RNA Flow Cells Washing Protocol (Unofficial)

Modified nuclease flush protocol for Nanopore RNA flow cells (unofficial)

RNA 시퀀싱 중 막힌 pore를 복구하는 간단한 방법: Nuclease Flush 적용하기

Oxford Nanopore Technologies(ONT)의 플로우셀에서 RNA 시퀀싱을 수행할 때, pore가 막히는 현상이 발생하면 시퀀싱 출력이 급격히 감소할 수 있습니다. 이를 해결하기 위한 간단한 방법으로 nuclease flush가 소개되었습니다.

 

ONT에서는 기존에 Flow Cell Wash Kit (EXP-WSH004/XL)를 통해 DNA 시퀀싱용 플로우셀에서의 block을 제거하는 방법을 제공해 왔습니다.

 

하지만 이 방법은 RNA 시퀀싱에서 막힌 pore를 복구하지는 못했습니다. 이번에 소개된 방법은 RNA 플로우셀에 맞게 기존 프로토콜을 간단히 수정하여 막힌 pore를 효과적으로 복구할 수 있도록 합니다.

 

참고 사항

 

• 해당 방법은 PromethION FLO-PRO004RA flow cell에서 개발되었으며,
  다른 시스템에서는 아직 테스트되지 않았습니다.
• 본 결과는 total RNA 시퀀싱 실험에서 확인된 것이며,
  PolyA+ RNA나 pore block이 적은 경우에는 효과가 다소 작을 수 있습니다.

해당 방법은 RNA 기반 시퀀싱 실험에서 데이터 수율을 회복하고 플로우셀을 더 효율적으로 활용하고자 할 때 매우 유용하게 사용될 수 있습니다.

 

자세한 프로토콜은 아래 링크에서 확인 가능합니다.

https://www.protocols.io/view/modified-nuclease-flush-protocol-for-nanopore-rna-6qpvr8p6plmk/v1