 다시 뽑아내어 제거할 수 있습니다. 아웃렛 채널에는 충분한 버퍼가 있으므로 약 15 µL를 제거하더라도 플로우셀은 항상 액체로 덮여 있습니다. 다이얼을 올리면서 센서 어레이를 모니터링하여 포어가 버퍼로 덮여 있는지 확인하십시오. 만약 인렛 채널의 기포가 모서리에 위치해 있고 액체를 빼내도 움직이지 않는다면, 그대로 두고 플로우셀 로딩 시 기포가 떨어져 나오지 않도록 주의하는 것이 가장 좋습니다.
작은 기포: 인렛 채널이나 포어 영역에 있는 작은 기포가 플로우셀 사용 전부터 존재하거나 런 도중 생기더라도, 플랫폼 QC에서 문제가 있다고 표시되지 않는 한 정상적으로 플로우셀을 사용하면 됩니다.
웨이스트 채널에 있는 기포: 런 도중 웨이스트 채널에서 생기는 기포는 정상이며, 포어나 런에 영향을 주지 않습니다.
- 플로우셀은 어떻게 보관해야 하나요?
모든 플로우셀은 최적의 성능을 위해 수령 즉시 2–8°C에서 보관해야 합니다.
플로우셀은 동결되면 되돌릴 수 없이 손상됩니다. 수령 시 파우치를 열지 않은 상태에서 포장을 육안으로 확인하고, 문제가 있으면 배송 후 2일 이내에 보고해야 합니다.
사용 전 반드시 QC(품질 검사)를 수행하고, QC 과정에서 문제가 발견되면 2일 이내에 보고해야 합니다.
플로우셀은 약관에 따라 12주 이내에 사용 및 반납해야 합니다. 반납 절차에 대한 정보는 안내 문서에서 확인할 수 있습니다.
플로우셀 확인 시 포장 내부에 액체 응결이 보일 수 있는데, 이는 단순히 외관상의 문제이며 플로우셀 성능에는 영향을 주지 않습니다. 포장에는 운송 및 보관 중 플로우셀이 환경적으로 안정되도록 하는 습기 제어 기술이 적용되어 있습니다.
Flow Cells (PromethION)
- PromethION 플로우셀은 언제 QC해야 하나요?
PromethION 플로우셀은 배송 시점에 QC를 하면 안 됩니다.
플로우셀은 라이브러리를 로딩하려는 하루 전 또는 당일에만 체크해야 합니다. 테스트 전에 플로우셀을 실온에서 30분간 안정화시켜 두어야 합니다.
QC 체크를 통과하면, 플로우셀을 해당 위치에 그대로 꽂아 둔 상태에서 완성된 라이브러리를 장치에 연결된 채로 로딩해야 합니다.
- 내 PromethION 플로우셀의 플로우셀 체크 결과 포어 수가 5000개 미만이라면 어떻게 해야 하나요?
PromethION 플로우셀의 포어 수가 보증 기준인 5000개 미만일 경우, 먼저 플로우셀을 시퀀서의 다른 위치로 옮겨 다시 체크해 보십시오. 기준을 통과한다면 시퀀싱을 진행하시면 됩니다.
만약 포어가 0개로 표시된다면, 전극과 플로우셀 어레이 사이에 기포가 존재하기 때문일 수 있습니다.
이 경우, Wash Kit의 Storage Buffer 200 µL로 플러싱을 시도하면 도움이 될 수 있습니다.
아래 절차를 따라 실행한 후, 다시 플로우셀 체크를 진행하여 결과가 달라지는지 확인하십시오.
- 밸브를 돌려 인렛 포트를 엽니다.
- 밸브를 열면 인렛 포트 너머에 작은 공기 주입구가 보일 수 있습니다. 다음과 같이 하여 기포를 제거합니다:
- P1000 피펫을 200 µL로 설정합니다.
- 팁을 인렛 포트에 삽입합니다.
- 다이얼을 220–230 µL까지 돌리거나, 버퍼가 피펫 팁에 들어오는 것이 보일 때까지 돌립니다.
- P1000 피펫을 사용해 Storage Buffer 200 µL를 인렛 포트에 로딩합니다. 이때 공기가 들어가지 않도록 주의하십시오.
- 밸브를 닫습니다.
위 단계를 수행한 후에도 포어 수가 여전히 보증 기준 미만이라면, 웹사이트의 Live Chat을 통해 지원팀에 연락하시기 바랍니다.
참고: 보증은 플로우셀의 첫 번째 시퀀싱 실행 전 수행된 플로우셀 체크에만 적용됩니다. 시퀀싱 후 Flow Cell Wash Kit로 세척한 뒤의 체크에는 보증이 적용되지 않습니다.
- PromethION 플로우셀은 샘플을 처리하기 위해 추가 입력 물질이나 전용 키트가 필요한가요?
아니요. Oxford Nanopore의 라이브러리 준비 키트는 모든 시퀀싱 장치에서 호환되며, PromethION만을 위한 별도의 준비 키트는 필요하지 않습니다. (최종 로딩 부피를 제외하면 PromethION 샘플 준비 프로토콜은 MinION 프로토콜과 동일합니다.)
또한 PromethION 플로우셀은 MinION 플로우셀과 동일한 입력량을 필요로 하며, 추가 샘플 추출 없이도 약 5배 더 많은 데이터 출력을 제공합니다.
Flow Cells (MinION and GridION)
- 내 MinION 플로우셀의 플로우셀 체크 결과 포어 수가 800개 미만이라면 어떻게 해야 하나요?
다시 플랫폼 QC를 실행하기 전에 아래 단계를 시도해 보십시오.
- 플로우셀을 장치에서 제거하고 몇 분간 식힙니다.
- MinION을 컴퓨터에서 분리하고 몇 분간 식힙니다. (통합 컴퓨트 장치를 사용하는 경우 이 단계는 무시합니다.)
- 컴퓨터나 장치를 재부팅합니다.
- 플로우셀을 삽입할 때는 적당한 압력으로 아래쪽으로 눌러 장착합니다.
- 소프트웨어를 다시 실행하고 필요하다면 MinION을 컴퓨터에 연결합니다.
- Platform QC/플로우셀 체크를 다시 실행합니다.
만약 플로우셀의 포어 수가 0으로 표시된다면, 이는 인렛 채널에 있는 전극 근처의 기포 때문에 전류가 포어 어레이 영역으로 흐르지 못하는 경우일 수 있습니다. 이 경우 다음 단계를 수행하십시오.
- 프라이밍 포트를 완전히 열고 Spot-On 포트를 덮은 상태에서 프라이밍 포트로부터 버퍼 15–20 µL를 제거합니다. 아웃렛 채널에 충분한 버퍼가 있기 때문에 약 20 µL를 제거하더라도 플로우셀은 항상 액체로 덮여 있습니다.
- Platform QC를 다시 실행하여 결과가 달라지는지 확인합니다.
주의: 공기에 노출되거나 동결되면 포어가 되돌릴 수 없이 손상됩니다. 플로우셀을 다룰 때는 항상 포어 영역이 버퍼로 덮여 있도록 하고, 보관은 반드시 2–8°C 범위에서 해야 합니다.
또한 플로우셀을 확인할 때 포장 내부에 액체 응결이 보이더라도 이는 단순히 외관상의 문제일 뿐이며 플로우셀 성능에는 영향을 주지 않습니다. 포장은 배송 및 보관 중 플로우셀이 환경적으로 안정되도록 하는 습기 제어 기술을 포함하고 있습니다.
완전히 출시된 플로우셀(fully released flow cells)이 도착 후 12주 이내 QC를 통과하지 못하면 Live Chat의 ‘Flow cell warranty’ 양식을 사용해 지원팀에 보고할 수 있습니다. Early Access 또는 Developer Release 상태의 플로우셀은 다른 보증 기간이 적용될 수 있습니다. 초기 플로우셀 체크에서 QC를 통과하지 못한 경우, 영업일 기준 2일 이내에 보고해야 합니다.
참고: 보증은 플로우셀의 첫 번째 시퀀싱 실행 전 수행된 플로우셀 체크에만 적용됩니다. 시퀀싱 및 Flow Cell Wash Kit로 세척한 후 수행된 체크에는 보증이 적용되지 않습니다.
- 내 라이브러리가 SpotON 포트로 내려가지 않는 이유는 무엇인가요?
플로우셀 로딩에 대한 자세한 설명과 시연은 Lesson Library의 비디오를 참고하시기 바랍니다.
라이브러리가 SpotON 포트로 들어가지 않는다면, 들어가지 않은 라이브러리를 다시 모은 후 프라이밍 포트에 프라이밍 믹스 200 µL를 추가하고 라이브러리를 다시 로딩하십시오.
이 방법이 효과가 없을 경우 아래 단계를 시도할 수 있습니다.
- 프라이밍 포트 커버와 SpotON 포트 커버를 닫습니다.
- 웨이스트 포트 중 하나에서 모든 액체를 천천히 제거합니다. 가시적인 침전물이 있다면 웨이스트 영역에 따뜻한 물 1 mL를 넣었다가 제거하여 막힘을 녹일 수 있습니다.
마지막 수단으로, 문제가 계속된다면 다음을 시도할 수 있습니다.
- 막힌 SpotON 포트 위에 프라이밍 버퍼 15–20 µL를 떨어뜨립니다.
- 프라이밍 포트에서 15 µL를 다시 뽑아내면 버퍼가 SpotON 포트로 빨려 들어갑니다.
위의 해결 방법으로도 문제가 해결되지 않는다면, 웹사이트의 Live Chat을 통해 지원팀에 연락하시기 바랍니다.
- 내 플로우셀에 어떤 포어가 있는지 어떻게 알 수 있나요?
FLO-MIN106 플로우셀에는 R9.4.1 포어가 있으며, 플로우셀 윗면에 R9.4.1 코드가 적힌 흰색 원형 스티커가 붙어 있습니다.
FLO-MIN114 플로우셀에는 R10.4.1 포어가 있으며, 이 역시 플로우셀 윗면에 원형 스티커로 표시되어 있습니다.
또한 각 플로우셀의 방습 포장지에서도 제품 코드를 확인할 수 있습니다.
- 웨이스트 채널은 어떻게 비우나요?
웨이스트 챔버를 비우려면 프라이밍 포트와 SpotON 포트를 모두 닫아야 합니다.
그 다음, 플로우셀 왼쪽에 위치한 웨이스트 포트(빨간색 표시)를 통해 필요한 양을 제거할 수 있습니다.
P1000 피펫을 사용해 어느 쪽 포트로든 웨이스트 챔버를 비울 수 있습니다. 이 포트들은 밀폐되어 있지 않으므로 웨이스트 챔버를 비우지 않으면 약간의 액체가 흘러나올 수 있습니다. 이는 시스템의 다른 부분에는 영향을 주지 않으며 닦아내면 됩니다.
Flow Cells (Flongle Flow Cells)
- 현재 Flongle과 호환되는 프로토콜은 무엇인가요?
현재 Flongle과 호환되는 모든 프로토콜은 커뮤니티의 프로토콜 라이브러리에서 Flongle을 선택하면 확인할 수 있습니다.
- Flongle 플로우 셀 보증은 무엇인가요?
Flongle 플로우 셀의 보증 기간은 수령일로부터 4주입니다.
보증 수준은 Flongle 플로우 셀에 대해 최소 50개의 포어를 보장합니다.
참고: 보증은 플로우 셀에서 첫 번째 시퀀싱 실행 전에 수행된 플로우 셀 체크에만 적용됩니다. 시퀀싱 이후에 수행된 플로우 셀 체크에는 적용되지 않습니다.
- Flongle을 플로우 셀 체크 및 시퀀싱을 위해 어떻게 설정하나요?
Flongle 플로우 셀을 Flongle 어댑터에 삽입하기 전에 다음 단계를 수행해야 합니다:
- 장치 또는 컴퓨터의 전원을 켜고 MinKNOW 소프트웨어를 실행합니다. 사용 가능한 소프트웨어 업데이트가 있는지 확인하고, 있다면 최신 버전으로 업데이트합니다.
- MinION Mk1B를 사용하는 경우, 제공된 USB 케이블을 사용하여 장치를 컴퓨터에 연결합니다.
- Flongle 어댑터를 삽입할 때는 중간 정도의 하향 압력을 가하여 어댑터가 장치에 완전히 장착되도록 합니다. 삽입 후에는 Flongle 어댑터가 MinKNOW에서 인식됩니다.
- 이제 Flongle 플로우 셀을 어댑터에 삽입할 수 있습니다. 삽입 시 중간 정도의 하향 압력을 가해 클릭 소리가 날 때까지 밀어 넣습니다. 플로우 셀이 어댑터 안에 고르게 평평하게 자리 잡아야 액체 구획 내부에 기포가 생기는 것을 방지할 수 있습니다.
Flongle 플로우 셀은 개봉하지 않은 상태로 2–8 °C에서 4주 동안 보관할 수 있습니다.
주의: 공기에 노출되거나 얼어버리면 포어가 회복 불가능하게 손상됩니다.
실험에 사용할 충분한 포어가 있는지 확인하기 위해, Flongle 플로우 셀을 프라이밍 및 로딩하기 전에 플로우 셀 체크를 수행하는 것이 권장됩니다. MinKNOW에서 플로우 셀 체크를 수행하는 단계는 여기에서 확인할 수 있습니다. 만약 플로우 셀 체크 결과가 보증 기간인 4주 이내에 50개 미만의 포어를 보여주는 경우:
- 어댑터에서 플로우 셀을 제거합니다.
- MinKNOW 소프트웨어를 최신 버전으로 업데이트합니다.
- 컴퓨터 또는 장치를 재부팅합니다.
- 다시 전원이 켜진 후, 플로우 셀을 다시 삽입하기 전에 Flongle 어댑터가 MinKNOW에서 감지되었는지 확인합니다.
- 플로우 셀 체크를 한 번 더 수행합니다. 여전히 50개 미만이라면 QC 수행 후 2영업일 이내에 지원팀에 연락하고, 플로우 셀에 표시된 ID, 파우치의 로트 번호, QC 결과를 함께 제출해야 합니다.
주의: 플로우 셀 교체는 플로우 셀이 시퀀싱에 사용되기 전에 검증되어야 하며, 당사의 약관에 따릅니다.
라이브러리를 준비하여 Flongle 플로우 셀에 로딩할 때는 올바른 절차를 위해 반드시 Flongle 전용 프로토콜 브랜치를 사용해야 합니다.
- Flongle 플로우 셀 프라이밍
Flongle 시퀀싱 익스팬션 팩과 함께 Flow Cell Tether(FCT) 사용을 권장합니다. 이 팩은 유리 바이알에 담긴 세 가지 구성 요소로 이루어져 있으며, 총 12회 Flongle 플로우 셀 로딩에 충분한 양을 제공합니다.
Flow Cell Tether(FCT)는 Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK114) 같은 시퀀싱 키트 또는 Flow Cell Priming Kit(EXP-FLP004)에 포함되어 있습니다.
Flongle 시퀀싱 익스팬션 구성 요소는 다음과 같습니다:
- Sequencing Buffer (SB)
- Flow Cell Flush (FCF)
- Library Solution (LIS)
- Library Beads (LIB)
Flongle 플로우 셀 프라이밍 및 로딩에 대한 자세한 지침은 각 라이브러리 준비 프로토콜 상단 오른쪽에서 Flongle 브랜치를 선택한 뒤, 오른쪽 메뉴의 “Loading the Flongle flow cell” 섹션을 참조하면 됩니다.
Flongle 시퀀싱 익스팬션 팩 구매 관련 문의는 웹사이트 라이브 채팅을 통해 지원팀에 연락해 주시기 바랍니다.
DEVICES (P2 Solo)
- 내 P2 Solo의 불빛은 무엇을 의미하나요?
MinKNOW 버전 23.04부터 P2 Solo 장치에서 다음과 같은 LED 패턴을 확인할 수 있습니다.
- 장치 준비 완료 – 플로우 셀 없음
다섯 개의 LED가 모두 흰색으로 켜짐 → 흰색 고정 불빛
- 플로우 셀 삽입됨
다섯 개의 LED가 모두 파란색으로 켜짐 → 파란색 고정 불빛
- 데이터 수집 중 (하드웨어 및 플로우 셀 체크 포함)
다섯 개의 LED가 왼쪽에서 오른쪽으로 녹색으로 스크롤 → 녹색 스크롤 불빛
- 온도 경고
다섯 개의 LED가 노란색으로 깜빡임 → 노란색 깜빡임
→ 이 경우 FC/CTC 히트 패드를 확인하고, 장치가 주변 온도 범위(+18°C ~ +23°C) 내에서 동작하고 있는지, 기기 주변에 최소 30cm의 공간이 확보되어 있는지, 직사광선을 피하고 있는지 확인하세요. 그런 다음 플로우 셀을 다시 삽입하고 플랫폼 QC를 수행하여 온도 제어를 확인하십시오. 여전히 동일한 패턴이 보이면 고객 지원팀에 문의하세요.
- MinKNOW 스크립트 오류
다섯 개의 LED가 빨간색으로 깜빡임 → 빨간색 깜빡임
→ 실행 중인 스크립트에 오류가 발생해 중단된 상태를 나타냅니다. 동일한 패턴이 계속 보이면 고객 지원팀에 문의하세요.
- P2 Solo와 연결된 컴퓨터 간 데이터 전송 속도 저하
다섯 개의 LED가 파란색으로 깜빡임 → 파란색 깜빡임
→ 이 경우 제공된 USB-C 케이블(P2 라벨)을 사용하고 있는지, 케이블이 USB 3.0 이상 초고속 포트에 연결되어 있는지 확인하세요. 또한 불필요한 USB 장치가 컴퓨터에 연결되어 있지 않은지도 확인해야 합니다.
- 스크립트 정상 종료
다섯 개의 LED가 모두 녹색으로 켜짐 → 녹색 고정 불빛
- 내 P2 Solo가 시퀀싱 실험 도중 무작위로 연결이 끊어집니다.
각 설정은 사용하는 컴퓨터 제조사, 운영 체제, 설치된 소프트웨어 등에 따라 다릅니다. 우리는 P2 Solo가 모든 플랫폼에서 최대한 안정적으로 동작하도록 하고 있습니다. 다음 팁들을 따르면 연결이 끊어질 가능성을 줄일 수 있습니다.
모든 플랫폼에서 공통으로 적용해야 할 팁
- 제공된 케이블 사용
박스에 포함된 1m USB-C 케이블(P2 라벨) 또는 기술 지원 담당자가 제공한 USB-A 케이블을 사용하세요. 이 벤더의 케이블은 내부적으로 검증되었습니다. - 컴퓨터 최소 사양 충족
최소 IT 요구사항을 충족해야 합니다. 성능이 부족한 컴퓨터는 데이터 수집에 어려움을 겪어 MinKNOW 또는 USB 충돌로 이어질 수 있습니다. - 데스크톱 컴퓨터 연결 시
P2 Solo를 반드시 본체 후면의 USB-C 또는 USB-A 포트에 연결하세요. 이 포트는 메인보드에 직접 연결되어 있어 신뢰성이 낮을 수 있는 내부 USB 허브를 우회합니다. - 불필요한 USB 장치 제거
USB는 버스 프로토콜이므로 여러 장치가 대역폭을 공유합니다. 불필요한 주변기기가 너무 많은 대역폭을 차지하면 데이터 손실이 발생할 수 있습니다. - 외장 스토리지 대신 내부 저장 장치 사용
포터블 SSD 같은 외장 스토리지에 바로 데이터를 저장하지 말고, 내부 저장 장치에 먼저 저장한 뒤 런이 끝난 후 데이터를 전송하세요. - 불필요한 프로그램 종료
CPU가 지속적으로 높은 부하 상태라면 USB 프레임이 손실될 수 있으며, 이는 연결 끊김으로 이어질 수 있습니다. 비디오 시청이나 무거운 생물정보학 분석을 동시에 실행하지 마세요.
Windows의 작업 관리자, MacOS의 Activity Monitor, Ubuntu의 htop 같은 유틸리티를 사용해 MinKNOW 외에 CPU 사용률이 높은 프로그램을 확인하세요. - 충분한 냉각 및 공간 확보
컴퓨터가 충분히 시원한 환경에서 원활한 공기 흐름을 확보해야 합니다. 그렇지 않으면 장치 기능이 제한되어 P2 Solo와 MinKNOW의 데이터 수집 속도를 따라가지 못할 수 있습니다.
위의 방법을 따라도 여전히 문제가 발생한다면, 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 내 GridION이 GXB01nnn 시리얼 번호인데, P2 Solo를 실행할 수 있나요?
P2 Solo는 이 GridION 시리즈와 호환되지 않습니다. 성능이 최적화되지 않고 기능도 보장되지 않습니다. 최신 GridION으로 업그레이드를 받으려면, 장치에 유효한 라이선스와 보증이 있어야 하고 계정에 활성화된 플로우 셀 주문이 있어야 합니다. 업그레이드 관련 문의는 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 연락하시기 바랍니다.
- GridION과 P2 Solo에서 동시에 몇 개의 플로우 셀을 실행할 수 있나요?
GridION은 동시에 PromethION 플로우 셀 2개와 MinION 플로우 셀 5개를 실행할 수 있습니다. 다만 이때는 베이스콜링 모델 선택에 대한 고려사항이 있습니다. PromethION과 MinION의 용량보다 적은 조합은 아직 테스트되지 않았으며, 향후 MinKNOW 업데이트에서 권장 설정이 안내될 예정입니다. 또한 동일한 실험에서 서로 다른 유형의 플로우 셀을 섞어 시작할 수는 없습니다.
| Basecalling model on PromethION FCs | Basecalling model on MinION FCs |
| 2 flow cells | 5 flow cells |
| Fast (실시간 처리 가능*) | Fast (실시간 처리 가능*) |
| HAC (실시간 처리 가능*) | Fast (실시간 처리 가능*) |
| SUP (1개 플로우 셀만 실시간 처리 가능*) | 베이스콜링 없음 |
* 실시간 처리 가능(keep up) 은 72시간 런에서 표준 출력 기준으로, 데이터 생성 속도에 맞춰 베이스콜링이 가능함을 의미합니다.
- P2 Solo를 어떻게 연결하나요?
시작하기 전에 MinKNOW 소프트웨어 내에서 ‘Host settings → Software’로 이동하여 MinKNOW 버전을 확인하세요. 최소 MinKNOW 23.04 이상을 실행해야 하며, 최신 버전을 사용하는 것이 권장됩니다. MinKNOW 버전을 확인하려면 Host settings → Software로 이동하세요.
P2 Solo를 호스트 컴퓨터에 연결하기 전에 아래 USB 포트 호환성 표의 연결 요구 사항을 확인하세요.
호스트 컴퓨터에 연결 및 하드웨어 체크 수행
- 호스트 컴퓨터에서 MinKNOW를 엽니다.
- 제공된 전원 어댑터를 P2 Solo에 연결합니다.
- USB-C 케이블을 P2 Solo와 컴퓨터 사이에 연결합니다.
- P2 Solo의 전원을 켭니다. 장치 후면의 녹색 LED가 켜집니다.
- P2 Solo가 MinKNOW에 표시됩니다.
- 하드웨어 체크 실행 방법은 빠른 시작 가이드를 참조하세요.
하드웨어 체크가 완료되면(일반적으로 15분 이내) P2 Solo가 설정되어 사용할 준비가 된 것입니다. 체크가 실패하거나 할당된 시간 내에 완료되지 않은 경우 문제 해결 가이드를 참조하세요.
문제 해결
GridION을 사용하는 경우 USB-C 포트가 탭에 의해 막혀 있지 않은지 확인하세요. 후면 USB-C 포트에 단단히 연결되어 있는지 확인하세요. 단단한 클릭 소리가 나지 않는다면 커넥터 양쪽에 빨간색으로 표시된 금속 탭을 뒤로 젖혀야 할 수도 있습니다.
P2 Solo가 MinKNOW에 표시되지 않았습니다. 일부 경우에는 ‘USB-C 커넥터를 뒤집는’ 것이 필요할 수 있습니다. P2 Solo의 전원을 끄고, USB-C 케이블을 제거한 뒤 P2 Solo 인쇄면을 반대로 하여 다시 삽입하고 전원을 켠 후 MinKNOW에 표시될 때까지 기다리십시오.
P2 Solo가 표시되지만 연결이 끊어집니다. USB 포트 호환성 표를 확인하여 적절한 포트가 선택되었는지 검토하십시오.
적절한 USB-C 포트가 없는 경우 지원팀에 문의하면 호환 가능한 USB-A to C 케이블을 제공받을 수 있습니다. 본인 케이블은 올바른 사양이 아닐 수 있으므로 사용하지 마십시오. 케이블을 받으면 USB 3 이상 포트에 연결해야 합니다. USB 2 포트를 사용하면 연결 문제가 발생합니다.
P2 Solo가 여전히 MinKNOW에 표시되지 않는 경우 호스트 컴퓨터에서 타사 소프트웨어가 USB 포트 기능을 제한하지 않는지 확인하십시오. 이는 안티바이러스 또는 Endpoint Detection and Response 패키지일 수 있습니다. IT 보안 정책상 타사 소프트웨어가 필요한 경우 IT 부서에 문의하여 아래 코드를 타사 소프트웨어의 ‘Peripheral controls’에서 화이트리스트에 추가하도록 하십시오. 구체적인 화이트리스트 설정 방법은 소프트웨어마다 다릅니다. 사용자가 적용된 코드가 P2 Solo 성능에 충분한지 검증할 책임이 있습니다.
- 제품: P2 Solo
- ONT Vendor ID: 2a1d
- Initial Connection ID: 0090
- Programmed ID: 0091
여전히 연결 문제가 발생합니까? 연결 문제가 계속 발생하는 경우, 아래 정보를 포함하여 지원팀에 문의하십시오.
문제에 대한 설명
GridION의 경우 로그를 내보내고, P2 Solo가 연결되지 않은 상태에서 USB-C 포트 이미지를 제공하십시오.
개인용 컴퓨터의 경우 아래 정보를 수집하십시오.
- 컴퓨터 제조사 및 모델 번호 (예: Manufacturer 1234-ABC)
- P2 Solo가 연결된 상태에서 USB 포트를 모두 명확히 보여주는 호스트 장치 이미지(앞면 및 뒷면)
- MinKNOW 로그 폴더 내용
- P2 Solo가 전원이 켜지고 컴퓨터에 의해 인식된 상태에서 다음을 수행하십시오.
i. Windows 사용자: Speccy 같은 무료 진단 프로그램을 실행하고 .txt 출력 파일을 공유하십시오.
ii. Ubuntu 사용자: 다음 명령어를 실행하고 결과를 공유하십시오.
sudo dmidecode -t 2
sudo lsusb
sudo lsusb -t
sudo lspci -vvvv
USB 포트 호환성
| 지원됨 | 지원되지 않음 |
| 메인보드에 직접 연결된 USB-C 포트로, 일반적으로 장치 후면의 은색 패널 내에 위치합니다. | 외부 USB 허브에 연결된 포트 컴퓨터 타워 전면의 USB 포트 컴퓨터 타워 후면에 있지만 후면 I/O 패널 밖에 위치한 USB 포트(왼쪽 그래픽의 빨간색 영역 참고) |
| 녹색으로 표시된 위치는 지원되는 가능성이 높습니다. | 빨간색으로 표시된 위치는 지원되지 않는 가능성이 높습니다. |
 |
|
USB 버전 호환성
| 지원됨 | 지원되지 않음 |
| 권장: USB 3.2 Gen 1 (USB 3.0, USB 3.1 Gen 1 superspeed). 또한 지원: USB 3.2 Gen 2 (USB 3.1, USB 3.1 Gen 2 SuperSpeed+ 10Gbps). USB 3.2 Gen 2x2 (USB 3.2 SuperSpeed 20Gbps). USB 브랜딩이 컴퓨터에 표시되지 않을 수 있으므로, 모델의 기술 사양을 확인해야 합니다. |
USB 2를 사용하지 마십시오. 이는 P2 Solo와의 연결 문제를 일으킵니다. |
기타 USB 주변기기
| 지원됨 | 지원되지 않음 |
| 마우스와 키보드를 제외하고 불필요한 USB 주변기기를 컴퓨터에 연결하지 않도록 하십시오. | 다른 데이터 집약적 장치(예: 하드 드라이브 또는 SSD)를 연결하지 마십시오. USB는 버스 프로토콜이므로 추가 장치가 대역폭을 공유합니다. 불필요한 주변기기가 대역폭을 과도하게 점유하면 일부 데이터가 손실될 수 있습니다. |
- P2 Solo에 USB-A 케이블이나 개인 USB-C 케이블을 사용할 수 있나요?
검증된 USB-C 케이블을 사용해야 하며, 케이블 양 끝에 ‘P2’ 표시가 있는 케이블을 사용하십시오. 이 케이블은 제품 박스에 포함되어 있습니다. 컴퓨터에 Type-C 포트가 없는 경우 기술 서비스 담당자에게 Type-A 케이블을 요청하십시오. ONT에서 제공하는 케이블은 검증되었으며, 시중에서 구할 수 있는 대체 케이블은 검증되지 않았으므로 통신 문제를 일으킬 수 있습니다.
- GridION에 P2 Solo 두 대를 동시에 연결할 수 있나요?
아니요, 권장되지 않습니다.
- PromethION 24/48 데이터 수집 장치를 컴퓨팅 장치로 사용하여 P2 Solo를 연결할 수 있나요?
아니요, 권장되지 않습니다.
DEVICES (P2 Integrated)
- 통합 스크린은 키보드 및/또는 마우스와 함께 작동하나요?
모니터가 연결되지 않은 경우 키보드를 사용하여 통합 스크린에서 데이터 입력을 할 수 있습니다. 이를 위해서는 장치 전원이 켜질 때 키보드가 연결되어 있어야 합니다. 마우스는 통합 스크린에서 작동하지 않습니다.
- 통합 스크린은 장갑을 착용한 상태에서도 작동하나요?
예.
- 외부 스크린을 사용해야 하나요?
아니요. P2 Integrated는 터치스크린 사용자 인터페이스를 통해 시퀀싱 소프트웨어 MinKNOW와 상호작용할 수 있도록 설계되었습니다. 그러나 MinKNOW 이외의 Ubuntu 데스크톱 및 응용 프로그램에 접근하려면 외부 스크린을 사용할 수 있습니다.
외부 스크린을 사용하려면 모니터(HDMI 또는 DisplayPort 호환), 키보드, 마우스를 장치 전원이 켜지기 전에 연결해야 합니다. 전원이 켜진 상태에서 연결하면 인식되지 않습니다. 또한 장치가 켜져 있는 동안 외부 디스플레이를 끄거나 분리하지 말아야 하며, 그렇지 않으면 통합 스크린에 문제가 발생할 수 있습니다(화면 보호기 또는 절전 모드는 괜찮습니다).
- 외부 스크린과 통합 스크린에서 동시에 MinKNOW를 사용할 수 있나요?
예. 원한다면 두 화면에서 동시에 MinKNOW를 사용할 수 있습니다.
- P2 Integrated에서 EPI2ME를 실행할 수 있나요?
예. P2 Integrated에서 EPI2ME를 실행할 수 있습니다. 현재는 외부 스크린에서 실행해야 합니다. Linux에 설치하는 방법은 EPI2ME 웹사이트의 지침을 따라 장치에 설치할 수 있습니다.
- P2 Integrated에 P2 Solo를 연결할 수 있나요?
아니요, 이는 지원되지 않습니다. P2 Integrated에 P2 Solo를 연결하지 마십시오. 이 구성에서는 장치의 성능을 보장할 수 없습니다.
- P2 Integrated에 MinION Mk1B 또는 Mk1D를 연결할 수 있나요?
아니요, 이는 지원되지 않습니다.
DEVICES (General Device FAQS)
- 왜 1TB SSD가 필요한가요? HDD나 더 작은 용량을 사용할 수는 없나요?
최소 1TB 내부 SSD가 필요한 이유는 시퀀싱 과정에서 대량의 원시 전류 데이터가 생성되고, 이 데이터가 실시간으로 디스크에 기록되기 때문입니다. 이러한 중간 파일은 최종 시퀀싱 데이터보다 훨씬 큰 경우가 많습니다. 시퀀싱 스크립트가 완료되면 중간 파일은 자동으로 삭제되고 최종 시퀀싱 데이터만 남습니다.
따라서 시스템의 I/O(입출력) 성능은 시퀀싱 실행 중 데이터 손실이 발생하지 않도록 하는 데 핵심적입니다. 디스크 용량이 더 작거나 HDD, 외장 SSD, 퓨전 SSD 같은 다른 디스크 유형을 사용할 경우 시퀀싱 실행 또는 컴퓨터 충돌, 데이터 손실로 이어질 수 있습니다.
MinKNOW가 설치된 드라이브는 출력 위치를 어디로 설정했는지와 상관없이 최소 1TB 내부 SSD 드라이브여야 한다는 점에 유의하십시오. 이 FAQ에는 설치 후 출력 위치를 변경하는 방법에 대한 지침이 포함되어 있습니다.
- 내 장치는 어떤 온도에서 작동하나요?
각 시퀀싱 장치의 정확한 주변(실내) 온도는 안전 및 규제 문서에서 확인할 수 있습니다.
모든 나노포어 시퀀싱 장치는 요구되는 온도 범위를 충족하는 환경에 두어야 하며, 직접적인 열원이나 햇빛을 피해야 합니다. 또한 장치의 모든 면과 상단에 30cm 이상의 공간을 확보해야 하며, 통풍구가 막히지 않도록 해야 합니다. 이는 장치가 올바른 시퀀싱 온도를 유지할 수 있도록 하기 위함입니다. 장치를 잘못 배치하면 시퀀싱 성능 문제나 런이 조기 종료되는 결과를 초래할 수 있습니다.
- 다양한 시퀀싱 장치의 처리량은 얼마인가요?
- 다양한 시퀀싱 장치의 출력과 처리량은 얼마인가요?
기가베이스(Gb) 단위의 출력과 동시에 실행할 수 있는 플로우 셀 수에 따른 처리량은 장치와 사용하는 플로우 셀 유형에 따라 다릅니다. 더 많은 정보는 웹사이트의 사양 페이지를 참조하시기 바랍니다.
- 장치는 어떻게 보관하나요?
Oxford Nanopore의 모든 장치는 일반 실온(18°C-25°C)에서 보관해야 합니다.
추가 보관 지침은 Nanopore 스토어를 참조하시기 바랍니다.
DEVICES (PromethION 24)
- PromethION이란 무엇인가요?
PromethION은 Oxford Nanopore의 초고처리량 벤치탑 시퀀싱 장치로, 테라베이스 규모의 데이터를 생산할 수 있습니다.
MinION과 GridION과 동일한 핵심 기술을 사용하여 PromethION은 실시간, 롱리드, 고정밀 DNA 및 RNA 시퀀싱을 제공합니다. 이 장치는 PromethION 24(P24)로 제공되며, 최대 24개의 플로우 셀을 동시에 실행할 수 있습니다(주당 48개).
PromethION은 최대 용량에서 기록적인 데이터 양을 생성할 수 있지만, 뛰어난 유연성도 제공합니다. 각 플로우 셀 슬롯은 개별적으로 제어할 수 있어 전체 시퀀서를 모두 채울 필요 없이 여러 샘플 유형과 실험을 동시에 수행할 수 있습니다.
배치할 필요가 없으므로 사용자는 샘플을 확보하는 즉시 실험을 시작할 수 있으며, 처리 시간을 단축하고 샘플당 비용을 최소화할 수 있습니다.
놀라운 출력, 간단한 사용법, 직관적인 소프트웨어 인터페이스, 최소한의 샘플 준비로 PromethION은 인구 집단 규모의 유전체학부터 단일 세포 RNA 시퀀싱, 후성유전체 연구에 이르기까지 다양한 프로젝트를 지원할 수 있습니다.
PromethION의 유연성과 사용 편의성 덕분에 사용자는 나노포어 시퀀싱을 서비스 형태로 제공할 수도 있습니다.
- 각 PromethION 플로우 셀 위치의 LED 불빛은 무엇을 나타내나요?
LED 없음 – 플로우 셀이 연결되지 않음
파란색 고정 – 플로우 셀 준비 완료
녹색 고정 – 스크립트 실행 중
흰색 고정 – 스크립트 완료
빨간색 고정 – 오류
플로우 셀을 시퀀서에 연결하면 초기화 스크립트가 자동으로 시작되며, LED는 사용자의 개입 없이 파란색에서 녹색으로, 그리고 흰색으로 변경됩니다.
- PromethION을 실행하기 위해 필요한 컴퓨터 사양은 무엇인가요?
PromethION은 실험 데이터를 실행, 베이스콜링, 분석하는 데 필요한 모든 컴퓨팅 기능을 내장하고 있습니다. 단, 장치에서 빠른 데이터 전송을 가능하게 하려면 기존 네트워크 인프라에 통합되어야 합니다.
자세한 IT 요구 사항은 여기에서 확인할 수 있습니다.
- PromethION이 올바르게 작동하기 위한 권장 온도와 습도 범위는 무엇인가요?
PromethION은 +18°C에서 +22°C, 습도 40%에서 60% 범위에서 시퀀싱하도록 설계되었습니다.
적절한 온도 조절을 위해 장치의 모든 면에 30cm 이상의 공간을 확보하는 것을 권장합니다.
- PromethION의 기술 사양, 즉 설치 공간, 저장 공간, RAM 등은 무엇인가요?
- PromethION A100 / A-시리즈 펌웨어 업데이트를 통한 데이터 손실 방지
최근 SSD 펌웨어 문제를 확인했으며, 이로 인해 매우 드물지만 복구 불가능한 데이터 손실이 발생할 수 있습니다. 영향을 받는 고객은 시퀀싱 실험을 시작할 수 없고, 기존 실험 데이터를 읽을 수 없으며, 아래 이미지와 같이 저장 공간이 거의 없거나 전혀 없는 상태가 될 수 있습니다.
철저한 근본 원인 분석 결과 제조사의 SSD 드라이브에서 펌웨어 버그가 확인되었습니다. 이 문제는 일련 번호가 PCA100181보다 작은 A100 및 A-시리즈 타워에만 영향을 미칩니다. 이전 세대의 P24/48 데이터 수집 장치(즉, A100/A 시리즈가 아닌 타워)는 영향을 받지 않으며, 새로 출고되는 A-시리즈 및 A100 데이터 수집 장치에는 최신 펌웨어가 설치되어 있습니다.
예방적 유지보수 차원에서 잠재적으로 영향을 받을 수 있는 타워의 고객께서는 아래의 튜토리얼 비디오와 지침을 따라 복구 불가능한 데이터 손실을 사전에 방지하시길 강력히 권장합니다. 이 과정은 15분을 넘지 않으며, 타워의 전원을 껐다 켤 수 있는 현장 접근이 필요합니다.
단계별 안내 시작하기 전에 중요한 데이터를 원격 스토리지로 오프로드하는 것을 권장합니다(업데이트 중 오류 발생 가능성에 대비).
MinKNOW GUI에서 데이터 수집과 베이스콜링이 모두 중지되어 있는지 확인합니다.
터미널을 검색하여 열고 enter를 누릅니다.
검은 터미널 창에 아래 명령을 복사해 붙여넣습니다.
sudo apt update
sudo apt install -y ont-promethion-smart-tools
sudo Micron-Update-Firmware data AUTO
PromethION Flyer J2151_PromethION QSG_flyer_v3.pdf에 따라 데이터 수집 장치와 시퀀서의 전원을 끕니다.
PromethION Flyer에 따라 시퀀서와 데이터 수집 장치의 전원을 켭니다.
다음 세 가지 명령을 사용하여 최신 펌웨어 버전으로 RAID0 데이터 배열이 활성 상태인지 확인합니다.
df -h | grep "/dev/md"
cat /proc/mdstat
sudo Micron-Update-Firmware data AUTO-
위 명령의 예상 출력은 아래와 같습니다.
df -h | grep "/dev/md"
/dev/md125 429G 273G 135G 67% /
/dev/md126 1.9G 159M 1.6G 9% /boot
/dev/md127 56T 33T 21T 62% /data
cat /proc/mdstat
Personalities : [raid1] [raid0] [linear] [multipath] [raid6] [raid5] [raid4] [raid10]
md125 : active raid1 nvme4n1p5[0] nvme5n1p5[1]
457693184 blocks super 1.2 [2/2] [UU]
bitmap: 4/4 pages [16KB], 65536KB chunk
md126 : active raid1 nvme4n1p3[0] nvme5n1p3[1]
1997824 blocks super 1.2 [2/2] [UU]
md127 : active raid0 nvme1n1p1[1] nvme0n1p1[0] nvme3n1p1[3] nvme2n1p1[2]
60011151360 blocks super 1.2 512k chunks
sudo Micron-Update-Firmware data AUTO
X12 system detected
All drives are in good health
Current firmware should be E2MU200
Current firmware is:
/dev/nvme0 E2MU200 ... At the right level
/dev/nvme1 E2MU200 ... At the right level
/dev/nvme2 E2MU200 ... At the right level
/dev/nvme3 E2MU200 ... At the right level
All disks have this firmware version (E2MU200)
문제 해결 Device Name:
/dev/nvme1
Drive Status:
Attention! Drive is in Write Protect (Read Only) Mode due to degraded device reliability!
Oxford Nanopore Technologies의 중요한 일원이 되어 주셔서 감사합니다. 우리는 최첨단 발견을 함께 추구하는 동시에 여러분의 데이터가 안전하게 보호되도록 최선을 다하고 있습니다.
- 내 PromethION A-시리즈 / A100 데이터 수집 장치가 올바른 전원에 연결되어 있나요?
2023년 8월 MinKNOW 23.07이 출시되면서 새로운 베이스콜러 Dorado가 도입되었습니다. 이 소프트웨어 아키텍처 변경으로 인해 일부 PromethION A100 / A-시리즈 타워가 시퀀싱 도중 예기치 않게 전원이 꺼지는 문제가 발생했습니다.
문제는 MinKNOW(23.07 이상)를 사용할 때 GPU 전력 소모와 95–125V 전압 구간에서 작동하는 지역의 전기 전압 설정이 상호 작용한 결과임이 확인되었습니다.
이 소프트웨어로 인한 변화로 인해 이제 데이터 수집 장치는 MinKNOW 23.07.5 이상을 실행하려면 200–240V 전원 공급에 연결되어야 합니다. GV100 GPU가 장착된 이전 PromethION 24/48 DAU는 영향을 받지 않으며, GridION, MinION Mk1C, P2 Solo, MinION Mk1B 같은 다른 장치도 해당되지 않습니다. PromethION 24/48 시퀀싱 유닛의 전원 요구 사항은 변경되지 않았습니다.
내 전원 전압이 무엇인지 모르겠습니다. 어떻게 확인하나요?
PromethION A100은 200–240V 전원에 연결되어 있을 경우 자동으로 확인하여 MinKNOW 23.07.12(출시 시) 업데이트를 알립니다. 95–125V 전원에 연결되어 있을 경우 알림을 받지 못합니다.
수동으로 확인하려면 다음을 실행하십시오.
터미널을 검색하여 열고 Enter를 누릅니다.
아래 명령어를 복사하여 터미널 창에 붙여넣습니다. (ctrl + v 단축키는 작동하지 않으므로 마우스 오른쪽 버튼을 눌러 붙여넣으십시오.)
sudo IPMICFG-Linux.x86_64 -pminfo | grep "Input Voltage"
위와 같은 출력이 표시됩니다. 첫 번째와 두 번째 행은 각각의 전원 공급 장치에 해당합니다. 만약 하나의 Input Voltage가 0V로 표시된다면 두 개의 케이블이 모두 연결되어 있는지 확인하십시오.
200~240V 회로로 어떻게 업그레이드하나요?
영향을 받는 지역(예: 북미)에 있으며 위 단계를 통해 A100 타워가 200~240V에 연결되지 않은 것이 확인된 경우 다음을 권장합니다.
시설 담당자에게 이미 200~240V 회로가 사용 가능한지 또는 L6-20R 또는 6-20R* 소켓 2개를 설치할 수 있는지 문의하십시오.
미국 내에서는 아래 표를 참고하여 적절한 전원 케이블을 구입하십시오.
A100 타워를 사용하는 경우 페라이트 코어를 옮겨야 합니다. 이를 위해서는 아래 그림에 표시된 검은 박스 형태의 페라이트 코어를 새로운 케이블로 옮겨야 하며, 플라스틱 래치를 눌러 분리하면 됩니다.
A-시리즈 타워는 페라이트 코어가 필요하지 않습니다.
마지막으로 DAU와 시퀀서의 전원을 켜고 200~240V가 공급되는지 확인하십시오. 그런 다음 팝업 알림을 통해 또는 아래 지침을 따라 MinKNOW를 수동으로 업데이트하십시오.
터미널을 검색하여 열고 Enter를 누릅니다.
아래 명령어를 한 줄씩 복사하여 터미널 창에 붙여넣습니다. (ctrl + v 단축키는 작동하지 않으므로 마우스 오른쪽 버튼을 눌러 붙여넣으십시오.)
sudo rm /etc/apt/preferences.d/a100_power_issue_pin
이제 MinKNOW 사용자 인터페이스를 통해 최신 버전으로 업데이트하라는 알림이 표시될 수 있습니다. 표시되지 않는 경우 다음 명령어를 실행하십시오.
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release
데이터 수집 장치와 타워의 전원을 껐다가 켜서 업데이트를 완료하십시오.
추가 세부 정보는 support@nanoporetech.com 으로 기술 서비스팀에 문의하시기 바랍니다.
*대체 솔루션(예: 변압기/UPS)은 추후 검증될 예정이며, 이 FAQ는 그에 따라 업데이트될 것입니다.
내 PromethION이 영향을 받는 A100인지 A-시리즈인지 어떻게 알 수 있나요?
DAU에 물리적으로 접근할 수 있는 경우, 측면 패널에 불이 들어오는 PromethION 로고 아래에 A100 또는 A-Series가 표시되어 있습니다(아래 그림 참고).
대안으로 터미널을 검색하여 열고 Enter를 누르십시오.
아래 명령어를 터미널 창에 마우스 오른쪽 클릭으로 붙여넣으십시오. (ctrl + v 단축키는 작동하지 않습니다.)
cat /etc/oxfordnanopore/configs/identity.config | grep "ProductCode"
터미널 출력 결과를 아래 목록과 비교하여 보유한 데이터 수집 장치 유형을 확인하십시오.
ProductCode=PRO-PRCA100 = A100 데이터 수집 장치
ProductCode=PRO-PRCAMP = A-시리즈 데이터 수집 장치
ProductCode=PRO-PRC048 = P48 (GV100 GPU) 데이터 수집 장치
ProductCode=PRO-PRC024 = P24 (GV100 GPU) 데이터 수집 장치
내가 PromethION A100 / A-시리즈 DAU를 가지고 있지 않은 경우에도 업데이트할 수 있나요?
예, 이전 세대 데이터 수집 장치를 가지고 있다면 이 문제의 영향을 받지 않습니다. 앞으로 나올 MinKNOW 버전으로 업데이트할 수 있습니다.
- PromethION 시퀀싱 데이터에는 얼마나 많은 저장 공간이 필요한가요?
나노포어 시퀀싱 데이터는 POD5, FASTQ, BAM 세 가지 파일 형식으로 저장됩니다.
베이스콜링 요약 정보는 sequencing_summary.txt 파일에 저장됩니다.
POD5는 Oxford Nanopore에서 개발한 파일 형식으로, 나노포어 데이터를 효율적으로 저장하며 기존 .fast5 형식을 대체합니다. 이 출력은 .fast5보다 데이터 읽기와 쓰기가 빠르고, 연산 자원이 적게 들며, 원시 데이터 파일 크기도 더 작습니다.
FASTQ는 DNA/RNA 서열과 그 품질 점수를 모두 포함하는 텍스트 기반 서열 저장 형식입니다.
BAM 파일은 베이스콜링된 데이터셋에서 정렬 또는 변형된 염기 호출을 수행할 경우 출력됩니다.
sequencing_summary.txt는 개별 런에서 베이스콜링된 모든 리드의 메타데이터를 포함합니다. 여기에는 리드 ID, 서열 길이, 리드별 q-점수, 실행 시간 등이 포함됩니다. 시퀀스 요약 파일의 크기는 시퀀싱된 리드 수에 따라 달라집니다.
아래 예시 파일 크기는 개별 플로우 셀의 다양한 처리량을 기준으로 하며, POD5, FASTQ, BAM 파일을 저장하고 리드 N50이 23 kb인 경우를 기준으로 합니다. TMO = 이론적 최대 출력.
P24 또는 P48 데이터 수집 장치의 저장 용량은 각각 24개 또는 48개 플로우 셀을 .fast5와 FASTQ 출력으로 약 24시간 동안 실행할 수 있는 수준입니다.
PromethION 타워의 온보드 스토리지는 임시 저장용으로 설계되어 있으며, 장치를 최대 용량으로 실행할 경우 저장 공간 부족으로 런이 중단되지 않도록 데이터를 실시간으로 장치에서 스트리밍하는 것이 필수적입니다. 데이터 전송에 대한 지침은 여기에서 확인할 수 있습니다.
이 장치는 시퀀싱 데이터의 장기 보관 용도로 사용해서는 안 됩니다. 드라이브 오류 발생 시 장치에 저장된 데이터 손실에 대해서 Oxford Nanopore는 책임을 지지 않습니다.
- PromethION에서 데이터를 어떻게 전송하나요?
P24 또는 P48 데이터 수집 장치의 저장 용량은 각각 .pod5 및 FASTQ 출력 기준으로 24개 또는 48개 플로우 셀을 약 24시간 동안 수용할 수 있는 수준입니다.
표준 시퀀싱 런은 64~72시간 동안 지속되므로, 저장 공간 부족으로 런이 중단되지 않도록 데이터를 실시간으로 장치에서 스트리밍하는 것이 필수적입니다. 현재 권장 방법은 crontab을 통해 Rsync를 매시간 실행하여 타워에서 데이터를 이동하는 것입니다. 자세한 내용은 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 문의하십시오.
이를 위해 고객 사이트는 데이터 적체가 발생하지 않도록 충분한 대역폭을 갖춘 로컬 인프라 연결을 보장해야 합니다. PromethION은 이를 위해 10Gbps 포트를 두 개 제공하며, 고객은 이더넷 또는 광섬유 솔루션 중 선택할 수 있습니다. USB 포트는 실시간 데이터 전송에 충분한 대역폭을 제공하지 않으므로 사용하지 않아야 합니다. 이상적인 데이터 전송 속도의 예시는 아래와 같으며, 실제 속도는 네트워크 구성에 따라 더 느릴 수 있습니다.
| 1 Gbit/s | 10 Gbit/s | |
| 플로우 셀 1개 (200 Gbases) | 약 7시간 | 약 1시간 |
| 플로우 셀 48개 (200 Gbases) | 약 320시간 | 약 32시간 |
PromethION은 Ubuntu에서 실행되며 여러 파일 시스템 유형을 마운트할 수 있습니다. NFS 또는 CIFS로 제공되는 스토리지를 권장합니다. 이때 실시간 스트리밍 스토리지는 HDD보다 높은 쓰기 속도를 제공하는 SSD여야 합니다. 초기에는 네트워크 연결된 SSD 드라이브에 데이터를 기록한 후, 장기 보관을 위해 쓰기 속도가 느린 스토리지로 이동할 수 있습니다.
저장할 데이터의 형태와 양은 고객 요구 사항에 따라 달라집니다.
- .pod5 파일을 보관하면 새로운 알고리즘이 출시될 때 기존 데이터를 다시 베이스콜링할 수 있습니다. 새로운 베이스콜러는 기존 데이터셋의 베이스콜링 정확도를 크게 향상시킬 수 있습니다. 또한 일부 Oxford Nanopore 및 서드파티 도구는 .pod5에 포함된 원시 신호 정보를 활용하여 변형된 염기 호출, 참조 기반 SNP 호출, 데이터 폴리싱 같은 추가 분석을 수행할 수 있습니다.
- FASTQ 및/또는 BAM 파일만 보관하면 DNA/RNA 서열을 활용한 표준 다운스트림 분석 도구를 사용할 수 있지만, 향후 베이스콜링 개선 시 추가 서열 데이터를 생성할 수는 없습니다.
Oxford Nanopore는 사이트별 상황이 다르기 때문에 구체적인 저장 권장 사항을 제공하지는 않습니다. 다만 위의 지침과 요구 사항을 고려해야 합니다.
- PromethION을 실행하기 위해 특별한 실험실 요건이 필요한가요?
PromethION은 Oxford Nanopore Technologies의 다른 장치보다 훨씬 크고 처리량이 높은 장치입니다.
따라서 PromethION을 운용하기 위해서는 몇 가지 기본적인 시설 요건이 필요하며, 자세한 내용은 여기에서 확인할 수 있습니다.
PromethION은 72시간 런에서 수 테라바이트의 데이터를 생성할 수 있으며, 내부 저장 장치는 버퍼 역할만 하도록 설계되었습니다. 따라서 원활한 데이터 수집을 위해서는 빠른 데이터 전송 기술(10Gbps)과 대용량(수십 테라바이트) 스토리지 서버가 필수적입니다.
이 사양 외에도 일반적인 실험실 통합이 필요하며, 25kg 타워와 25kg 시퀀싱 유닛을 위한 안정적인 물리적 지지대와 마우스, 키보드, 모니터 같은 주변기기가 요구됩니다.
PromethION은 +18°C ~ +22°C, 습도 40% ~ 60%에서 시퀀싱하도록 설계되었습니다. 적절한 온도 조절을 위해 장치의 모든 면에 30cm 이상의 공간을 확보하는 것을 권장합니다.
- 내 장치에 UPS(무정전 전원 장치)를 사용할 수 있나요?
사용할 수는 있지만 특정 제품을 권장해 드릴 수는 없습니다.
적절한 UPS를 선택하기 위한 참고 사항으로, PromethION 데이터 수집 장치의 PSU는 2200W, 시퀀싱 유닛은 1200W로 정격되어 있습니다.
- PromethION에 서드파티 소프트웨어를 설치할 수 있나요?
권장하지 않습니다. 서드파티 소프트웨어를 설치하면 소프트웨어 충돌이 발생할 수 있습니다.
만약 Nanopore 소프트웨어와 충돌하는 서드파티 소프트웨어를 설치할 경우, 장치는 공장 초기화가 필요합니다.
DEVICES (MinION MK1D)
- MinION Mk1D는 무엇이 다른가요?
MinION Mk1D는 MinION Mk1B에서 크게 업그레이드된 모델로, 개선된 열 조절 기능을 갖추어 더 넓은 범위의 환경 온도에서 사용할 수 있습니다. 또한 USB-C 커넥터를 통한 현대적인 연결 방식을 지원하며, 런 진행 상황을 더 잘 보여주는 상태 LED가 포함되어 있습니다.
- MinION Mk1D의 상태 LED는 무엇을 나타내나요?
상태 LED는 장치가 컴퓨터에 연결되고 MinKNOW 소프트웨어가 실행 중일 때 장치 상태에 대한 정보를 제공합니다.
전원이 켜질 때 LED는 노란색, 주황색, 청록색으로 변한 뒤 흰색으로 고정됩니다.
흰색 – 플로우 셀 미삽입
파란색 – 플로우 셀 삽입, 스크립트 성공적으로 완료
녹색(스크롤링) – 스크립트 실행 중
빨간색(깜빡임) – 오류와 함께 스크립트 종료
참고: LED 상태는 MinKNOW 24.06.16 릴리스에서 완전히 구현되었으며, 그 이전 버전에서는 LED가 지속적으로 청록색으로 표시됩니다.
MinION Mk1D로 시퀀싱할 수 있는 주변(실내) 온도는 얼마인가요?
MinION Mk1D는 10ºC에서 35ºC 사이의 주변 온도에서 시퀀싱하도록 설계되었습니다. 이 범위를 벗어난 온도에서도 시퀀싱은 가능하지만, 생성되는 데이터의 품질이 다소 낮을 수 있습니다.
- 내 MinION Mk1D가 MinKNOW에 표시되지 않거나 연결 오류가 표시됩니다.
MinION Mk1D 연결에 문제가 있는 경우 다음 단계를 따라 주십시오.
- MinION Mk1D를 완전히 지원하는 올바른 버전의 MinKNOW를 사용하고 있는지 확인하십시오. 자세한 내용은 여기에서 확인하십시오.
- 컴퓨터 화면의 다른 창 뒤에 장치 연결을 요청하는 팝업이 숨겨져 있지 않은지 확인하십시오.
MinION Mk1D가 MinKNOW 24.06.16보다 이전 버전이 설치된 컴퓨터에 연결된 경우, 장치의 펌웨어가 해당 MinKNOW 버전에 맞게 업데이트됩니다. 펌웨어 업데이트 과정은 약 2.5분 정도 소요되며, 이때 장치를 분리하지 마십시오. 컴퓨터에 올바른 MinKNOW 버전이 설치되면 Mk1D의 펌웨어가 다시 업데이트된 후에야 위치가 사용 가능으로 표시됩니다. - 호스트 컴퓨터에서 USB 포트 기능이 타사 소프트웨어에 의해 제한되지 않는지 확인하십시오. 이는 안티바이러스나 엔드포인트 탐지 및 대응 패키지일 수 있습니다. IT 보안 정책상 이러한 타사 소프트웨어가 필요한 경우, IT 부서에 문의하여 아래 코드가 해당 소프트웨어의 ‘Peripheral controls’에서 화이트리스트에 추가되도록 하십시오. 화이트리스트 설정 단계는 소프트웨어마다 다를 수 있습니다.
- 컴퓨터의 다른 USB-C 포트를 사용해 보십시오.
- Ctrl+R 또는 CMD+R을 눌러 MinKNOW 인터페이스를 새로 고침하십시오.
- MinION Mk1D의 연결을 해제하고, 컴퓨터의 전원을 끈 후 다시 켜고 MinKNOW를 열어 MinION Mk1D 연결을 다시 시도하십시오.
문제가 계속되면 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- MinION Mk1B 또는 Mk1C에서 MinION Mk1D로 업그레이드할 수 있는 경로가 있나요?
아니요. MinION Mk1B 또는 Mk1C를 교체하기 위해 MinION Mk1D를 받는 업그레이드 경로는 없습니다. MinION Mk1D는 장치, 플로우 셀, 키트가 포함된 스타터 팩 형태로 번들 가격에 제공됩니다.
- Mk1D 출시 이후 Mk1B는 얼마나 오랫동안 지원되나요?
MinION Mk1B는 Mk1D가 초기 액세스 단계에 있는 동안 계속 스토어에서 제공됩니다. 2025년 1분기에는 레거시 스토어로 이동하며, 이 시점에서 MinION Mk1B 단종 및 지원 기간에 대한 추가 세부 사항이 발표될 예정입니다.
- MinION Mk1D를 컴퓨터에 어떻게 연결하나요?
중요 – MinION Mk1D의 전체 기능을 사용하려면 장치에 MinKNOW 버전 24.06.16 이상이 설치되어 있어야 합니다. 이전 버전은 MinION Mk1D를 완전히 지원하지 않으며 문제가 발생할 수 있습니다.
- MinION Mk1D IT 요구 사항 문서를 확인하여 컴퓨터가 호환되는지 확인하십시오.
- MinION Mk1B/D 및 PromethION 2 Solo(P2 Solo) 장치를 위한 MinKNOW 소프트웨어를 다운로드하고 설치하십시오.
- MinKNOW를 실행하십시오.
- 제공된 USB-C 케이블을 사용하여 MinION Mk1D와 컴퓨터의 USB-C 포트에 연결하십시오. MinION Mk1D가 MinKNOW에 표시됩니다.
중요 – MinION Mk1D를 컴퓨터에 연결할 때는 USB-C 포트만 지원됩니다. USB-A to C 어댑터나 USB-A to C 케이블은 지원되지 않습니다. USB-A 포트는 일반적으로 MinION Mk1D에 충분한 전력을 공급하지 못하므로, USB-A를 사용할 경우 시퀀싱 성능이 저하될 수 있습니다.
- 장치의 모든 면에 5cm 이상의 공간을 확보하고, 컴퓨터와 같은 열원 위에 두지 마십시오.
- MinION의 뚜껑을 여십시오.
- 구성 테스트 셀(CTC)(a)을 삽입하십시오. CTC를 단단히 눌러 장착되었는지 확인한 후(b), CTC 위로 뚜껑을 닫으십시오.
- MinION Mk1D의 상태 LED가 이제 흰색에서 파란색으로 바뀌어야 합니다.
- MinKNOW에서 하드웨어 체크를 수행하십시오.
- MinION Mk1D 설정에 어려움이 있다면 이 FAQ의 지침을 따르십시오.
- MinION Mk1D는 다른 플로우 셀을 사용하나요?
Mk1D는 MinION Mk1B를 대체하는 드롭인 장치입니다. MinION 플로우 셀과 Flongle 어댑터를 사용할 경우 Flongle 플로우 셀에도 호환되며, MinION Mk1B와 동일한 모든 키트와 호환됩니다.
- MinION Mk1D의 뚜껑은 모든 빛을 차단하나요?
예. 시퀀싱 실험에서 뚜껑이 빛을 차단하는 것으로 확인되었습니다. 다만 실험 도중 뚜껑이 열리거나 실수로 열려 있는 경우 플로우 셀을 보호하기 위해 라이트 실드를 사용하는 것을 여전히 권장합니다.
- MinION Mk1D를 GridION 또는 P2 Integrated와 함께 사용할 수 있나요?
아니요. MinION Mk1D는 현재 GridION이나 P2 Integrated와 호환되지 않습니다.
- MinION Mk1D USB-C 케이블을 P2 Solo와 함께 사용할 수 있나요?
아니요. MinION Mk1D에 포함된 케이블은 데이터 전송용으로 USB 2.0만 지원합니다. P2 Solo는 USB 3.0 데이터 전송 속도가 필요하므로 MinION Mk1D 케이블을 사용할 경우 데이터 전송 문제가 발생합니다.
- MinION Mk1D에서 Flongle 어댑터와 Flongle 플로우 셀을 사용할 수 있나요?
예. Flongle 어댑터를 사용하면 MinION Mk1D에서 Flongle 플로우 셀을 실행할 수 있습니다.
- MinION Mk1D를 연결하기 위해 USB-A 포트를 사용할 수 있나요?
중요 – MinION Mk1D를 컴퓨터에 연결할 때는 USB-C 포트만 지원됩니다. USB-A to C 어댑터나 USB-A to C 케이블은 지원되지 않습니다. USB-A 포트는 일반적으로 MinION Mk1D에 충분한 전력을 공급하지 못하므로, USB-A를 사용할 경우 시퀀싱 성능이 저하될 수 있습니다. 반드시 제공된 USB-C 케이블을 사용하십시오.
- 더 긴 USB-C 케이블을 사용할 수 있나요?
성능은 Mk1D에 제공된 케이블을 사용하여 내부적으로 검증되었습니다. 다른 케이블을 사용할 경우 성능이 달라질 수 있습니다. USB-C 표준을 충족하는 한 최대 3m 길이의 케이블을 사용할 수 있으며, USB-IF 인증 케이블 사용을 권장합니다.
이 케이블은 테스트되었으며 성능이 입증되었습니다.
- MinION Mk1D 출시 이후에도 MinION Mk1B를 구매할 수 있나요?
MinION Mk1D가 초기 액세스 단계에 있는 동안은 MinION Mk1B를 스토어에서 계속 구매할 수 있습니다. 2025년 1분기에는 레거시 스토어로 이동하며, 2025년 중반에 스토어에서 제거될 예정입니다. 정확한 날짜는 추후 확정됩니다.
- MinION Mk1D와 MinION Mk1B를 동일한 컴퓨터에 연결할 수 있나요?
동일한 컴퓨터에 두 개 이상의 MinION 장치를 연결하여 실행하는 것은 지원되지 않습니다. MinION Mk1D와 Mk1B는 서로 다른 펌웨어를 사용하므로, 두 장치를 동시에 연결하면 MinKNOW의 Host Settings → Software에서 아래와 같은 경고가 표시되는 것이 정상입니다.
DEVICES (MinION MK1C)
- Mk1C용 MinKNOW는 계속 업데이트되나요?
Mk1C는 다른 장치와 마찬가지로 2025년 2분기까지 정기적인 MinKNOW 업데이트를 받습니다. 2025년 2분기 이후에는 새로운 기능이나 새로운 플로우 셀, 키트, 케미스트리에 대한 지원 업데이트는 제공되지 않습니다. 이후 Mk1C는 2026년 2분기까지 필수 소프트웨어 보안 패치만 받게 됩니다.
- Mk1C가 단종되는 이유는 무엇인가요?
2019년에 Mk1C가 출시된 이후, 나노포어 시퀀싱을 뒷받침하는 케미스트리, 소프트웨어, 알고리즘은 크게 발전해 왔습니다. 동시에 NVIDIA와 Apple 같은 전자 제조업체들도 지속적으로 더 강력한 컴퓨팅 성능을 가진 제품을 출시했습니다. 이러한 발전과 베이스콜링 모델의 성능 향상으로 인해 더 강력한 컴퓨팅 성능이 필요하게 되었습니다.
반면 Mk1C의 하드웨어는 이 기간 동안 크게 변하지 않았습니다. 결과적으로 2023년에는 Apple Silicon 프로세서를 탑재한 소비자용 노트북 같은 제품이 Mk1C에 통합된 컴퓨팅 성능을 능가하게 되었습니다. 따라서 Mk1C를 단계적으로 단종하기로 결정하게 되었습니다.
- 내 Mk1C의 날짜와 시간이 올바르지 않습니다.
사용자 인터페이스 왼쪽 패널에서 ‘Device Settings’ 탭으로 이동하십시오. 아래 이미지와 같이 해당 지역에 맞게 날짜와 시간이 올바른지 확인하십시오.
날짜와 시간이 올바르지 않은 경우 ‘change date and time’ 버튼을 클릭하여 수동으로 올바른 날짜와 시간을 입력하거나, UI 또는 SSH를 통해 NTP(Network Time Protocol) 서버에 연결하십시오.
SSH를 통해 시간대를 변경하려면 아래 명령어를 실행해야 합니다. 여기서 Europe/London은 해당 웹페이지에서 확인한 사용자의 지역으로 바꿔 입력하십시오.
프롬프트가 표시되면 비밀번호 minit(기본값)을 입력하거나, 변경한 경우 장치별 비밀번호를 입력하십시오.
경고: change time zone 버튼을 사용할 경우, 장치가 업데이트를 시도하다가 루프에 갇히는 알려진 문제가 있습니다. 이 경우 Mk1C에 키보드를 연결하고 ‘ctrl’ + ‘r’을 눌러 새로고침하거나, 장치의 전원을 껐다가 켜십시오. 이 문제는 향후 MinKNOW 버전에서 해결될 예정입니다.
추가 지원이 필요하다면 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- microSD 카드를 사용해 Mk1C를 공장 초기화할 수 없습니다.
- 현재 Mk1C에서 사용 중인 운영 체제를 이 FAQ에서 확인하십시오. Mk1C가 Ubuntu 16.04(Xenial)를 사용 중이라면 운영 체제의 제한 때문에 16.04→18.04 전용 이미지를 사용해야 합니다.
- 이미지의 운영 체제가 Mk1C의 현재 운영 체제와 일치하는지 확인하십시오. (예: ‘sdcard_220111-1123_21.11.6_bionic_std_upgd.img’)
- microSD 카드를 인식하지 못하는 경우 대부분은 단계를 놓쳤기 때문이므로, 튜토리얼 영상의 모든 단계를 올바르게 따랐는지 확인하십시오.
- 문제가 여전히 해결되지 않는다면 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- Mk1C에서 MinKNOW 업데이트에 어려움을 겪고 있습니다.
- 운영 체제가 Ubuntu 18.04(Bionic Beaver)인지 확인하십시오. Mk1C는 Ubuntu 18.04(Bionic)에서 실행되어야 합니다. 최신 장치는 Ubuntu 18.04 운영 체제에서 출고되었으며, 2021년 또는 그 이전에 배송된 장치는 Ubuntu 16.04에서 출고되었습니다. 2022년에는 업데이트를 위해 사용자에게 microSD 카드가 배송되었습니다(커뮤니티 게시물 참조).
확인하려면 설정에서 ‘Software’ 탭으로 이동하여 설치된 버전 오른쪽의 ‘i’ 아이콘을 누르십시오. 그러면 서브 패키지 목록이 표시됩니다. ‘docker-ce’ 서브 패키지가 Ubuntu-bionic 또는 ubuntu-xenial 중 하나로 표시됩니다. Ubuntu-bionic인 경우 2단계로 진행하고, Ubuntu-xenial을 사용하는 경우 사용자 설명서를 확인한 뒤 추가 지원이 필요하면 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 문의하십시오.
- 장치의 시간이 올바른지 확인하십시오.
사용자 인터페이스 왼쪽 패널에서 ‘Device Settings’ 탭으로 이동하십시오. 아래 이미지와 같이 해당 지역의 날짜와 시간이 올바른지 확인하십시오.
날짜와 시간이 올바르지 않은 경우 ‘change date and time’ 버튼을 클릭하여 수동으로 올바른 날짜와 시간을 입력하거나, UI 또는 SSH를 통해 NTP(Network Time Protocol) 서버에 연결하십시오.
SSH를 통해 시간을 동기화하려면 아래 명령어를 실행해야 하며, <Europe/London> 부분은 웹페이지에서 확인한 사용자의 지역으로 바꿔 입력하십시오.
sudo timedatectl set-timezone <Europe/London>
sudo timedatectl
프롬프트가 표시되면 비밀번호 minit(기본값)을 입력하거나, 변경한 경우 장치별 비밀번호를 입력하십시오.
경고: change time zone 버튼을 사용할 경우 장치가 업데이트 루프에 갇히는 알려진 문제가 있습니다. 이 경우 Mk1C에 키보드를 연결하여 ‘ctrl’ + ‘r’을 눌러 새로고침하거나 장치의 전원을 껐다가 켜십시오. 이 문제는 향후 MinKNOW 버전에서 해결될 예정입니다. - 현재 MinKNOW 버전 확인 – 먼저 Mk1C가 어떤 MinKNOW 버전을 사용 중인지 확인하십시오. 이를 위해 Mk1C UI에서 settings 탭으로 이동하여 MinKNOW 버전을 기록하십시오.
- 장치를 업데이트하는 방법은 다음 두 가지 중 하나입니다.
a) 사용자 인터페이스(UI) 사용(권장) – 설정 패널로 이동하여 update MinKNOW 버튼을 클릭하십시오. (인터넷 속도에 따라 최대 15분이 소요될 수 있으며, 업데이트가 진행되는 동안 장치 전원을 끄지 마십시오. 그렇지 않으면 Mk1C가 복구 불가능한 상태가 될 수 있습니다.) 업데이트가 완료된 후에만 Mk1C의 전원을 껐다 켜십시오.
b) SSH 사용(UI 방법에 문제가 있을 경우 권장) – Mk1C와 보안 셸(SSH) 세션을 설정한 후 다음 명령어를 입력하십시오.
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-mk1c-release
sudo poweroff
추가 지원이 필요하다면 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- Mk1C에 보안 셸(SSH) 세션으로 연결하는 데 어려움이 있습니다.
보안 셸 세션은 동일한 네트워크에서 물리적으로 떨어져 있는 상태에서 Mk1C와 상호작용할 수 있는 방법입니다. SSH는 또한 Mk1C에 대한 추가 세부 정보를 제공합니다. 연결 설정에 대한 자세한 지침은 여기에서 확인할 수 있습니다.
다음은 Mk1C에 SSH로 연결할 때의 문제 해결 팁입니다.
Mk1C와 컴퓨터의 시간이 올바른지 이 FAQ에 따라 확인하십시오.
동일한 네트워크에 연결하십시오. 기관에서 VPN을 사용하는 경우 Mk1C와 동일한 네트워크에 있어야 합니다.
원격 연결이 활성화되어 있는지 확인하십시오. Mk1C의 설정 패널에서 원격 연결이 활성화되어 있어야 하며, 이는 Mk1C에서 직접 설정해야 합니다.
시리얼 번호로 Mk1C를 찾을 수 없는 경우 Mk1C IP 주소를 사용하십시오(MC-XXXXX 대신). Mk1C의 IP 주소는 Mk1C UI의 설정 패널에서 확인할 수 있습니다.
추가 지원이 필요하다면 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 기존 Mk1C 고객인데, 여전히 지원을 받을 수 있나요?
예. MinION Mk1C는 2026년 2분기 말까지 지원됩니다.
하드웨어 지원 및 장치 교체(필요한 경우)는 2025년 2분기까지 제공됩니다. 또한 장치는 다른 장치와 동일하게 2025년 2분기까지 정기적인 MinKNOW 업데이트를 받으며, 이후 2026년 2분기까지 필수 소프트웨어 보안 패치를 계속 받게 됩니다.
- microSD 카드나 SD 카드 어댑터가 없습니다.
microSD 카드 주문과 관련해서는 기술 지원팀에 문의하시기 바랍니다. 최근 버전의 MinKNOW가 포함된 microSD 카드를 받을 수 있지만 최신 버전은 아닐 수 있으므로, 수령 후 업데이트가 필요합니다. 또한 배송은 지역에 따라 최대 한 달이 소요될 수 있으며, 일부 지역에서는 추적이 불가능할 수도 있습니다.
어댑터는 온라인에서 구입할 수 있습니다:
Integral USB-A to microSD card adapter
UGREEN USB-C to microSD card adapter
빈 microSD 카드:
SanDisk 16GB microSD card
Transcend 16GB microSD card
- Mk1C의 날짜와 시간을 수정할 수 없습니다.
사용자 인터페이스 왼쪽 패널에서 ‘Device Settings’ 탭으로 이동하십시오. 아래 이미지와 같이 해당 지역의 날짜와 시간이 올바른지 확인하십시오.
날짜와 시간이 올바르지 않은 경우 ‘change date and time’ 버튼을 클릭하여 수동으로 올바른 날짜와 시간을 입력하거나, UI 또는 SSH를 통해 NTP(Network Time Protocol) 서버에 연결하십시오.
SSH를 통해 시간대를 변경하려면 아래 명령어를 실행해야 하며, Europe/London은 웹페이지에서 확인한 사용자의 지역으로 바꿔 입력하십시오.
sudo timedatectl set-timezone Europe/London
sudo timedatectl
프롬프트가 표시되면 비밀번호 minit(기본값)을 입력하거나, 변경한 경우 장치별 비밀번호를 입력하십시오.
경고: change time zone 버튼을 사용할 경우 장치가 업데이트 루프에 갇히는 알려진 문제가 있습니다. 이 경우 Mk1C에 키보드를 연결하여 ‘ctrl’ + ‘r’을 눌러 새로고침하거나 장치의 전원을 껐다가 켜십시오. 이 문제는 향후 MinKNOW 버전에서 해결될 예정입니다.
추가 지원이 필요하면 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
Mk1C를 리셋하기 위해 microSD 카드를 플래싱하려면 어떻게 해야 하나요?
DEVICES (MinION MK1B)
- MinION Mk1B가 단종되는 이유는 무엇인가요?
MinION Mk1B의 후속 기기인 MinION Mk1D가 출시되었기 때문입니다. Mk1D는 다음과 같은 기능을 제공합니다.
- 향상된 열 조절: 작동 온도에 더 빨리 도달하며, 더 넓은 온도 범위(10–35˚C)에서 작동 가능
- 새로운 슬림 디자인: 두께가 13mm에 불과해 지금까지 제작된 장치 중 가장 휴대성이 뛰어남
- USB-C 연결: 최신 노트북 및 컴퓨터와의 호환성 확대
- 상태 LED: 시퀀싱 진행 상황을 한눈에 모니터링 가능
- "Please ensure your computer is connected to the internet" 메시지가 표시되는 이유는 무엇인가요?
이 메시지가 나타나는 가장 일반적인 원인은 네트워크 또는 방화벽 문제입니다. IT 부서와 협력하여 아래 항목이 허용되어 있는지 확인하십시오.
MinION의 경우 문제 원인이 사내 네트워크인지 확인하는 빠른 방법은 노트북을 집으로 가져가 집 WiFi 네트워크에서 MinION이 인식되는지 확인하는 것입니다. 또는 어떤 시퀀싱 장치든 휴대폰의 테더링/핫스팟을 사용하여 컴퓨터나 장치에 연결할 수도 있습니다.
Inbound 및 Outbound 트래픽 및 화이트리스트에 추가해야 할 IP 주소 목록은 MinION IT 요구 사항을 참조하십시오.
프록시를 사용하여 MinKNOW를 설정하려면 다음 가이드를 참조하십시오.
필요한 모든 IP 주소를 화이트리스트에 추가하고 프록시를 설정한 후에도 여전히 이 메시지가 표시된다면, Windows에서는 아래 단계를 따르십시오.
- Windows 시작 버튼을 클릭하고 "Internet Options"를 입력한 뒤, 검색 결과에서 인터넷 옵션 앱을 실행하십시오.
- "Connections" 탭을 클릭하고, 대화 상자 하단의 "Lan Settings" 버튼을 클릭하십시오.
- "Bypass proxy server for local addresses" 체크박스를 선택하십시오.
- 컴퓨터를 재부팅하십시오.
- MinION 온도 제어
MinKNOW GUI의 Temperature History가 다음과 같을 경우:
너무 낮은 경우: MinION을 폴리스티렌 같은 단열 표면 위에 두고, 장치로 향하는 공기를 다른 방향으로 돌리십시오.
너무 높은 경우: MinION을 금속판 같은 전도성 표면 위에 두고, 장치 주변의 공기 흐름을 늘리십시오.
36°C 미만일 경우: 플로우 셀이 목표 온도에 도달할 때까지 스크립트가 지연됩니다. 플로우 셀을 19°C에서 22°C 사이로 평형 상태에 맞추십시오.
37°C 초과일 경우: 런을 다시 시작하십시오. 온도가 변하지 않으면 웹사이트의 라이브 채팅을 통해 지원팀에 문의하십시오.
온도 제어 구성 요소에 대한 자세한 내용은 여기에서 확인할 수 있습니다.
시퀀싱 런 시작 시 시스템 메시지에 장치가 300초 내에 온도에 도달하지 못했다고 표시되더라도, 시퀀싱 런이 시작된다면 계속 진행해도 안전합니다.
런 도중 MinKNOW에서 Temperature History를 모니터링하여 히트싱크 온도가 범위 내에 유지되는지 확인하십시오.
- MinION 시퀀싱 런 동안 안정적인 인터넷 연결이 필요한가요?
아니요. 안정적인 인터넷 연결은 MinION 런을 시작할 때만 필요하며, 런이 진행되는 동안은 불안정한 연결이어도 충분합니다. 런이 진행되는 동안 MinKNOW는 메타데이터를 ONT 서버로 전송합니다. 이 메타데이터에는 ASIC 온도, MUX 상태, 전체 시퀀싱 출력 등의 정보가 포함됩니다. 생물학적 데이터는 전송되지 않습니다. 따라서 시퀀싱 중 인터넷 연결이 불안정하거나 잠시 끊기더라도 런에는 영향을 주지 않으므로 걱정하지 않으셔도 됩니다.
- Mac에서 MinKNOW와 함께 외장 SSD를 사용할 수 없습니다.
외장 SSD를 사용하여 실험을 시작할 때 아래와 같은 오류가 표시된다면, SSD가 권한 또는 운영 체제 수준에서 올바르게 구성되지 않았을 수 있습니다.
- SSD의 읽기/쓰기 권한이 활성화되어 있는지 확인하십시오. Finder 애플리케이션에서 드라이브를 마우스 오른쪽 클릭하고 ‘정보 가져오기(get info)’를 선택한 뒤, 로그인한 사용자가 읽기/쓰기 권한을 가지고 있는지 확인하십시오.
- 여전히 MinKNOW에서 외장 SSD를 사용할 수 없다면 ‘시스템 설정’에서 ‘개인정보 보호 및 보안’으로 이동하십시오. MinKNOW에 전체 디스크 접근 권한(full disk access)을 부여한 후 다시 시도하십시오. 전체 디스크 접근 권한을 활성화하려면 관리자 권한이 필요할 수 있습니다.
- MinKNOW를 재시작하고 실험을 다시 시도하십시오. 문제가 계속된다면 support@nanoporetech.com으로 기술 지원팀에 문의하십시오.
- MinION을 가지고 있는데, 어떻게 시작하면 되나요?
특정 키트에 맞는 단계별 가이드를 따라가는 것을 권장합니다. 이 가이드는 Getting started 페이지의 "Your First Experiment" 탭에서 확인할 수 있습니다.
이 가이드를 통해 소프트웨어 설치, 장치와 플로우 셀 점검, 첫 번째 라이브러리 준비, 첫 번째 시퀀싱 실험 실행, 그리고 실시간 결과 분석까지 기술을 익힐 수 있습니다.
또한 Getting started 페이지에서는 나노포어 시퀀싱 실험의 다양한 단계와 관련된 유용한 동영상이 포함된 강좌와 레슨 라이브러리도 확인할 수 있습니다.
- MinION Mk1B는 얼마나 오랫동안 지원되나요?
MinION Mk1B는 레거시 스토어에서 제거된 날짜부터 1년간 하드웨어 지원(필요 시 교체)과 2년간 소프트웨어 지원을 받습니다.
현재 계획은 다음과 같습니다.
- 하드웨어 지원: 2026년 6월 30일까지
- 소프트웨어 지원: 2027년 6월 30일(Q2)까지
2027년 6월 30일 이후까지 지원이 포함된 계약을 보유한 고객은 해당 계약에 명시된 조건에 따라 지원이 보장됩니다.
- USB-C만 지원하는 노트북(예: Apple MacBook)에 MinION Mk1B를 어떻게 연결하나요?
USB-C 포트만 있는 노트북이나 데스크톱에 MinION Mk1B를 연결하려면 USB-A(암) to USB-C(수) 어댑터가 필요합니다. 이 어댑터는 USB superspeed(5 Gbps) 이상을 지원해야 합니다.
단, 사용자의 컴퓨터와의 호환성은 보장되지 않습니다.
- 2027년 2분기 말 소프트웨어 지원이 종료된 이후에도 MinION Mk1B를 사용할 수 있나요?
예. 소프트웨어 지원이 종료된 이후에도 MinION Mk1B는 계속 작동합니다. 다만 새로운 기능이나 최신 릴리스와는 호환되지 않을 수 있으며, 기존 레거시 제품은 계속 실행할 수 있습니다.
- MinION을 아무 PC나 노트북에서 실행할 수 있나요?
- MinION을 GridION에 연결할 수 있나요?
아니요. 이는 권장되지도, 지원되지도 않습니다. 하나 이상의 MinION을 GridION에 연결하면 예측할 수 없는 동작이 발생할 수 있으며 장치 보증이 무효화됩니다.
- MinION Mk1B를 MinION Mk1D로 교환할 수 있나요?
아니요. MinION Mk1B에 대한 교환 프로그램은 없습니다. 기존 MinION 장치를 MinION Mk1D로 교체하는 업그레이드 경로도 제공되지 않습니다. MinION Mk1D는 장치, 플로우 셀, 라이브러리 준비 키트가 포함된 번들 가격의 패키지로 제공됩니다. 아직 배송되지 않은 MinION Mk1B를 주문한 경우 고객 서비스팀에 연락하여 MinION Mk1D로 교환을 요청할 수 있지만, 이는 자동으로 처리되지 않습니다. 이미 배송된 MinION Mk1B 주문은 MinION Mk1D로 반품이나 교환이 불가능합니다.
DEVICES (GridION)
- USB를 통해 GridION에서 데이터를 이동하는 가장 좋은 방법은 무엇인가요?
USB를 사용할 경우, 더 높은 전송 속도를 제공하는 장치 후면의 USB 3.0 포트를 사용하여 파일을 전송하십시오.
- GridION Mk1은 무엇인가요?
GridION™ Mk1은 베이스콜링을 위한 컴퓨팅 기능이 통합된 소형 벤치탑 시퀀싱 시스템입니다.
이 장치는 최대 다섯 개의 시퀀싱 실험을 동시에 또는 개별적으로 실행할 수 있습니다. 또한 GridION Mk1은 실험실 내 개별 사용뿐 아니라 나노포어 시퀀싱 서비스를 제공하는 용도로도 활용할 수 있습니다.
자세한 내용은 웹사이트를 참조하시기 바랍니다.
GridION에 서드파티 소프트웨어를 설치할 수 있나요?
권장하지 않습니다. 서드파티 소프트웨어를 설치하면 소프트웨어 충돌이 발생할 수 있습니다.
만약 Nanopore 소프트웨어와 충돌하는 서드파티 소프트웨어를 설치할 경우, 장치는 공장 초기화가 필요합니다.
Software (Data Analysis)
- 품질 점수에 대해 더 알아보려면 어디에서 확인할 수 있나요?
우리는 각 염기의 베이스콜링 품질을 정의하기 위해 Phred 품질 점수를 사용합니다.
Phred 품질 점수는 추정 오류율에 기반한 신뢰도의 척도로, -10 × log(Pe)로 계산됩니다. 여기서 Pe는 오류 발생 확률입니다. Phred 품질 점수는 음의 로그 10 스케일로 표시되며, q-점수가 높을수록 예측된 염기에 대한 신뢰도가 더 높음을 의미합니다. 예를 들어, 100번에 1번 오류가 발생할 경우 q-점수는 20이고, 1000번에 1번 오류가 발생할 경우 q-점수는 30입니다. 추가 정보는 이 기술 문서에서 확인할 수 있습니다.
염기별 품질 점수는 베이스 서열과 함께 베이스콜링 알고리즘이 출력하는 FASTQ 파일에 저장되며, ASCII 문자 값 33에서 126까지(총 93개 ASCII 값)를 사용하는 Sanger 포맷으로 인코딩됩니다.
Oxford Nanopore Technologies는 시퀀싱 런의 평균 리드 정확도를 모달 정확도로 표시합니다. 또한 Phred 품질 점수는 컨센서스 정확도를 평가하는 데에도 사용됩니다.
컨센서스 서열은 동일한 위치에서 나온 리드를 누적해 결합하여 해당 영역의 단일 고품질 “컨센서스” 서열을 생성한 것으로, 주로 서열 어셈블리에서 사용됩니다.
- 리드 정렬(read alignment)이란 무엇인가요?
리드 정렬은 흔히 리드 매핑(read mapping)이라고도 하며, 시퀀싱 리드를 참조 서열에 맞추는 과정입니다.
예를 들어, 리드를 참조 유전체에 매핑하면 해당 리드가 참조 유전체의 어느 위치에서 기원했는지 식별할 수 있으며, 정렬을 통해 참조 서열에 대한 최적의 일치를 결정할 수 있습니다. 리드 매핑은 변이 검출, 전사체 아이소폼 주석, 차등 유전자 발현 분석 등 많은 워크플로에서 기본적인 1차 분석 단계입니다. 정렬에는 일반적으로 FASTQ 파일이 입력으로 필요하며, 결과는 시퀀스 정렬/매핑 포맷인 SAM 형식 또는 그 바이너리 형태인 BAM으로 생성됩니다.
많은 분석 워크플로에는 이미 EPI2ME 페이지에 설명된 것처럼 정렬 단계가 포함되어 있습니다. 리드 매핑은 또한 MinKNOW 및 Dorado 소프트웨어를 통한 베이스콜링 중에도 수행될 수 있습니다.
서드파티 도구의 경우 설치 및 사용법은 각 GitHub 페이지를 참조하십시오. 이러한 서드파티 도구와 관련된 문제는 개별 GitHub 저장소의 Issues 탭에 게시해야 하며, 저희는 서드파티 소프트웨어에 대한 지원을 제공하지 않습니다.
- 유전체 서열 조립(genomic sequence assembly)이란 무엇인가요?
서열 조립은 동일한 유전체 영역에 해당하는 리드를 맞추어 더 큰 연속 서열 단위(contig)를 형성하는 과정입니다.
서열 조립은 주로 유전체(genome) 또는 전사체(transcriptome) 조립에 사용됩니다.
리드 조립을 수행하기 위한 다양한 도구들이 있으며, 예를 들어 gDNA 조립은 Flye나 Shasta 같은 도구를 사용해 수행할 수 있습니다.
권장되는 모범 사례는 조립하려는 종의 유전체에 따라 달라질 수 있으므로, 현재 권장되는 모범 사례를 확인하려면 Applications 페이지의 assembly 섹션을 참고하는 것이 좋습니다.
EPI2ME 제품에는 작은(단일배체) 유전체 조립을 위한 wf-bacterial-genomes 워크플로가 포함되어 있으며, 이는 비미생물 샘플에도 사용할 수 있습니다.
- 베이스콜링(basecalling)이란 무엇인가요?
베이스콜링은 신호 데이터를 읽고 이를 변환하여 시퀀싱된 분자의 뉴클레오타이드 서열과 관련 품질 점수가 포함된 FASTQ 파일을 생성하는 과정입니다. 또한 MinKNOW에서 베이스콜링된 리드를 직접 BAM 형식으로 저장하는 것도 가능합니다. 베이스콜링에 대한 더 자세한 내용은 Data Analysis Guide에서 확인할 수 있습니다.
- 어셈블리 폴리싱(Assembly polishing, 합의 정확도 개선)이란?
초안 시퀀스 어셈블리, 보통은 초안 게놈을 대상으로 하는 후처리 과정입니다. 주된 목적은 어셈블리 과정에서 생기는 인위적인 오류를 제거하고, 지역적 정확도와 전체적인 합의(consensus) 정확도를 향상시키는 데 있습니다.
또한 특정 구간에 대해서도 합의 생성(consensus generation)을 적용할 수 있습니다. 예를 들어, 동일한 원래 DNA 조각 또는 분자의 여러 동일 복제본을 결합하여 하나의 고품질 시퀀스로 만드는 방식입니다.
초안 어셈블리를 생성하는 데 사용된 도구마다 권장되는 폴리싱 툴이 다를 수 있으며, 해당 도구에 맞는 전용 폴리싱 소프트웨어를 사용하는 것이 일반적입니다.
이러한 DNA 시퀀스 어셈블리 및 폴리싱 과정은 여러 EPI2ME 워크플로에 구현되어 있습니다. 예를 들어:
- wf-bacterial-genomes: 세균 게놈의 어셈블리 및 특성 분석을 위해 구현됨
- wf-clone-validation: 클로닝 플라스미드의 어셈블리, 폴리싱 및 주석(annotation)을 위해 구현됨
- 컨센서스 시퀀스(Consensus sequence)란?
특정 DNA/RNA 구간을 여러 번 시퀀싱한 결과(리드)를 결합해 만든 단일 고품질 시퀀스를 말합니다.
이 과정에서는 동일 구간을 여러 리드로부터 얻은 복제본들을 합쳐 하나의 시퀀스를 형성하게 되는데, 이때 무작위 오류들은 평균화되어 상쇄되므로 더 정확한 ‘합의된’ 시퀀스를 얻을 수 있습니다. (정확도 관련한 추가 정보는 별도 자료에서 확인할 수 있습니다.)
컨센서스 생성은 주로 게놈 어셈블리 과정에서 사용되지만, 특정 관심 구간에도 적용될 수 있습니다. 예를 들어, 동일한 원래 DNA 조각이나 분자의 여러 동일 복제본을 합쳐 하나의 고품질 시퀀스로 만드는 방식입니다.
- 내 데이터를 QC해야 하고 어떤 도구를 사용해야 합니까?
특정 분석에 필요한 데이터(예: 권장 리드 길이 또는 총 시퀀싱 양)를 이해하는 것이 중요합니다.
어떤 분석을 시작하기 전에 QC 평가를 수행하는 것은 데이터가 이러한 요구사항을 충족하는지 또는 시퀀싱 런에서 기대한 결과와 일치하는지 이해하는 좋은 방법입니다.
라이브 베이스콜링 중에 MinKNOW는 리드 품질과 길이와 같은 실시간 피드백을 제공할 수 있습니다. 이 정보는 런 리포트로 제공되며 내보낼 수 있습니다.
추가 QC 메트릭은 시퀀싱 이후에 여러 도구 중 하나를 사용하여 생성할 수 있습니다.
PycoQC와 같은 서드파티 도구도 존재하며 sequencing_summary.txt 파일로부터 QC 메트릭을 생성하는 데 사용할 수 있습니다.
FASTQ 파일에서만 메트릭을 생성하고자 한다면, FASTQ 또는 fastq.gz 파일을 입력으로 사용하는 EPI2ME 워크플로를 실행하고 QC 및 바코딩 탭에서 QC 결과를 확인할 수 있습니다. 또는 NanoPlot과 같은 서드파티 도구를 사용할 수도 있습니다.
서드파티 도구의 경우 설치 및 사용법은 각 GitHub 페이지를 참조하십시오. 이러한 및 기타 서드파티 도구와 관련된 문제를 해결하려면 개별 GitHub 리포지토리의 Issues 탭에 게시하십시오.
- 분석 전에 리드를 필터링해야 합니까?
우리의 많은 벤치마크는 MinKNOW에서 사용되는 기본 컷오프를 기반으로 도출됩니다. 따라서 일반적으로 MinKNOW에서 얻은 pass 데이터는 분석에 적합해야 합니다.
개별 애플리케이션에는 특정 권장 사항이 있을 수 있으며, Applications 페이지에서 제공되는 최신 모범 사례 워크플로 또는 분석 플랫폼 EPI2ME에 설명된 관련 워크플로를 읽는 것을 권장합니다.
다른 서드파티 워크플로는 MinKNOW에서 제공되는 기본값과 다른 요구사항을 가질 수 있습니다.
데이터를 필터링해야 하는 경우, Filtlong과 같은 리드 데이터 필터링 도구를 사용할 수 있습니다.
서드파티 도구의 경우 설치 및 사용법은 각 GitHub 페이지를 참조하십시오. 이러한 및 기타 서드파티 도구와 관련된 문제를 해결하려면 개별 GitHub 리포지토리의 “Issues” 탭에 게시하십시오. 당사는 서드파티 소프트웨어에 대한 지원을 제공할 수 없습니다.
- 커버리지를 어떻게 계산합니까?
커버리지는 게놈의 각 위치에서의 평균 리드 수를 설명합니다. 일반적으로 ‘x’ 커버리지(게놈이 시퀀싱된 횟수)로 언급됩니다. 이는 변이 탐지와 같은 다양한 응용 분야에 필요한 시퀀싱 데이터의 양을 설명하는 일반적인 방법입니다.
데이터셋에서 평균 커버리지를 추정하려면, 수집한 데이터의 양을 시퀀싱하고 있는 게놈의 크기로 나누십시오:
Coverage = 총 데이터 양 / 게놈 크기
예를 들어, 인간 게놈(3.1 Gb)을 시퀀싱하고 100 Gb의 데이터를 수집했다면, 추정 평균 커버리지는 32.3x가 됩니다:
100 Gb / 3.1 Gb = 32.3
원하는 평균 커버리지를 달성하기 위해 얼마나 많은 데이터가 필요한지 추정하려면, 시퀀싱하고 있는 게놈의 크기에 필요한 커버리지를 곱하십시오:
총 데이터 양 = 게놈 크기 * 커버리지
예를 들어, 생쥐 게놈(2.7 Gb)에 대해 20x 커버리지를 목표로 한다면, 최소 54 Gb의 데이터가 필요합니다:
2.7 Gb * 20 = 54 Gb
- 전사체 데이터를 어떻게 분석합니까?
나노포어 리드는 전장(full-length) 전사체 정보를 포착하기에 이상적입니다. 따라서 우리는 나노포어 cDNA 및 RNA 시퀀싱 데이터를 분석하기 위한 워크플로를 구현했습니다. wf-transcriptomics 워크플로는 차등 유전자 발현(differential gene expression), 차등 전사체 사용(differential transcript usage), 새로운 아이소폼 검출(novel isoform detection) 기능을 제공합니다. 이 워크플로는 GitHub 문서 페이지에 자세히 설명되어 있으며, 커맨드 라인과 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션 모두에서 사용할 수 있습니다.
전사체 영역의 또 다른 워크플로는 wf-single-cell 워크플로로, PromethION 장치를 사용해 시퀀싱한 10X Genomics 라이브러리의 분석을 용이하게 하기 위해 구현되었습니다. wf-single-cell 워크플로의 코드와 문서는 여기에서 확인할 수 있으며, 커맨드 라인과 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션 모두에서 실행할 수 있습니다.
이러한 워크플로는 cDNA 및 RNA 데이터의 평가와 분석을 위해 잘 알려진 생물정보학 방법들을 통합합니다. 예를 들어, 차등 발현 유전자를 식별하려면 일반적으로 리드를 참조 게놈(또는 전사체)에 맵핑하고, 각 유전자를 덮는 리드 수를 표로 작성한 뒤, 대조군 샘플과 실험군 샘플의 카운트를 비교합니다.
이를 통해 실험 샘플이 대조군 샘플에 비해 과대표현되거나 저대표현된 유전자와 전사체를 식별할 수 있습니다. 이러한 워크플로 내의 특정 도구에 대한 권장 사항은 EPI2ME와 Applications 페이지 모두에 설명되어 있습니다.
또한 많은 정렬 도구에는 cDNA 및 RNA 데이터에 특화된 매개변수가 있다는 점이 중요합니다. 이러한 매개변수는 리드를 스플라이스 접합부(splice junction) 위로 정렬할 수 있게 하며, 이는 새로운 아이소폼을 식별하고 주석을 달 때 특히 중요합니다.
- 옥스포드 나노포어는 고객 업로드를 자체적으로 활용합니까?
EPI2ME 데스크탑 애플리케이션은 클라우드에서 시퀀스 데이터를 분석할 수 있는 기회를 제공합니다. 클라우드 분석을 선택하면, 시퀀스 데이터는 옥스포드 나노포어가 관리하는 아마존 클라우드 인스턴스로 업로드됩니다. 설정 과정에서 사용자 인스턴스에 고유한 암호화 키가 생성되며, 업로드된 데이터는 사용자만 접근할 수 있습니다. 옥스포드 나노포어는 데이터나 결과를 확인할 수 없습니다. 이 정보는 일시적이며, 런이 완료되면 삭제됩니다.
워크플로는 이 기능이 비활성화되지 않은 경우 제한된 원격 측정(telemetry) 정보를 공유할 수도 있습니다. 이 정보는 실행 중인 워크플로(및 해당 버전)와 워크플로가 성공적으로 완료되었는지만 식별합니다. 이 정보는 플랫폼의 품질을 보장하기 위해 사용됩니다.
- 구조적 변이(SV)를 탐지할 수 있습니까?
네, 나노포어 리드는 구조적 변이 탐지에 이상적이며, 이를 위한 옥스포드 나노포어 워크플로와 서드파티 도구들이 모두 제공됩니다.
우리의 SV 호출 권장 사항은 생식세포 게놈 분석을 위한 wf-human-variation 워크플로와 종양-정상 쌍 시퀀싱을 위한 wf-somatic-variation 워크플로에 구현되어 있습니다.
구조적 변이(SV)는 일반적으로 리드를 참조 서열에 정렬한 후 식별됩니다. 결과로 생성된 정렬 리드 데이터(일반적으로 BAM 형식)는 입력으로 사용되며, 이 참조 서열에 대한 변이 예측이 포함된 변이 호출 형식(VCF) 파일이 생성됩니다.
서드파티 도구의 경우 설치 및 사용법은 각 GitHub 페이지를 참조하십시오. 이러한 및 기타 서드파티 도구와 관련된 문제를 해결하려면 개별 GitHub 리포지토리의 Issues 탭에 게시하십시오. 당사는 서드파티 소프트웨어에 대한 지원을 제공할 수 없습니다.
- 전체 인간 시퀀스 데이터에서 SNP/인델(삽입 및 결실)을 탐지할 수 있습니까?
네, 우리는 인간 유전 변이의 발견과 주석을 지원하기 위해 구현된 두 가지 워크플로를 제공합니다.
wf-human-variation 워크플로는 생식세포 게놈 분석을 위해 구현되었으며, SNP 호출에 Clair3 방법을 사용합니다.
Clair3 방법은 또한 wf-somatic-variation 워크플로에서도 사용되며, 이 워크플로는 정상 샘플과 짝지어진 종양 샘플에서 시퀀싱된 SNP 변이를 호출하는 데 사용할 수 있습니다.
이러한 워크플로는 인간 사례를 위해 구현되었지만, 적절한 참조 게놈이 제공된다면 비인간 분석에도 사용할 수 있습니다.
작은(그리고 단일배체) 게놈에서 SNV 변이 호출을 위해 우리는 wf-bacterial-genomes 워크플로를 제공하며, 이는 제공된 참조 서열에 대해 변이를 호출하기 위해 Medaka 소프트웨어를 사용합니다.
- 변형된 염기를 탐지할 수 있습니까?
옥스포드 나노포어 시퀀싱은 5mC, 5hmC, 4mC, 6mA, m6A, pseudoU, 이노신(inosine), m5C, 2'-O-Me(U/C/A/G) 등 여러 가지 자연 발생 및 합성 DNA와 RNA 변형을 탐지할 수 있습니다. 지원되는 변형의 전체 목록은 Accuracy 페이지를 참조하십시오.
적절한 PCR-free 프로토콜이 사용된 경우, 신호 데이터로부터 직접 변형된 염기를 탐지할 수 있으며, 이는 실험의 직접적인 목표가 아니더라도 생물학적 데이터에 대한 추가적인 통찰을 제공합니다. 변형된 염기를 탐지하려면 일반적으로 해당 변형된 염기에 특화된 모델이 필요합니다.
MinKNOW와 Dorado 모두 옥스포드 나노포어 시퀀싱 동안 생성된 신호 데이터에서 변형된 염기를 탐지하기 위한 모델과 옵션을 포함합니다. 이러한 도구로 메틸화(methylation)를 탐지할 때는 반드시 BAM 형식 파일을 출력해야 하며, 메틸화 정보는 BAM 형식에 저장됩니다.
BAM 파일에 저장된 변형 정보는 modkit 도구를 사용해 추가 처리할 수 있으며, modkit은 wf-human-variation 분석 워크플로에도 포함되어 있습니다.
서드파티 도구를 사용하는 경우, 설치 방법과 사용 지침은 해당 GitHub 페이지를 참조하십시오. 서드파티 소프트웨어에 대해서는 지원을 제공하지 않습니다. 도움이 필요할 경우, 관련 GitHub 리포지토리의 Issues 탭에 질문이나 문제를 게시하시기 바랍니다.
- 옥스포드 나노포어의 시퀀싱 장치에서 생성된 데이터를 실시간으로 분석하고 시각화할 수 있습니까?
MinKNOW 소프트웨어는 시퀀싱 런의 실시간 요약을 생성합니다. 여기에는 포어 상태, 시퀀스 양 및 품질, 그리고 런 도중 의사 결정을 내리는 데 유용한 기타 메트릭이 포함됩니다.
wf-metagenomics 애플리케이션은 실시간 애플리케이션으로 실행될 수 있으며, 시퀀싱 런이 진행 중일 때 시퀀싱된 샘플의 메타게놈 구성을 평가하는 데 사용할 수 있습니다.
Software (MinKNOW)
- 내 리드가 “pod5_skip”, “queued_reads” 또는 “tmp” 폴더에 들어가는 이유는 무엇입니까?
MinKNOW™에서 시퀀싱 중 라이브 베이스콜링이 활성화되면, 리드 데이터는 처음에 queued_reads 폴더에 기록된 후 베이스콜링됩니다. 베이스콜링이 완료되면 임시 파일은 런 설정 시 지정된 출력 빈도에 도달할 때까지 tmp 폴더에 보관됩니다. 최종 출력 파일은 시퀀싱 런 시작 시 지정된 출력 디렉토리 내의 pod5, fastq_pass, fastq_fail, bam_pass, bam_fail 폴더로 이동됩니다. MinKNOW에서 생성된 모든 시퀀싱 데이터의 기본 위치는 이 FAQ에서 설명되어 있습니다.
pod5_skip 폴더
pod5_skip 폴더는 .pod5 파일이 베이스콜링되지 않고 남아 있을 때 생성됩니다. 이는 다음과 같은 경우에 발생할 수 있습니다:
- 라이브 베이스콜링 중 일부 리드가 건너뛰어졌을 때,
- 시퀀싱 후, 캐치업 베이스콜링 도중 Stop basecalling 버튼으로 프로세스를 수동 중지했을 때.
이 두 경우 모두, 베이스콜링되지 않은 .pod5 파일은 pod5 및 pass/fail 폴더와 동일한 디렉토리에 있는 pod5_skip 폴더로 이동됩니다. 이 파일들은 이후 post-run analysis in MinKNOW 또는 Dorado에서 런 후(post-run) 분석으로 여전히 베이스콜링할 수 있습니다.
참고: “Stop basecalling” 단계는 완료까지 시간이 걸릴 수 있습니다. 이 과정을 방해하지 않는 것이 중요하며, 그렇지 않으면 데이터 손실이 발생할 수 있습니다. MinKNOW의 진행률 표시줄은 pod5_skip 폴더로 전송되는 리드를 나타냅니다.
queued_reads 폴더
시퀀싱이 예기치 않게 중단될 경우(예: 충돌이나 정전으로 인해), MinKNOW가 리드 데이터를 올바르게 처리하지 못할 수 있습니다. 이러한 경우, 원시 리드 파일은 일반적으로 /data/ directory 내에 있는 queued_reads 폴더에 남을 수 있습니다. MinKNOW 버전 24.11 이상에서는 대부분의 리드가 .pod5 파일 형식에 있으며 직접 사용할 수 있습니다.
일부 파일은 .pod5.tmp 형식일 수 있고, 이전 버전의 MinKNOW를 사용하는 경우 .raw 형식일 수 있습니다.
Linux용 FAQ 또는 Windows용 FAQ에 있는 지침을 사용하여 .pod5.tmp 또는 .raw 파일을 수동으로 .pod5로 변환할 수 있습니다. 변환된 .pod5 파일은 이후 post-run analysis in MinKNOW 또는 Dorado에서 런 후 분석으로 베이스콜링할 수 있습니다.
tmp 폴더
/ data/reads/ 내에 있는 tmp 폴더는 MinKNOW가 시퀀싱 및 베이스콜링 중 임시 작업 파일을 저장하는 데 사용됩니다. 일반적으로 이 폴더는 자동으로 관리되며 사용자가 개입할 필요가 없습니다. 그러나 시퀀싱이나 베이스콜링이 실패하거나 충돌하면 sequencing_summary.txt 파일의 임시 버전을 포함해 일부 임시 데이터가 이 폴더에 남을 수 있습니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조). 그 외의 다른 파일은 특별히 문제 해결을 위해 필요하지 않는 한 무시해도 됩니다.
- sequencing_summary.txt 파일은 어디에 위치합니까?
sequencing_summary.txt 파일은 모든 시퀀싱 런 동안 생성되지만, 실행 중 라이브 베이스콜링이 활성화된 경우에만 런 평가에 필요한 모든 정보를 포함합니다.
이 파일의 임시 버전은 런이 진행되는 동안 /data/reads/tmp 폴더에 .txt.tmp 형식으로 생성됩니다. 런이 완료되면, 이 파일은 MinKNOW가 생성한 실험 출력 폴더로 이동됩니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조).
sequencing summary 파일의 내용에 대한 자세한 정보는 Oxford Nanopore Output Specifications 문서를 참조하십시오.
- 시퀀싱 런에서 생성된 로그 파일은 어디에서 찾을 수 있습니까?
MinKNOW Standalone을 MinION Mk1D, MinION Mk1B 또는 PromethION 2 Solo와 함께 사용할 때 생성되는 로그는 기본적으로 다음 위치에 저장됩니다:
- Windows: C:\data\logs\
- Mac: /var/log/MinKNOW/
- Ubuntu: /var/log/minknow/
MinKNOW가 라이브 또는 런 후(post-run) 베이스콜링 중에 생성하는 Dorado 베이스콜 서버 로그는 기본적으로 다음 위치에 저장됩니다:
- Windows: C:\data\dorado_logs\
- Mac: /var/log/MinKNOW/dorado/
- Ubuntu: /var/log/dorado/
검토를 위해 MinKNOW와 Dorado 로그 폴더 전체를 압축하여 제출해야 합니다.
참고: Windows에서 MinKNOW를 기본이 아닌 다른 위치에 시퀀싱 데이터를 출력하도록 설정한 경우, 로그는 출력 폴더 내의 ‘logs’ 및 ‘dorado_logs’ 하위 디렉토리에 저장됩니다.
통합 컴퓨트 장치(예: GridION, PromethION 24, PromethION 2 Integrated, MinION Mk1C)에서는, UI에서 Host Settings > Help 로 이동한 후 Export Logs 아래 Export를 선택하여 로그를 내보낼 수 있습니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조). 내보낸 로그는 다음 위치에 저장됩니다:
- /data/logs
로그 내보내기
GUI에 접근할 수 없는 경우, 로컬 또는 SSH를 통해 터미널에 접속하여 다음 명령어로 동일한 위치에 로그를 내보낼 수 있습니다:
- 내 .pod5 파일이 어떤 MinKNOW 버전으로 생성되었는지 확인하려면?
.pod5 파일을 생성한 MinKNOW 버전은 메타데이터 안에 포함되어 있으며, pod5 inspect 도구를 사용해 추출할 수 있습니다. pod5 도구 설치 방법은 pod5 문서를 참조하십시오. 아래와 같이 pod5 inspect debug file_name.pod5 명령의 출력에서 software 필드를 확인하면 됩니다.
예시 명령 (실험 출력 폴더에서 실행):
$ pod5 inspect debug pod5_pass/FAX52199_pass_barcode01_93bd20ce_2200cf9e_0.pod5 | grep software software: MinKNOW 23.07.1 (Bream 7.7.6, Core 5.7.2, Dorado 7.0.6+c3e02c721)- 내 리드는 어떤 폴더에 있습니까?
MinION Mk1D, MinION Mk1B 또는 PromethION 2 Solo에서 MinKNOW Standalone을 사용할 때 파일의 기본 위치는 다음과 같습니다:
- Windows: C:\data\
- Mac: /Library/MinKNOW/data
- Ubuntu: /var/lib/minknow/data/
통합 컴퓨트 장치(예: MinION Mk1C, GridION, PromethION 24, PromethION 2 Integrated)의 경우 기본 위치는:
- /data
폴더 구조에 대한 더 자세한 내용은 MinKNOW 프로토콜 및 Oxford Nanopore Output Specifications 문서를 참조하십시오.
- Windows에서 원시 리드 복구하기
MinKNOW 24.11 릴리스 이후 MinKNOW™가 정상적으로 정리되지 않고 시퀀싱 런이 종료되면(예: MinKNOW 충돌 또는 예기치 않은 컴퓨터 종료), 원시 리드 데이터가 C:\data\queued_reads\complete_reads_xxxx 디렉토리에 남을 수 있습니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조). 대부분의 데이터는 .pod5 형식이며 직접 사용할 수 있습니다.
MinKNOW가 기록 중이던 일부 파일은 .pod5.tmp 형식일 수 있습니다. 이 경우 파일 확장자를 수동으로 .pod5로 변경한 후, pod5_recover 도구를 사용하여 변환할 수 있습니다:
새 파일은 입력과 같은 위치에 _recovered.pod5 접미사로 생성됩니다.
MinKNOW 24.11 이전 버전에서는 .pod5로 변환되지 않은 .raw 형식의 원시 리드 데이터가 C:\data\queued_reads\complete_reads_xxxx 디렉토리에 남습니다.
이러한 원시 데이터 파일은 MinKNOW 패키지에 포함된 커맨드라인 도구로 .pod5 파일로 변환할 수 있습니다:
- recover_reads 실행 파일이 포함된 디렉토리로 이동합니다.
(일반적으로 위치: C:\Program Files\OxfordNanopore\MinKNOW\bin) - 이 디렉토리에는 recover_reads 실행 파일이 있습니다.
- 검색창에서 Command prompt를 입력하고, 마우스 오른쪽 클릭 후 관리자 권한으로 실행을 선택해 터미널 창을 엽니다.
- 아래 명령어로 실행 파일 디렉토리로 이동합니다: cd C:\Program Files\OxfordNanopore\MinKNOW\bin
- 다음 명령어로 원시 리드를 복구합니다: recover_reads.exe "location of your raw reads" --output-directory "location to output your recovered pod5s"
주의: complete_reads_xxx 폴더는 비정상적으로 종료된 시퀀싱 런 동안 생성된 폴더여야 합니다.
예시 명령:
리드는 지정한 --output-directory에 복구됩니다. 복구된 파일은 MinKNOW 또는 Dorado에서 런 후(post-run) 분석으로 베이스콜링할 수 있습니다.
- Linux 및 MacOS에서 원시 리드 복구하기
MinKNOW 24.11 릴리스 이후, MinKNOW™가 정상적으로 정리되지 않고 시퀀싱 런이 종료되면(예: MinKNOW 충돌 또는 예기치 않은 컴퓨터 종료), 원시 리드 데이터가 /data/queued_reads/complete_reads_xxxx 디렉토리에 남을 수 있습니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조). 대부분의 데이터는 .pod5 형식이며 직접 사용할 수 있습니다.
MinKNOW가 기록 중이던 일부 파일은 .pod5.tmp 형식일 수 있습니다. 이 경우 파일 확장자를 수동으로 .pod5로 변경한 후, pod5_recover 도구를 사용하여 변환할 수 있습니다:
새 파일은 입력과 같은 위치에 _recovered.pod5 접미사로 생성됩니다.
MinKNOW 24.11 이전 버전에서는 원시 리드 데이터가 .pod5로 변환되지 않은 채 /data/queued_reads/complete_reads_xxxx 디렉토리에 남습니다.
이러한 원시 데이터 파일은 MinKNOW 패키지에 포함된 커맨드라인 도구로 .pod5 파일로 변환할 수 있습니다:
- 터미널 창을 엽니다.
- recover_reads 실행 파일이 포함된 디렉토리로 이동합니다.
- Linux: /opt/ont/minknow/bin
- MacOS: /Applications/MinKNOW/bin
- 최신 MacOS: /Applications/MinKNOW.app/Contents/Resources/bin/
- 아래 명령어로 원시 리드를 복구합니다: ./recover_reads "location of your raw reads" --output-directory "location to output your recovered pod5s
주의: complete_reads_xxx 폴더는 비정상적으로 종료된 시퀀싱 런 동안 생성된 폴더여야 합니다.
예시 명령:
리드는 지정한 --output-directory에 복구됩니다. 복구된 파일은 MinKNOW 또는 Dorado에서 런 후(post-run) 분석으로 베이스콜링할 수 있습니다.
- 기존 데이터셋에서 MinKNOW 로컬 베이스콜러를 실행할 수 있습니까?
MinKNOW는 기존 데이터셋을 베이스콜링하거나, 이미 베이스콜링된 데이터를 이용 가능한 베이스콜링 모델로 다시 베이스콜링(re-basecall)하는 데 사용할 수 있습니다.
런 후(post-run) 베이스콜링을 수행하는 방법에 대해서는 MinKNOW 프로토콜의 Post-run analysis 섹션을 참조하십시오.
- 내 장치에서 로그를 어떻게 내보내나요?
컴퓨트 통합 장치(예: GridION, PromethION 24, PromethION 2 Integrated 또는 MinION Mk1C)에서 로그를 내보내려면 MinKNOW GUI에서 Host Settings > Help 로 이동한 후 Export Logs 아래의 Export를 선택하십시오.
로그는 /data/logs 디렉토리에 TGZ 파일로 저장됩니다.
GUI에 접근할 수 없고 로컬 또는 SSH를 통해 터미널에 접근할 수 있다면, 다음 명령어로 동일한 위치에 로그를 내보낼 수 있습니다: sudo /opt/ont/mooneye/bin/ont-mooneye-save-logs
로그가 TGZ 파일로 생성되면, MinKNOW 매뉴얼에 설명된 대로 파일 매니저(File Manager)를 사용하여 USB 드라이브로 로그를 전송할 수 있습니다. 또는 장치에 직접 연결하여 다른 컴퓨터로 파일을 전송할 수도 있습니다. 검토를 위해 전체 TGZ 파일을 제출해야 합니다.
이 FAQ에 설명된 지침을 따라 수동으로 로그를 내보낼 수도 있습니다.
- 시퀀싱 런의 런 리포트를 어떻게 내보내나요?
런 리포트에는 시퀀싱 런에 대한 정보와 성능 그래프가 포함되어 있으며, 온라인 및 오프라인 열람이 가능하도록 HTML 형식으로 저장됩니다. 리포트는 런 종료 시 자동으로 생성되지만, MinKNOW의 Experiments Page에서 Export run report를 클릭하여 수동으로 생성할 수도 있습니다. 런 리포트의 내용에 대한 자세한 정보는 MinKNOW 프로토콜의 Run report 섹션을 참조하십시오.
과거 실험은 전원 사이클이나 소프트웨어 업데이트 후에도 MinKNOW 인터페이스에서 계속 확인할 수 있습니다. 기본적으로 최근 7일간의 실험이 표시되지만, 이 기간은 설정에서 변경할 수 있으며, 검색 상자를 이용해 과거 실험도 쉽게 찾을 수 있습니다.
- 내 pod5 파일이 4 kHz 또는 5 kHz 샘플링 속도로 생성되었는지 어떻게 확인합니까?
pod5 파일의 원시 신호 샘플링 속도는 메타데이터에 포함되어 있으며, pod5 view 도구를 사용하여 추출할 수 있습니다.
아래는 예시입니다:
- 바코드가 적용된 샘플을 어떻게 디멀티플렉싱할 수 있습니까?
Software (Adaptive sampling)
- 어댑티브 샘플링을 실행하기 위해 MinKNOW가 요구하는 파일 형식은 무엇입니까?
MinKNOW는 고갈(deplete)하거나 농축(enrich)할 게놈(또는 게놈들)이 포함된 FASTA 형식의 참조 파일과, 해당 게놈 내에서 타겟으로 고려할 구간이 지정된 BED 파일을 필요로 합니다. 예외적으로 FASTA 참조 파일만 사용할 수도 있으나, 이는 권장되지 않습니다. 더 자세한 내용은 Adaptive Sampling 가이드를 확인하십시오.
- 어댑티브 샘플링(이전에는 "read until"이라고 불림)이란 무엇입니까?
전체 게놈 또는 게놈의 일부와 일치하는 리드를 농축(enrich) 할 수 있으며, 전체 게놈 또는 일부와 일치하는 리드를 제거(deplete) 할 수도 있습니다. 어댑티브 샘플링에 대한 더 많은 정보는 여기의 가이드에서 확인할 수 있습니다.
- 어떤 요인들이 어댑티브 샘플링을 통해 개선 효과를 볼 수 있는지에 영향을 줍니까?
어댑티브 샘플링 접근 방식이 비어댑티브 샘플링 런보다 나을지는 몇 가지 요인에 의해 결정됩니다.
- 샘플의 몰 농도(molarity)
어댑티브 샘플링은 WGS보다 더 높은 몰 농도를 필요로 합니다. 전장 게놈 시퀀싱에서 권장되는 50 fmol 대신 약 65 fmol의 라이브러리를 로딩하는 것이 좋습니다. - 샘플의 절편(fragment) 길이 — 세 가지 방식으로 농축에 영향을 미칩니다:
- 리드 길이가 너무 길면 높은 몰 농도의 샘플을 준비하기 어려워집니다.
- 긴 리드는 플로우셀의 차단(blocking)율을 증가시키며, 이는 WGS보다 AS 런에서 더 심각하게 나타납니다. 이상적인 라이브러리 길이는 6–15 kb 범위입니다.
- 타겟이 작고(예: 2–3 kb) 라이브러리가 길면(예: 15 kb), 매번 가닥이 시퀀싱을 위해 수락될 때마다 15 kb 중 2–3 kb만 사용되어 시퀀싱 시간과 포어의 활용 효율성이 떨어집니다.
- 샘플 타겟팅 비율
농축 가능성은 타겟팅하는 샘플의 비율에 반비례합니다. 이상적인 타겟팅 범위는 전체 샘플의 0–5%이며, 권장되는 최대치는 10%입니다. - 장치 부하(load)
MinKNOW가 캡처된 가닥에 대해 결정을 내리는 속도에 영향을 주며, 이는 최종 농축에도 작용합니다. 특히 PromethION 장치의 경우, 많은 수의 플로우셀이 라이브 베이스콜링 및/또는 정렬을 동시에 수행하면 어댑티브 샘플링 결정을 빠르게 내리는 데 필요한 리소스가 줄어들 수 있습니다.
어댑티브 샘플링에 대한 더 자세한 정보는 Adaptive Sampling 가이드에서 확인할 수 있습니다.
- 어댑티브 샘플링을 사용할 때 관심 있는 전체 영역이 충분히 농축되지 않는다면 무엇을 시도할 수 있습니까?
타겟의 양 끝(edge)에서 커버리지가 감소하는 것을 발견한다면, 시작과 끝 부분에 충분한 농축이 이루어지지 않는 경우이므로 관심 영역을 확장하여 더 많은 염기를 포함시킬 필요가 있습니다.
지정한 일부 영역이 농축되지 않는다면 여러 가지 이유가 있을 수 있습니다. 가장 흔한 경우는 BED 파일의 특정 라인에 오류가 있어 해당 영역이 농축되지 않는 경우입니다. 이럴 때는 Bedchecker 파이썬 스크립트를 사용하여 BED 파일을 점검하고 오류가 없는지 확인할 수 있습니다.
(https://labs.epi2me.io/bed-bugs/)
어댑티브 샘플링에 대한 더 자세한 정보는 여기의 가이드에서 확인할 수 있습니다.
- 어댑티브 샘플링을 켠 상태에서 관심 있는 게놈에 정렬도 하고 싶다면, 정렬을 따로 지정해야 합니까?
- 어댑티브 샘플링을 사용할 때 타겟에서 얼마나 더 많은 염기를 얻을 수 있습니까?
일반적인 타겟 내(on-target) 농축 계수는 약 3–7배 정도이며, 이는 관심 영역의 크기, 샘플의 특성, 장치의 부하(load)에 따라 달라집니다.
이론적 최대 이득은 타겟과 일치하는 리드 비율의 역수라는 점을 유념해야 합니다. 즉, 타겟팅 범위가 넓을수록 농축 잠재력은 낮아집니다. 이상적인 타겟팅 범위는 샘플의 0–5%이며, 권장 최대치는 10%입니다.
어댑티브 샘플링에 대한 더 자세한 정보는 Adaptive Sampling 가이드에서 확인할 수 있습니다.
- 어댑티브 샘플링으로 인해 거부된 리드 수를 어떻게 확인할 수 있습니까?
어댑티브 샘플링으로 거부된 리드 수는 두 가지 방법으로 확인할 수 있습니다:
- 런 도중: MinKNOW의 Experiments 탭에서 Read length histogram을 열고 “Split by read end reason” 옵션을 선택합니다. 충분히 많은 리드가 거부되는 모드에서 실행 중이라면, 샘플에서 기대하는 리드 길이보다 훨씬 짧은 길이에 피크가 나타나는 이중봉 분포(bimodal distribution)가 보일 것입니다. 어댑티브 샘플링으로 거부된 리드는 “Adaptive sampling voltage reversal”이라는 라벨로 표시되며, 리드 길이 히스토그램에서 보라색으로 표시됩니다.
- 런 직후: 데이터 출력 폴더 안에 adaptive_sampling 폴더가 생성되었는지 확인하십시오. 이 폴더에는 AS_decisions_x_x_x.csv 파일과 AS_timings_x_x_x.csv 파일이 포함되어 있어야 합니다.
- AS_decisions_x_x_x.csv 파일에는 각 리드에 대해 어댑티브 샘플링이 내린 최종 결정이 기록되어 있습니다. 이 파일을 “action” 열로 필터링하면 승인(accepted)된 리드와 거부(rejected)된 리드 수뿐 아니라 각각의 readID까지 확인할 수 있습니다. 승인된 리드는 “sequence”, 거부된 리드는 “unblock”으로 표시됩니다.
Software (Sequencing)
- 옥스포드 나노포어로 전송되는 핑(ping) 데이터에는 무엇이 포함됩니까?
장치 소프트웨어는 런 메트릭과 히트싱크 온도, ASIC 온도, 플로우셀에서 사용 가능한 총 포어 수와 같은 진단용 장치 데이터만 전송합니다.
이러한 장치 데이터는 문제를 조사하거나 제품 개선에 활용될 수 있습니다.
생물학적 데이터는 Nanopore 약관에 명시된 대로 전송되지 않습니다.
핑 데이터가 수동으로 공유되어야 하는 경우, 해당 데이터는 기본 ‘data’ 위치 내 /pings 하위 폴더에 저장됩니다(자세한 내용은 이 FAQ 참조).
MinKNOW 소프트웨어 자체는 데이터를 저장하지 않으며, 데이터는 기본적으로 MinKNOW가 설치된 로컬 머신이나 사용자가 지정한 위치에 저장됩니다.
- MinKNOW™ 그래프에서 표시되는 색상은 무엇을 의미합니까?
MinKNOW의 그래프(예: Channel states 패널, Pore activity)는 시퀀싱 런의 실시간 상태를 반영합니다. 서로 다른 상태는 색상으로 구분됩니다.
아래는 MinION 시퀀싱 런의 Channel Panel 예시입니다:
- Sequencing (연두색): 하나의 포어를 통해 DNA 가닥이 전이되고 있음
- Pore Available (진녹색): 현재 DNA를 포착하지 않고 열려 있는 단일 포어
- Unavailable (짙은 파란색): 더 이상 전이하지 않는 정체된 DNA 가닥이 있거나, 전류 범위가 의미 있게 측정하기에는 너무 높은 경우의 단일 포어
- Inactive (하늘색): 복구할 수 없고 더 이상 시퀀싱할 수 없는 채널. 이유에는 전류가 검출기 한계를 벗어나거나 여러 개의 포어가 존재하는 경우 등이 포함됨
- Unclassified (흰색): MinKNOW가 아직 위에 설명된 상태 중 하나로 분류하지 않은 채널
Channel states 패널
Show detailed 버튼을 클릭하면 더 세부적인 채널 상태 배열과 해당 상태에 대한 설명이 표시됩니다. 자세한 내용은 MinKNOW 매뉴얼의 Checks and monitoring 섹션을 참조하십시오.
- 화면이 멈추거나 일부 기능이 보이지 않습니다.
MinKNOW GUI가 멈춘 것처럼 보이거나 예상되는 기능이 모두 표시되지 않는 경우, 먼저 Ctrl + R을 눌러 화면을 새로고침해 보십시오. 문제가 해결되지 않으면 MinKNOW 창을 닫았다가 다시 여십시오.
이 단계들로도 해결되지 않고 실험이 진행 중이라면, 이 FAQ에 설명된 대로 다른 컴퓨터에서 원격으로 접속해 모니터링 및 제어를 시도할 수 있습니다. 만약 MinKNOW에서 활성화된 실험이 없다면, 컴퓨트 장치를 완전히 전원 재부팅(full power cycle)해 보십시오.
위의 모든 단계로도 문제가 해결되지 않는다면, 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- MinKNOW에서 샘플 시트를 사용해 바코드 샘플에 사용자 지정 이름을 어떻게 할당합니까?
사용자는 MinKNOW GUI의 시작 페이지에서 Start from a sample sheet 버튼을 눌러 파일을 업로드할 수 있으며, 이를 통해 각 바코드에 샘플 이름과 같은 별칭(alias)을 지정할 수 있습니다.
이 이름은 이후 다음과 같은 곳에 사용됩니다:
- GUI의 바코드 그래프
- FASTQ 헤더 및 파일 이름
- 바코드 폴더 이름
- 시퀀스 요약 파일(alias 항목)
이를 통해 샘플 추적을 보다 쉽게 할 수 있습니다. 자세한 내용과 예시는 MinKNOW 프로토콜의 Sample sheet upload 섹션을 참조하십시오.
- 내 런은 얼마나 많은 SSD 공간을 차지합니까?
시퀀싱 런 동안 소프트웨어는 원시 전류 데이터를 실시간으로 디스크에 대량 기록하므로, MinION Mk1D 또는 Mk1B를 사용할 때 1 TB SSD가 요구됩니다.
이 파일들은 최종적으로 POD5, FASTQ, BAM 파일과 같은 압축된 형식으로 패키징됩니다. 시퀀싱 스크립트는 모든 파일 처리가 끝나거나 런이 중지되거나 베이스콜링이 중단될 때까지 진행됩니다. 더 자세한 내용은 Data analysis technical document에서 확인할 수 있습니다.
최종 디스크 사용량은 평균 리드 길이에 따라 달라지며, 짧은 절편 리드는 Gb당 더 많은 공간을 차지합니다. 아래 수치는 기본 MinKNOW 옵션과 FASTQ 파일의 .gzip 압축을 적용했을 때, N50이 약 20 kb일 경우의 대략적인 값입니다:
- POD5: 1 Gbase의 시퀀스 데이터당 약 4–7 GB 공간
- FASTQ: 1 Gbase의 시퀀스 데이터당 약 0.65 GB 공간
- 정렬된 BAM: 1 Gbase의 시퀀스 데이터당 약 1.4 GB 공간
- 실시간으로 몇 개의 플로우셀을 베이스콜링할 수 있습니까?
실시간 베이스콜링에는 다양한 애플리케이션과 연구 요구를 충족하기 위해 여러 베이스콜링 모델이 제공됩니다.
High Accuracy(HAC), Super Accuracy(SUP), 변형 감지용 모델 등을 포함한 이러한 베이스콜링 모델들의 실시간 처리 용량에 대한 전체 세부 사항은 Data Analysis technical document에서 확인할 수 있습니다.
- MinKNOW에서 GPU를 사용해 베이스콜링할 수 있습니까?
실시간 베이스콜링 시 GPU 사용은 기본적으로 통합 컴퓨트가 포함된 모든 옥스포드 나노포어 장치에서 수행됩니다: GridION, PromethION 2 Integrated, PromethION 24/48, MinION Mk1C.
MinION Mk1D, MinION Mk1B, PromethION 2 Solo 사용자는 NVIDIA GPU가 있는 Linux 또는 Windows 컴퓨터, 또는 Apple Silicon GPU(M1, M2, M3 등)가 있는 macOS 컴퓨터에서도 GPU를 사용해 라이브 베이스콜링을 할 수 있습니다. GPU 호환성에 대한 자세한 내용은 MinION Mk1D 및 PromethION 2 Solo의 IT 요구사항 문서를 참조하십시오.
- 여러 개의 MinION 장치를 병렬로 실행할 수 있습니까?
이는 컴퓨트 리소스 제한으로 인해 불안정성과 충돌을 일으킬 수 있으므로 권장되지 않습니다. 더 높은 처리량을 원하는 사용자의 경우, 여러 플로우셀을 병렬로 시퀀싱하도록 최적화된 GridION 또는 PromethION 장치를 고려하는 것이 좋습니다.
- MinKNOW™가 "finishing" 단계에 있을 때 플로우셀을 제거할 수 있습니까?
네, 시퀀싱 스크립트가 끝났다면, 캐치업 베이스콜링 모드에서 베이스콜링 대기 중인 리드가 있더라도 플로우셀을 제거할 수 있습니다.
단, MinION 장치 자체를 분리하는 것은 권장되지 않습니다. 이는 베이스콜링 프로세스가 중단되거나 컴퓨터가 종료될 수 있기 때문입니다.
- 플로우셀은 장착했는데 GUI에서 선택할 수 없습니다.
Ctrl + R을 눌러 화면을 새로고침하거나 MinKNOW 창을 열었다 닫아 문제가 해결되는지 확인해 보십시오. 그래도 되지 않는다면, 플로우셀이 제대로 삽입되었는지 확인하십시오. 같은 위치에서 플로우셀을 제거한 뒤 다시 삽입해 보실 수 있습니다. 이 방법으로도 해결되지 않는다면, 플로우셀을 다른 위치(가능하다면)로 옮겨보거나 원래 위치에서 새 플로우셀을 시도해 보십시오.
이러한 방법으로도 문제가 해결되지 않으면, 추가 지원을 위해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
한편, 라이브러리가 이미 플로우셀에 로딩된 상태라면, 해당 플로우셀을 로딩된 라이브러리와 함께 냉장 보관하거나 이 프로토콜에 따라 플로우셀에서 라이브러리를 회수하십시오.
Software (Installation and Setup)
- MinKNOW™는 무엇을 합니까?
MinKNOW™는 Oxford Nanopore 시퀀싱 장치(예: MinION, GridION, PromethION)를 제어하는 소프트웨어입니다.
MinKNOW™는 데이터 수집, 실시간 분석, 피드백, 베이스콜링, 데이터 스트리밍, 장치 제어, 그리고 시퀀싱을 위한 플랫폼 화학이 올바르게 작동하는지 확인하는 등 여러 핵심 작업을 수행합니다.
베이스콜링 소프트웨어가 통합되어 있어, MinKNOW™는 시퀀싱 도중과 런 후 분석을 통해 베이스콜링 및 바코드 디멀티플렉싱을 수행할 수 있습니다.
자세한 내용은 MinKNOW 프로토콜을 참조하십시오.
- 인터넷에 연결되어 있지만 시퀀싱을 시작할 수 없습니다.
"Please ensure your computer is connected" 오류의 가장 흔한 원인은 네트워크 또는 방화벽 문제입니다.
먼저 IT 부서와 협력하여 다른 네트워크나 모바일 핫스팟을 사용해 문제가 지속되는지 확인해 보십시오.
참고 자료:
- 인바운드/아웃바운드 트래픽 및 허용(whitelist)해야 할 도메인 목록은 MinION IT Requirements 문서를 참조하십시오.
- 프록시(proxy)를 사용하여 MinKNOW를 설정하려면 해당 FAQ를 참조하십시오.
프록시 설정과 필요한 IP 주소를 모두 허용했음에도 불구하고 여전히 메시지가 보인다면, Windows에서는 아래 단계를 따라 주십시오:
- Windows 시작 버튼을 누르고 Internet Options를 입력한 뒤 검색 결과에서 실행합니다.
- 상단의 Connections 탭을 클릭하고, 하단의 Lan Settings 버튼을 클릭합니다.
- Bypass proxy server for local addresses 체크박스를 선택합니다.
- 컴퓨터를 재부팅합니다.
- MinION을 USB 포트에서 분리 후 다시 연결하고, MinKNOW를 재시작합니다.
여전히 시퀀싱을 시작할 수 없습니까?
만약 컴퓨터가 비로마자(non-Romanic) 언어로 설정되어 있다면, 아래 단계를 시도해 보십시오:
- 컴퓨터 호스트명을 ASCII 문자만 포함하도록 설정하십시오.
- Windows에서: Settings > Time & language > Language (또는 Language & region) > Administrative language settings > Change system locale 로 이동해, “English (United States)”로 설정하십시오.
- 시퀀싱 실험을 설정할 때, 해당 실험과 관련된 모든 파일 이름과 파일 위치가 ASCII 문자만 포함하도록 하십시오.
- MinION Mk1B, MinION Mk1D 및 PromethION 2 Solo 장치에서 MinKNOW 소프트웨어를 제거하는 방법은 무엇입니까?
참고: Mk1D, Mk1B, P2 Solo용 MinKNOW를 완전히 제거 및 재설치하려면 로컬 관리자(Local Administrator) 권한이 필요합니다. 최신 버전의 소프트웨어는 여기에서 다운로드할 수 있습니다.
Windows
- C:\data 폴더에 있는 리드를 다른 폴더로 옮긴 후 C:\data 폴더를 삭제합니다.
- 제어판에서 MinKNOW를 제거합니다(제거 과정에서 드롭다운 메뉴에서 full uninstallation을 반드시 선택).
Microsoft Visual C++도 함께 제거합니다. - 다운로드 폴더 등 PC에 남아 있는 이전 MinKNOW 설치 파일이 있다면 삭제합니다.
- 시작 버튼을 클릭하고 %appdata%를 입력 후 Enter → 열리는 창에서 minknow 폴더를 삭제합니다.
- 컴퓨터를 재부팅한 후, MinKNOW 소프트웨어를 다시 다운로드하고 설치합니다. 설치 시 반드시 full installation을 선택하십시오.
MacOS
- MinKNOW .dmg 파일을 다운로드합니다.
- /Applications/MinKNOW.app 을 제거합니다.
- /Library/LaunchDaemons/mk_manager_svc.plist 또는 /Library/LaunchDaemons/com.nanoporetech.minknow.core.plist 파일을 제거합니다.
(설치된 버전에 따라 둘 중 하나만 있을 수 있습니다.) - Mac을 재시작한 후 MinKNOW 소프트웨어를 다시 다운로드 및 설치합니다.
Linux
- 터미널을 엽니다 (Ctrl + Alt + T).
- 아래 명령어를 하나씩 입력하고 필요할 때 Y를 누릅니다:
sudo apt purge ont-standalone-minknow-release
sudo apt autoremove - 이후 안내된 절차에 따라 MinKNOW를 다시 설치합니다.
- 내 장치에서 소프트웨어를 어떻게 업그레이드합니까?
통합 컴퓨트가 없는 장치 (MinION Mk1D, PromethION 2 Solo):
- 최신 버전의 소프트웨어를 여기에서 다운로드할 수 있습니다.
- 통합 컴퓨트가 있는 장치 (GridION, PromethION 24/48, P2 Integrated):
MinKNOW 내 GUI 또는 명령줄을 통해 업데이트할 수 있습니다.
MinKNOW GUI에서 업데이트 방법
- Host settings로 이동합니다.
- Software를 선택합니다.
- 업데이트가 가능하다면, 다음 세 가지 업데이트 경로 중에서 선택할 수 있는 버튼이 표시됩니다:
- Update Everything: MinKNOW, 운영 체제 패키지, 보안 업데이트 모두 적용
- Update MinKNOW Only: 기능 추가 및 버그 수정을 포함한 소프트웨어 업데이트만 적용
- Update System Only: 시스템 및 보안 패키지만 독립적으로 최신 상태 유지
중요
업데이트 후에는 반드시 장치를 전원 재가동(power-cycle) 해야 모든 프로세스가 정상적으로 완료됩니다. 단순 재부팅만으로는 충분하지 않으며, 장치를 완전히 껐다가 다시 켜야 합니다.
- 내 서명 키(signing key)는 어떻게 업데이트합니까?
Debian repo(CDN)의 서명 키는 가끔 업데이트를 받습니다. 인터넷에 연결된 컴퓨트 통합 장치(GridION, PromethION 2 Integrated, PromethION 24, MinION Mk1C)의 경우, 재부팅 시 업데이트되어야 합니다.
장치가 여전히 오래된 서명 키를 가지고 있다면, MinKNOW GUI의 Host settings의 Software 섹션이 ‘Checking for available updates…’에서 멈추게 됩니다.
독립 실행형 Ubuntu 시스템의 경우 자동으로 가져오지 않으므로, 업데이트 전에 새 키를 신뢰하는 것이 필요합니다.
서명 키를 업데이트하기 위해, 장치에서 터미널(Ctrl + Alt + T)을 열거나 SSH 연결을 설정한 후, 다음 명령을 실행하십시오:
sudo apt-key adv --fetch-keys https://cdn.oxfordnanoportal.com/apt/ont-repo.pub
위 명령을 복사하여 붙여넣는 경우, 대시 문자가 하이픈 마이너스(-)인지, 엔 대시(–)나 다른 종류의 대시가 아닌지 주의하십시오.
사용자는 다음 명령을 실행하여 새 서명 키가 수락되었는지 확인할 수 있습니다:
이는 2026 만료 날짜가 있는 아래 예시 메시지와 유사한 메시지를 출력해야 합니다:
- MinKNOW™를 프록시로 설정하려면 어떻게 합니까?
프록시는 user_conf 파일을 편집하여 설정할 수 있습니다.
user_conf 경로:
- Windows: C:\ProgramFiles\OxfordNanopore\MinKNOW\conf\user_conf
- Mac: /Applications/MinKNOW.app/Contents/Resources/conf/user_conf
- Ubuntu: /opt/ont/minknow/conf/user_conf
다음 부분을 편집하십시오:
https_proxy는 아래 두 가지 형식 중 하나여야 합니다:
- scheme://[username:password@]host:port
- "http://domain\\username:password@host:port"
여기서 scheme은 https, socks, socks4, socks5 중 하나입니다.
주의: 프록시 URL에서 user@password 형식을 사용하는 경우, 로그를 수집해 전송하기 전에 반드시 /etc/apt/apt.conf, /opt/ont/minknow/conf/user_conf, bashrc(예: /etc/environment 또는 ~/.bashrc)에서 해당 정보를 지워야 합니다.
또한 비밀번호를 사용하는 경우, 특수 문자가 포함되어 있다면 URL에서 반드시 퍼센트 이스케이프(percent-escape)해야 합니다.
예: !@#$%^ → %21%40%23%24%25%5E
- MinKNOW™ 및 기타 Oxford Nanopore 소프트웨어를 어떻게 찾고 설치합니까?
모든 소프트웨어와 해당 릴리스 노트 및 설치 가이드는 Software Downloads 페이지에서 확인할 수 있습니다.
MinKNOW™ 다운로드 및 설치 링크와 관련 지침은 장치 사용자 매뉴얼과 Windows, MacOS, Linux 운영 체제용 MinKNOW 문서에서도 확인할 수 있습니다.
- 내 컴퓨터에서 라이브 GPU 베이스콜링을 활성화하려면 어떻게 합니까?
라이브 GPU 베이스콜링은 Ubuntu와 Windows에서 NVIDIA GPU를 사용해 GPU 전용 설치 프로그램으로 지원됩니다. GPU는 MinION 또는 PromethION 2 Solo가 연결된 동일한 시스템에 설치되어 있어야 합니다. 메모리가 적은 GPU(4 GB 미만)는 작동하지 않을 수 있습니다.
전체 권장 사항은 MinION IT requirements 및 PromethION 2 Solo IT requirements 문서를 참조하십시오.
- 리드 폴더 디렉토리를 어떻게 변경합니까?
최종 출력 파일 위치 조정
이 설정은 임시 및 중간 파일이 기록되는 위치를 변경하지 않습니다. 최종 출력 파일(예: POD5, FASTQ, BAM)의 저장 위치만 변경됩니다. 최종 출력 파일이 저장될 디렉토리를 변경하려면, 실험을 시작할 때 MinKNOW의 Output 설정 탭에서 지정할 수 있습니다.
참고:
- 임시 및 중간 파일은 기본 출력 위치에 여전히 저장됩니다.
- 플랫폼 시스템: /data
- 독립 실행형 Ubuntu 설치: /var/lib/minknow/data
- Ubuntu 시스템에서는 MinKNOW가 해당 위치에 기록할 수 있도록 적절한 권한을 설정해야 합니다. 자세한 내용은 아래 Directory permissions 섹션을 참조하십시오.
모든 출력 파일 위치 조정
이 방법은 임시 및 중간 파일까지 포함해 모든 출력 파일의 위치를 변경할 수 있으며, 다른 디스크로 전환하는 데도 사용됩니다.
두 가지 방법이 있습니다:
방법 1: config_editor 도구 사용 (권장)
명령줄에서 다음을 수행합니다:
- 설치 디렉토리로 이동합니다.
- 다음 명령 실행:여기서 <new_location>은 원하는 디렉토리의 전체 경로입니다.
./bin/config_editor --conf user --filename conf/user_conf --set output_dirs.base=<new_location>
방법 2: user_conf 파일 수동 편집
- user_conf 파일 경로로 이동합니다:
- Windows: C:\ProgramFiles\OxfordNanopore\MinKNOW\conf\user_conf
- MacOS: /Applications/MinKNOW.app/Contents/Resources/conf/user_conf
- Ubuntu: /opt/ont/minknow/conf/user_conf
- 상단의 "base" 부분에서 "value0" 항목을 원하는 디렉토리로 수정합니다(따옴표는 그대로 유지).
- 다른 설정은 건드리지 말고 저장 후 컴퓨터를 재시작합니다.
참고:
- 변경 사항을 적용하려면 재시작이 필요합니다.
- 새 위치는 임시 및 중간 파일을 포함한 출력 파일을 저장할 수 있을 만큼 충분한 용량과 성능을 갖추어야 합니다. 최소 1 TB SSD를 권장합니다.
- Ubuntu에서는 해당 디렉토리 및 중간 디렉토리에 적절한 권한을 설정해야 합니다.
디렉토리 권한 (Ubuntu 시스템)
MinKNOW가 출력 디렉토리에 쓰기 위해서는 적절한 권한이 필요합니다. 권한이 부족하면 GUI에서 원하는 출력 디렉토리를 선택할 수 없거나, MinKNOW가 데이터를 쓰는 과정에서 오류가 발생할 수 있습니다.
예: /data/dir1/dir2 를 출력 디렉토리로 사용하려면 다음 명령으로 권한을 설정합니다:
- /data, /data/dir1 → 모든 사용자에게 읽기(+r), 실행(+x) 권한 추가
- /data/dir1/dir2 → 모든 사용자에게 읽기(+r), 쓰기(+w), 실행(+x) 권한 추가
권한 관련 추가 정보
MinKNOW가 출력 디렉토리에 쓰기 위해 필요한 권한:
- 최종 디렉토리(e.g. /data/dir1/dir2) → 읽기, 쓰기, 실행 권한
- 중간 디렉토리(e.g. /data, /data/dir1) → 읽기, 실행 권한
기본적으로 디렉토리에는 보통 모든 사용자에게 읽기 및 실행 권한이 있습니다. 권한 확인은 ls -ld 명령으로 할 수 있습니다:
이 예시는 사용자(prom)와 그룹(prom)에는 읽기, 쓰기, 실행 권한이 있고, 다른 사용자에게는 읽기 및 실행 권한만 있음을 보여줍니다.
모든 사용자 대신 MinKNOW 사용자만 권한을 부여할 수도 있습니다. 방법은 다음 중 하나입니다:
- 파일의 소유자를 MinKNOW 사용자로 변경
- 파일의 그룹을 MinKNOW 그룹으로 변경
- MinKNOW 사용자를 파일의 현재 그룹에 추가
MinKNOW 사용자는 시스템에 따라 다릅니다:
- GridION: grid 사용자
- PromethION: prom 사용자
- 독립 실행형 MinKNOW (MinION, P2 Solo): minknow 사용자
Software (EPI2ME - Running and Managing workflows)
- 워크플로의 GitHub 페이지에서 어떤 파일이 사용된 도구, 해당 버전, 그리고 명령 실행 파라미터 목록을 제공합니까?
EPI2ME Labs 워크플로에서 생성된 리포트에는 사용된 소프트웨어 버전과 사용자가 지정하거나 설정 가능한 파라미터가 나열됩니다. 그러나 하드코딩된 파라미터를 확인하려면, 개별 워크플로의 GitHub 페이지에 공개된 워크플로 소스 코드를 직접 살펴봐야 합니다.
- 워크플로에서 실제 코드와 명령어는 어디에서 찾을 수 있습니까?
- 내 컴퓨터에서 워크플로를 테스트할 예시 데이터 파일은 어디에서 찾을 수 있습니까?
- 각 워크플로의 예상 출력 목록은 어디에서 찾을 수 있습니까?
각 워크플로의 GitHub 리포지토리에 있으며, README 파일의 outputs 섹션으로 스크롤해 내려가면 확인할 수 있습니다.
- 워크플로가 EPI2ME Desktop에서 완료된 것으로 표시되지만 출력이 없는 경우, 다음 단계는 무엇입니까?
Open instance를 클릭하여 출력 파일이 있는지 확인하십시오. 출력이 없다면, 플랫폼 오류일 가능성이 높으므로 추가 조사를 위해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 제가 실행한 워크플로가 오류로 끝났습니다. 다음 단계는 무엇이며, 지원 티켓에 어떤 파일을 첨부해야 합니까?
워크플로를 다시 실행해 보십시오. 실패한 지점부터 다시 완료를 시도할 것입니다. 워크플로가 다시 실패한다면, 추가 조사를 위해 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
- 워크플로 실행 후 더 많은 디스크 공간을 확보하고 싶습니다. 어떤 파일을 안전하게 삭제할 수 있습니까?
워크플로 개요 페이지에서 open instance를 클릭한 다음, 실행의 work 폴더를 수동으로 삭제할 수 있습니다. 만약 워크플로를 완전히 마쳤고 더 이상 어떤 데이터도 필요하지 않다면, 전체 디렉토리를 삭제해도 됩니다.
- Ubuntu에서 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션을 어떻게 열 수 있습니까?
Linux 시스템에서는 데스크톱 검색 기능을 사용해 EPI2ME를 검색하면 됩니다. 표시되는 아이콘을 클릭하면 애플리케이션이 실행됩니다.
- 워크플로 실행 결과의 출력 위치는 어떻게 찾습니까?
워크플로 개요 탭에서 open instance 버튼을 클릭하십시오.
- EPI2ME 워크플로는 바코드 데이터도 지원합니까?
대부분의 워크플로는 디멀티플렉싱된 데이터를 병렬 분석하는 것을 지원합니다. 워크플로에 sample sheet 파라미터가 있다면 바코드 데이터도 지원한다는 의미입니다.
여러 바코드를 사용해 실행하려면, 각 바코드마다 서브디렉토리가 있는 디렉토리를 입력해야 합니다. 선택적으로 sample sheet를 포함시켜 출력 파일에서 바코드를 샘플 이름으로 대체할 수도 있습니다.
예: 입력 디렉토리 구조
Sample sheet 파일은 MinKNOW sample sheet 사양에 맞춰 작성해야 합니다. EPI2ME Labs 워크플로의 경우 최소한 barcode와 sample_id 필드가 필요합니다:
- 다른 기술에서 생성된 데이터를 사용할 수 있습니까?
EPI2ME Labs 워크플로는 Oxford Nanopore Technologies의 장독(read) 시퀀싱 데이터에 맞게 설계되고 최적화되어 있습니다. 다른 기술 제공자의 데이터셋을 실행할 때 발생할 수 있는 문제에 대해서는 지원할 수 없습니다.
- GridION이나 PromethION에서 워크플로를 실행할 수 있습니까?
네, 장치에 EPI2ME Desktop을 설치해 실행할 수 있습니다. 이를 위해 Linux(Debian) 설치 지침을 따라야 합니다. EPI2ME Desktop은 향후 장치 소프트웨어 버전에 포함될 예정입니다.
단, 장치에서 명령 프롬프트를 통해 Nextflow를 직접 실행해서는 안 됩니다. 장치에 사전 설치된 Nextflow는 MinKNOW 전용으로 사용되도록 되어 있습니다.
- 한 번에 둘 이상의 워크플로를 실행할 수 있습니까?
원칙적으로 여러 워크플로를 동시에 실행할 수 있습니다. 그러나 EPI2ME Desktop은 워크플로 실행 시 전체 리소스 사용량을 모니터링하지 않으므로, 여러 워크플로를 동시에 실행하면 시스템 성능과 안정성에 영향을 줄 수 있다는 점을 유념해야 합니다. 실행 중인 워크플로의 상태는 instances 시계 아이콘을 클릭해 확인할 수 있습니다.
GridION 및 PromethION 시퀀싱 장치에서는 EPI2ME Labs 워크플로가 MinKNOW보다 낮은 우선순위로 실행되므로 데이터 수집에는 영향을 주지 않습니다. 만약 여러 분석을 동시에 실행하고자 한다면, 클러스터 컴퓨팅 환경을 사용하는 것이 권장됩니다.
- HTML 리포트를 오프라인에서 볼 수 있습니까?
네, 리포트를 보는 데 필요한 스크립트와 스타일이 파일 안에 함께 포함되어 있습니다.
- 시퀀싱의 어느 시점에 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션을 사용해야 합니까?
대부분의 EPI2ME 워크플로는 시퀀싱과 베이스콜링이 완료된 후 실행되도록 설계되었습니다.
단, wf-metagenomics와 wf-basecalling 워크플로는 실시간 워크플로로도 실행할 수 있으며, 각각 시퀀싱 런이 진행 중일 때 시퀀스 데이터 또는 신호 데이터를 처리합니다.
Software (EPI2ME - Installation and Updating)
- EPI2ME에서 사용할 수 있는 워크플로는 무엇입니까?
EPI2ME에는 베이스콜링 및 정렬과 같은 일반적인 기본 작업부터, 메타게놈 분류나 전사체 어셈블리와 같은 특정 응용 작업까지 수행할 수 있는 다양한 워크플로가 제공됩니다.
사용 가능한 워크플로의 전체 목록과 각 워크플로에 대한 간단한 설명은 여기에서 확인할 수 있습니다. 각 워크플로 설명에는 해당 워크플로가 호스팅된 GitHub 리포지토리 링크와 샘플 워크플로 리포트도 포함되어 있습니다.
- EPI2ME Desktop이 접근해야 하는 인터넷 리소스는 무엇입니까?
애플리케이션은 다음 도메인에 연결을 시도합니다:
- labs.epi2me.io
- api.epi2mecloud.com
- amazonaws.com
- api.github.com
- docker.io
- docker.com
- oxfordnanoportal.com
- heapanalytics.com
- amazonaws.com
- okta.com
- oktacdn.com
- 애플리케이션을 어떻게 업데이트합니까?
애플리케이션을 시작할 때 업데이트가 가능하면 알림이 표시됩니다. 애플리케이션 업데이트는 웹사이트에서도 다운로드할 수 있습니다.
워크플로 역시 업데이트할 수 있으며, 각 워크플로 페이지에는 워크플로 코드를 최신 버전으로 갱신할 수 있는 업데이트 옵션이 있습니다. 최신 버전에 대한 소개는 Nanopore Community의 생정보학 릴리스 노트를 참고하십시오.
- 설치된 EPI2ME Desktop의 버전을 어떻게 확인합니까?
왼쪽 패널 하단의 설정 톱니바퀴 아이콘을 클릭하여 Settings 페이지를 선택하십시오. 설치된 EPI2ME 버전은 이 페이지의 오른쪽 상단에 표시됩니다.
- EPI2ME Desktop에 인터넷 연결이 필요합니까?
네, EPI2ME 데스크탑 애플리케이션은 인터넷 연결을 필요로 합니다. 애플리케이션은 사용자가 요청할 때 워크플로를 설치 및 업데이트하며, 워크플로는 사전 설치되어 있지 않습니다. 워크플로의 Nextflow 코드는 GitHub에서, Docker 컨테이너는 DockerHub에서, 예시 데이터셋은 EPI2ME AWS 버킷에서 다운로드됩니다.
- EPI2ME Desktop을 사용하기 위해 Java와 Nextflow를 설치해야 합니까?
- 내 컴퓨팅 클러스터에서 EPI2ME Desktop을 사용할 수 있습니까?
권장되지 않습니다. EPI2ME 데스크탑 애플리케이션은 한 대의 컴퓨터에서 단일 인스턴스만 실행해야 합니다.
다만, Nextflow 워크플로는 고성능 및 분산 방식으로 클러스터에서 실행하기에 적합합니다. 이를 위해서는 명령줄 인터페이스(CLI)를 통해 명령을 입력해야 합니다.
- GridION이나 PromethION에 EPI2ME Desktop을 설치할 수 있습니까?
네, 장치에 EPI2ME Desktop을 설치하고 실행할 수 있습니다. Linux(Debian) 설치 지침을 따르면 됩니다. EPI2ME Desktop은 향후 장치 소프트웨어 버전에 포함될 예정입니다.
Software (EPI2ME - General EPI2ME FAQS)
- EPI2ME에서 분석이 완료된 후 데이터는 어떻게 됩니까?
EPI2ME 클라우드에 업로드된 데이터는 사용자 전용으로 생성된 토큰을 사용해 암호화됩니다. 분석이 수행된 후 데이터는 EPI2ME 데스크탑 애플리케이션으로 반환되며, 클라우드에 있는 파일은 삭제됩니다.
- EPI2ME의 데이터는 안전합니까?
EPI2ME는 현재 선도적인 클라우드 플랫폼 제공업체인 Amazon Web Services(AWS) 에서 호스팅됩니다.
AWS 컴플라이언스에 대한 자세한 정보는 AWS Compliance 리소스 페이지에서 확인할 수 있습니다.
EPI2ME는 AWS에서 제공하는 보안 기능과 직접적으로 연동하여, 사용자에게 동일한 수준의 보안을 제공합니다.
추가 정보는 Information Governance statement에서 확인할 수 있습니다.
Q-LINE (Support)
- Q-Line이란 무엇입니까?
Q-Line은 GMP-ready Oxford Nanopore 시퀀싱 솔루션입니다. Q-Line 제품은 나노포어 시퀀싱 기반 분석 방법을 연구 단계에서 상용화 단계까지 원활하고 확장 가능하게 이전할 수 있도록 필요한 핵심 인프라를 제공합니다. Q-Line에 대해 더 알아보려면 당사 웹사이트의 전용 제품 페이지를 참조하십시오. 관심이 있다면 이 양식을 작성해 등록할 수 있습니다.
- Q-Line 지원 패키지에는 무엇이 포함됩니까?
Q-Line 지원 패키지에는 보증(assurance), 서비스 방문(service visits), 예방 유지보수(preventative maintenance)가 포함됩니다.
- Q-Line assurance: 사전 원격 전화(Pre-delivery call), 장치 설치를 위한 현장 방문(On-site visit), 그리고 방문 후 5–6주 뒤의 후속 전화(Follow-up call)를 포함합니다.
- 예방 유지보수: 연 1회 현장에서 FSE(Field Service Engineer)가 수행합니다.
참고: IQ/OQ/IPV 서비스는 추가 옵션으로 제공되며 별도로 구매해야 합니다.
- 현재 사용 중인 Research Use Only(RUO) GridION을 Q-Line으로 업그레이드할 수 있습니까?
네, 현재 RUO GridION을 Q-Line GridION으로 교환(trade-in) 할 수 있습니다. 이 업그레이드 경로에는 비용이 발생합니다. 관심이 있다면 등록하거나, 이 옵션에 대해 논의하려면 지원팀에 문의하시기 바랍니다.
Q-LINE (Consumables)
- Q-Line 시약의 유효 기간은 언제입니까?
Q-Line 키트에는 포장에 인쇄된 유효 기간이 있으며, 수령일로부터 최소 3개월 이후로 설정됩니다.
- Q-Line GridION에서 V14 케미스트리 라이브러리와 R10 플로우셀을 사용할 수 있습니까?
v1.1 Q-Line에서 R10.4.1 플로우셀과 V14 케미스트리를 사용하는 것은 권장되지 않습니다. 이 소모품들은 Q-Line 전용이 아니기 때문입니다. 또한 Q-Line GridION 시퀀싱 소프트웨어는 전용 Q-Line 플로우셀과 케미스트리에 최적화되어 있습니다. 현재 V14 케미스트리를 Q-Line에서도 사용할 수 있도록 준비 중입니다.
R10.4.1 플로우셀과 V14 케미스트리를 최적의 성능으로 사용하려면, RUO 장치용 최신 MinKNOW 소프트웨어를 사용하는 것을 권장합니다.
- Q-Line 플로우셀 R9 버전을 RUO 장치에서 사용할 수 있습니까?
네, Q-Line 플로우셀 R9 버전은 RUO 장치에서 사용할 수 있습니다.
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