Direct RNA Sequencing (modifications with PCR-free)

Detecting isoforms and RNA modifications with PCR-free, direct RNA nanopore sequencing

나노포어 Direct RNA Sequencing, 전사체를 '있는 그대로' 읽는 기술

가공 없는, 진짜 RNA를 직접 시퀀싱하다

Oxford Nanopore의 Direct RNA 시퀀싱 기술 소개

기존 RNA 시퀀싱은 RNA를 직접 읽는 것이 아니라, 먼저 cDNA로 변환한 후 시퀀싱을 진행합니다. 이 과정에는 역전사(reverse transcription)와 PCR 증폭 같은 전처리 과정이 필요하지만, 이로 인해 중요한 정보가 왜곡되거나 소실될 위험이 존재합니다.

예를 들어:

• 역전사 과정 중 메틸화(methylation) 정보가 사라질 수 있음
• 특정 서열이 잘 증폭되지 않거나, 반대로 일부 아이소폼만 과도하게 증폭되어 데이터 편향 발생 가능

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전처리 없이 RNA 원본을 직접 읽는다

Oxford Nanopore의 Direct RNA 시퀀싱은 이러한 전처리 없이, RNA 자체를 직접 시퀀싱합니다.
그 결과:

• 보다 정직하고 편향 (GC bias) 없는 데이터 확보
• RNA에 존재하는 메틸화(m6A) 같은 수식(modification) 정보까지 함께 감지 가능
• 후성유전적 조절 메커니즘 분석에도 강력한 도구로 활용 가능

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풀랭스 리드로 스플라이싱 구조까지 한눈에

Nanopore 시퀀싱은 full-length read를 제공하기 때문에, 하나의 리드로 전사체 전체를 커버할 수 있습니다.
이를 통해:

• 다양한 스플라이싱 아이소폼 식별
• 복잡한 전사체 구조도 명확하게 해석 가능

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실시간 데이터, 빠른 의사결정

Nanopore 시퀀싱은 실시간으로 데이터가 생성되므로,
→ 실험 도중에도 중간 결과를 바로 확인할 수 있습니다.
→ 조건을 조정하거나 빠르게 결정을 내려야 할 때 탁월한 유연성을 제공합니다.

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기존 RNA 시퀀싱과 Direct RNA 시퀀싱의 차이점

구분	기존 RNA 시퀀싱	나노포어 Direct RNA 시퀀싱
시퀀싱 대상	cDNA (RNA를 DNA 변환)	원래 RNA 분자 자체
전처리 과정	역전사 + PCR 증폭 필요	없음
데이터 편향 가능성	존재함 (변형 소실, 증폭 오류 등)	최소화됨
RNA 변형(m6A 등)감지	어렵거나 불가능	직접 감지 가능 (m5C, m6A_DRACH, inosine_m6A, pseU)
리드 길이	짧고 분절됨	전체 전사체 길이 커버 가능
스플라이싱 분석	간접 추정	정확하게 식별 가능
분석 속도	후처리 필요	실시간 분석 가능